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万見
- PDB-4hv6: Structure of MNTR H77A mutant in apo- and mn-bound forms -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hv6
タイトルStructure of MNTR H77A mutant in apo- and mn-bound forms
要素Transcriptional regulator MntR
キーワードTRANSCRIPTION / WINGED HELIX-TURN-HELIX / TRANSCRIPTION REGULATOR / METALLOREGULATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular manganese ion homeostasis / manganese ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcription regulator MntR / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / : / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily ...HTH-type transcription regulator MntR / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / : / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HTH-type transcriptional regulator MntR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Glasfeld, A. / Grauer-Gray, K. / McGuire, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Roles of the A and C sites in the manganese-specific activation of MntR.
著者: McGuire, A.M. / Cuthbert, B.J. / Ma, Z. / Grauer-Gray, K.D. / Brunjes Brophy, M. / Spear, K.A. / Soonsanga, S. / Kliegman, J.I. / Griner, S.L. / Helmann, J.D. / Glasfeld, A.
履歴
登録2012年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator MntR
B: Transcriptional regulator MntR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3125
ポリマ－33,1782
非ポリマー1343
水25214
1
A: Transcriptional regulator MntR
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator MntR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3976
ポリマ－33,1782
非ポリマー2204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+4/31
Buried area3050 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area14970 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional regulator MntR
ヘテロ分子

B: Transcriptional regulator MntR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2264
ポリマ－33,1782
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+5/31
Buried area2820 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area15030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.734, 51.734, 175.564
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator MntR / Manganese transport regulator


分子量: 16588.865 Da / 分子数: 2 / 断片: MNTR (unp residues 2-142) / 変異: H77A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: BSU24520, mntR, yqhN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54512
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16% ETHOXYETHANOL,4% ETHYLENE GLYCOL, 90 MM MGCL2, 60 MM TRIS HCL, 1 MM MNSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月15日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.8 Å / Num. obs: 12767 / % possible obs: 99.4 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 11.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
EPMR位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ON2

1on2


解像度: 2.3→44.8 Å / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.317 --RANDOM
Rwork0.252 ---
obs-12767 99.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2194 0 3 14 2211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.08
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.42 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.317 -
Rwork0.252 -
obs-100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8408-0.5059-0.77312.7633.71645.4277-0.1971-0.89811.09610.1846-0.01410.4641-0.5791-0.35540.17890.5587-0.071-0.01230.5929-0.01250.6463-21.915417.7153132.4947
28.3530.77026.06971.9911-1.86381.9957-0.5075-1.4096-0.9259-0.55670.9484-0.3927-1.0678-1.5028-0.2930.8083-0.2941-0.01510.83430.10740.6878-31.761616.3128142.6287
30.2158-2.2131-0.2423.80522.43532.9440.46860.09690.69250.25990.1779-0.39370.6916-0.4133-0.32420.3006-0.13930.02920.22750.15220.2627-23.0626.1486128.738
45.178-0.4426-0.70963.22220.86351.8287-0.1222-0.2665-0.00630.6902-0.10330.41610.2775-0.11090.22690.39310.0429-0.02830.27610.03420.2653-5.43814.892122.7536
55.3381-3.8009-1.08474.9126-5.30637.3785-0.7918-1.4783-0.4249-0.54580.4491-1.43121.70951.44530.07690.72180.3444-0.04180.7165-0.06620.50348.4672-4.5736122.1699
62.05940.39590.99674.71060.060.71240.5902-0.2734-0.20620.2574-0.5081-0.7516-0.53760.453-0.0770.7329-0.0145-0.07810.51650.05310.566529.315312.806164.7426
71.0244-1.1020.3315-1.2781-2.1833.61511.1689-1.15630.46420.8763-0.7439-0.38520.39310.0343-0.64680.82870.0134-0.04870.90280.04850.422731.998321.5388173.0485
83.0552-1.6531.1148-1.9945-0.82920.94730.08880.0890.6390.2646-0.03460.2877-0.0817-0.2956-0.1210.56120.0154-0.0920.3956-0.02240.420219.317817.4146158.5185
92.2018-1.1641.06014.89190.90195.1351-0.33-0.20310.2670.46510.1186-0.2351-0.2999-0.1240.17290.26850.0366-0.00050.31110.03050.334110.30722.3816151.996
100.49590.2684-3.26848.14764.66543.4593-0.07040.9023-0.24410.9514-0.19621.56510.5739-2.1822-0.05130.4125-0.13580.06160.72890.01520.4824-4.6915-6.5956150.8955
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:53 )A2 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 54:60 )A54 - 60
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 61:75 )A61 - 75
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 76:122 )A76 - 122
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 123:134 )A123 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 4:53 )B4 - 53
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 54:60 )B54 - 60
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 61:75 )B61 - 75
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 76:122 )B76 - 122
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 123:136 )B123 - 136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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