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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4htw | ||||||
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タイトル | SIVmac239 capsid N-terminal domain | ||||||
![]() | Gag protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / SIV capsid protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schmidt, A.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Gain-of-Sensitivity Mutations in a Trim5-Resistant Primary Isolate of Pathogenic SIV Identify Two Independent Conserved Determinants of Trim5alpha Specificity. 著者: McCarthy, K.R. / Schmidt, A.G. / Kirmaier, A. / Wyand, A.L. / Newman, R.M. / Johnson, W.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 416.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 421.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16198.291 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 3-145 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: synthetic / プラスミド: pET303 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.29 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10% PEG 2000 MME, 10mM nickel chloride and 100mM Tris., pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月30日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 3537 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 3.954 / Net I/σ(I): 10.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.574 Å2 / ksol: 0.298 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 205.94 Å2 / Biso mean: 109.2306 Å2 / Biso min: 68.37 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.273 Å
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