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- PDB-4hri: Crystal structure of HetR in complex with a 21-bp palindromic DNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hri
タイトルCrystal structure of HetR in complex with a 21-bp palindromic DNA at the upstream of the hetP promoter from Anabaena
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*T)-3')
  • Heterocyst differentiation control protein
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / cyanobacteria / transcriptional factor / heterocyst differentiation / helix-turn-helix DNA-binding motif / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


heterocyst development / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
HetR, flap domain / HetR, N-terminal DNA-binding domain / Peptidase S48, DNA-binding transcriptional activator HetR / HetR, C-terminal Hood domain / HetR, flap domain / HetR, N-terminal DNA-binding domain / Peptidase family S48 / Heterocyst differentiation regulator C-terminal Hood domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-binding transcriptional activator HetR
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc (バクテリア)
Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.954 Å
データ登録者Hu, H.X. / Jiang, Y.L. / Zhao, M.X. / Chen, Y. / Zhang, C.C. / Zhou, C.Z.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and biochemical analyses of Anabaena HetR reveal insights into its binding to DNA targets and the inhibitory hexapeptide ERGSGR
著者: Hu, H.X. / Jiang, Y.L. / Zhao, M.X. / Zhu, P.F. / Yang, X.Y. / Wen, B. / Zhang, Z. / Wu, Q. / Chen, Y. / Zhang, C.C. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2012年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Heterocyst differentiation control protein
A: Heterocyst differentiation control protein
C: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0777
ポリマ－84,9574
非ポリマー1203
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19220 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area32790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.883, 89.883, 242.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11CHAIN A AND (RESSEQ 4:88 OR RESSEQ 90:96 OR RESSEQ...
21CHAIN B AND (RESSEQ 4:88 OR RESSEQ 90:96 OR RESSEQ...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPGLUGLUCHAIN A AND (RESSEQ 4:88 OR RESSEQ 90:96 OR RESSEQ...AB4 - 8812 - 96
12LYSLYSGLYGLYCHAIN A AND (RESSEQ 4:88 OR RESSEQ 90:96 OR RESSEQ...AB90 - 9698 - 104
13GLUGLUASPASPCHAIN A AND (RESSEQ 4:88 OR RESSEQ 90:96 OR RESSEQ...AB222 - 256230 - 264
14PROPROLEULEUCHAIN A AND (RESSEQ 4:88 OR RESSEQ 90:96 OR RESSEQ...AB259 - 269267 - 277
15GLUGLUHISHISCHAIN A AND (RESSEQ 4:88 OR RESSEQ 90:96 OR RESSEQ...AB271 - 281279 - 289
16PROPROLYSLYSCHAIN A AND (RESSEQ 4:88 OR RESSEQ 90:96 OR RESSEQ...AB287 - 297295 - 305
21ASPASPGLUGLUCHAIN B AND (RESSEQ 4:88 OR RESSEQ 90:96 OR RESSEQ...BA4 - 8812 - 96
22LYSLYSGLYGLYCHAIN B AND (RESSEQ 4:88 OR RESSEQ 90:96 OR RESSEQ...BA90 - 9698 - 104
23GLUGLUASPASPCHAIN B AND (RESSEQ 4:88 OR RESSEQ 90:96 OR RESSEQ...BA222 - 256230 - 264
24PROPROLEULEUCHAIN B AND (RESSEQ 4:88 OR RESSEQ 90:96 OR RESSEQ...BA259 - 269267 - 277
25GLUGLUHISHISCHAIN B AND (RESSEQ 4:88 OR RESSEQ 90:96 OR RESSEQ...BA271 - 281279 - 289
26PROPROLYSLYSCHAIN B AND (RESSEQ 4:88 OR RESSEQ 90:96 OR RESSEQ...BA287 - 297295 - 305

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要素

#1: タンパク質 Heterocyst differentiation control protein / HetR


分子量: 36034.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 遺伝子: hetR / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: P27709, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*T)-3')


分子量: 6424.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*GP*C)-3')


分子量: 6464.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.29 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2M calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 21494 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 104 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2106 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.954→34.084 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7371 / SU ML: 1.02 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 1098 5.13 %
Rwork0.2305 --
obs0.2344 21424 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 84.659 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 335.35 Å2 / Biso mean: 93.9267 Å2 / Biso min: 19.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.1105 Å20 Å2-0 Å2
2--16.1105 Å2-0 Å2
3----2.9552 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.954→34.084 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4553 855 3 6 5417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095625
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5637766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088838
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008847
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.8832212
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1310X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.106
12B1310X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.106
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9541-3.08840.46031410.39692496263799
3.0884-3.25110.34921720.281224652637100
3.2511-3.45470.33461360.213225322668100
3.4547-3.72110.32751390.193325102649100
3.7211-4.0950.27551230.19892549267299
4.095-4.68630.25681480.18082543269199
4.6863-5.89920.25171140.2092592270699
5.8992-34.0860.34471250.272639276495
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -37.6458 Å / Origin y: 3.9962 Å / Origin z: -8.99 Å
111213212223313233
T0.1761 Å20.0372 Å20.0336 Å2-0.3375 Å20.0261 Å2--0.18 Å2
L1.2317 °2-0.0747 °2-1.0676 °2-2.0712 °21.3911 °2--2.8289 °2
S-0.1074 Å °-0.0901 Å °0.0543 Å °-0.0311 Å °0.0762 Å °-0.3767 Å °0.393 Å °0.1041 Å °-0.0255 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLB3 - 297
2X-RAY DIFFRACTION1ALLA4 - 298
3X-RAY DIFFRACTION1ALLC1 - 21
4X-RAY DIFFRACTION1ALLD1 - 21
5X-RAY DIFFRACTION1ALLC101 - 102
6X-RAY DIFFRACTION1ALLD101
7X-RAY DIFFRACTION1ALLB301 - 303
8X-RAY DIFFRACTION1ALLA301 - 302
9X-RAY DIFFRACTION1ALLD201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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