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万見
- PDB-4hu7: E. coli thioredoxin variant with Pro76 as single proline residue -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hu7
タイトルE. coli thioredoxin variant with Pro76 as single proline residue
要素Thioredoxin-1
キーワードOXIDOREDUCTASE / cisproline / Thioredoxin fold / protein disulfide oxidoreductase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Thioredoxin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Glockshuber, R. / Scharer, M.A. / Capitani, G. / Rubini, M.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2013
タイトル: (4R)- and (4S)-Fluoroproline in the Conserved cis-Prolyl Peptide Bond of the Thioredoxin Fold: Tertiary Structure Context Dictates Ring Puckering.
著者: Rubini, M. / Scharer, M.A. / Capitani, G. / Glockshuber, R.
履歴
登録2012年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin-1
B: Thioredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3175
ポリマ－23,1662
非ポリマー1503
水3,405189
1
A: Thioredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6703
ポリマ－11,5831
非ポリマー872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thioredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6472
ポリマ－11,5831
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Thioredoxin-1
ヘテロ分子

B: Thioredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3175
ポリマ－23,1662
非ポリマー1503
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area10220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.850, 60.880, 45.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.380, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin-1


分子量: 11583.238 Da / 分子数: 2 / 変異: P34A, P40A, P64A, P68A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: trxA / プラスミド: pTrx1P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AA25
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.36 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20 mM acetic acid-NaOH, 2 mM CuCl2, 35 % (v/v) MPD , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99986 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月18日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99986 Å / 相対比: 1
Reflection数: 294078 / Rmerge(I) obs: 0.089 / D res high: 1.3 Å / Num. obs: 44121 / % possible obs: 99.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
1.31.485579711.021
1.41.5655998.810.78
1.51.6507799.510.54
1.61.7394599.610.382
1.71.8310799.810.289
1.82455699.810.163
22.5596210010.091
2.53265499.810.06
34211899.610.042
46110110010.049
61037510010.042
10209410010.038
20301210010.04
反射解像度: 1.3→99.108 Å / Num. obs: 44121 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 19.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 10.52

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å44.59 Å
Translation2.5 Å44.59 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
RemDAqデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TRX

2trx


解像度: 1.4→44.589 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8779 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 19.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1976 890 2.5 %random
Rwork0.1623 ---
obs0.1631 35542 99.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 71.25 Å2 / Biso mean: 18.7289 Å2 / Biso min: 6.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→44.589 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1593 0 3 189 1785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0582309
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074271
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004295
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.86608
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.48770.26651470.26095713586099
1.4877-1.60260.23791470.203957435890100
1.6026-1.76390.21051480.178757545902100
1.7639-2.01910.20591480.153757665914100
2.0191-2.54390.16871490.148958125961100
2.5439-44.61150.19081510.148458646015100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18750.11890.12550.1490.13540.50060.127-0.0259-0.16630.19620.0674-0.0118-0.1038-0.10950.10020.1518-0.00520.00570.08430.0080.13553.5855-8.627723.8661
20.11310.08880.00070.1597-0.12780.16850.008-0.0591-0.08020.0184-0.0625-0.1291-0.05120.0605-0.12440.0895-0.0052-0.00990.07740.02080.136316.571-1.572621.4816
30.1070.0981-0.06390.0994-0.08360.0628-0.02880.0278-0.04570.04980.0096-0.02770.0992-0.065-0.0210.0968-0.01080.00110.08370.00860.09748.8105-4.542617.9421
40.150.0519-0.01250.127-0.04180.22370.02660.04340.00190.03950.01870.0215-0.0406-0.04020.08380.09350.0016-0.00550.08190.00970.09897.17976.514619.0532
50.1128-0.00430.00360.25320.01710.0151-0.02050.06-0.0383-0.11030.0132-0.0066-0.1170.3366-0.0360.0943-0.0465-0.00490.26970.0220.1044-6.22115.7518-2.1405
60.0333-0.0379-0.00970.1137-0.03250.04090.01790.07750.0608-0.0716-0.0774-0.0405-0.1641-0.0418-0.03280.1988-0.0025-0.0070.09770.03180.1068-12.755416.54355.7149
70.2415-0.1539-0.03640.2584-0.03330.03150.03670.1167-0.0538-0.1015-0.07920.010.05620.1394-0.04530.1382-0.05710.00590.19650.04410.1015-7.43617.70030.2648
80.132-0.0934-0.02020.24550.04650.0031-0.1193-0.0082-0.01280.00670.09480.01620.04890.2074-0.01870.0825-0.00350.00230.1569-0.00110.0954-4.67243.9948.2543
90.01670.00930.0050.00880.00960.0169-0.0085-0.02030.1439-0.03170.0232-0.093-0.09090.076200.1504-0.0040.02110.10280.00460.1531-2.696516.412213.2792
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 21 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 48 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 49 through 76 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 77 through 107 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 4 through 32 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 33 through 48 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 49 through 69 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 70 through 95 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 96 through 107 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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