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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2bbe | ||||||
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Title | Crystal structure of protein SO0527 from Shewanella oneidensis | ||||||
![]() | hypothetical protein SO0527 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MCSG / SO0527 / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
Function / homology | ![]() catalytic activity / monooxygenase activity / oxidoreductase activity / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C. / Bigelow, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of protein SO0527 from Shewanella oneidensis Authors: Chang, C. / Bigelow, L. / Collart, F. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 39 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 27.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 12332.976 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.37 Å3/Da / Density % sol: 71.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 1.0 M Ammonium sulfate 0.1 M Bis-Tris 1 % PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Aug 23, 2005 |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97956 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.96→50 Å / Num. obs: 15765 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 36.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.96→2.03 Å / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / Num. unique all: 2438 / % possible all: 80.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.588 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.97→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.971→2.022 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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