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- PDB-1vk5: X-ray Structure of Gene Product from Arabidopsis Thaliana At3g22680 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vk5
タイトルX-ray Structure of Gene Product from Arabidopsis Thaliana At3g22680
要素expressed protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


gene silencing by siRNA-directed DNA methylation / RNA polymerase V complex / : / siRNA processing / : / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
RDM1 protein domain / Protein RDM1, plant / RDM1 superfamily / RNA-directed DNA methylation 1 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.604 Å
データ登録者Wesenberg, G.E. / Smith, D.W. / Phillips Jr., G.N. / Johnson, K.A. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Structure at 1.6 A resolution of the protein from gene locus At3g22680 from Arabidopsis thaliana.
著者: Allard, S.T. / Bingman, C.A. / Johnson, K.A. / Wesenberg, G.E. / Bitto, E. / Jeon, W.B. / Phillips, G.N.
履歴
登録2004年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: expressed protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1549
ポリマ－18,0031
非ポリマー1,1518
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: expressed protein
ヘテロ分子

A: expressed protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,30918
ポリマ－36,0062
非ポリマー2,30316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.450, 83.450, 60.575
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 expressed protein


分子量: 18003.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At3g22680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LUJ3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.3863.63
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.5protein (10 mg/ml), Ammonium Sulfate (0.8M), Hepes (0.1M), Magnesium Sulfate (0.04M), CHAPS (0.41%), pH 8.5, Vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
2932蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.5protein (5 mg/ml), Ammonium Sulfate (0.8M), Hepes (0.1M), Magnesium Sulfate (0.04M), CHAPS (0.41%), pH 8.5, Vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 14-BM-D10.979
シンクロトロンAPS 32-ID20.96408, 0.97916, 0.97931
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2004年2月14日Bent cylindrical Si-mirror (Rh coating)
MAR CCD 165 mm2CCD2004年2月27日Rh Mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si (111) double-crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Diamond 111 mirrorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.964081
30.979161
40.979311
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 32231 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 38.61
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.6-1.6610.40.3029.31,292.2
1.66-1.720.2431,2100
1.72-1.80.1841,2100
1.8-1.90.1331,2100
1.9-2.020.0871,2100
2.02-2.170.0621,2100
2.17-2.390.0461,2100
2.39-2.740.0361,2100
2.74-3.450.0271,2100
3.45-500.0211,299.8

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MADD res high: 1.693 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.72 / 反射: 26563
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
1110.97932.8-9.69
1120.97927.1-7.44
1130.96413.44-3.46
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
126.09723.2870.47SE16.20.77
243.28111.5348.799SE17.30.78
3-5.40137.7221.013SE23.60.8
436.7943.8999.425SE20.40.66
515.49356.2831.613SE32.50.56
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
6-200.891311
3.82-60.92223
2.99-3.820.92865
2.54-2.990.873345
2.25-2.540.833787
2.04-2.250.74168
1.88-2.040.564390
1.75-1.880.414474
Phasing dmFOM : 0.79 / FOM acentric: 0.8 / FOM centric: 0.77 / 反射: 26623 / Reflection acentric: 24711 / Reflection centric: 1912
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
4.8-19.7850.980.980.941197979218
3-4.80.970.980.9136233239384
2.4-30.940.950.8745664212354
2.1-2.40.890.90.8245784276302
1.8-2.10.720.730.6380237576447
1.7-1.80.50.50.3946364429207

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.05位相決定
RESOLVE2.05位相決定
ARP/wARPモデル構築
REFMACrefmac_5.1.24精密化
PDB_EXTRACT1データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.604→34.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 0.982 / SU ML: 0.035 / SU R Cruickshank DPI: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.061
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1835 1633 5.071 %RANDOM
Rwork0.1599 ---
all0.161 ---
obs0.16102 30570 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.618 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.604→34.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1003 0 63 172 1238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6461.9921532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6895120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02800
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.2784
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2120.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4952616
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.82141014
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6266512
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3598518
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.604-1.6460.2571160.2192223234099.96
1.646-1.6910.2351290.20521772306
1.691-1.73990.1911290.19320942223
1.74-1.79330.2061120.17920382150
1.793-1.85190.1991130.17219952108
1.852-1.91670.1931060.16419242030
1.917-1.98880.192980.15718811979
1.989-2.06970.1681080.15217801888
2.07-2.16140.169920.15417321824
2.161-2.26650.187880.14916471735
2.266-2.38850.174790.14815951674
2.388-2.53260.176730.1515071580
2.533-2.70640.165600.14314131473
2.706-2.92170.181660.15613091375
2.922-3.19830.186720.16212291301
3.198-3.57190.175510.14911161167
3.572-4.1170.155520.1429771029
4.117-5.02430.155500.137836886
5.024-7.03040.321290.206681710
7.03-34.29970.125100.201416428

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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