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- PDB-4hob: The crystal structure of the Zalpha domain from Cyprinid Herpes v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hob
タイトルThe crystal structure of the Zalpha domain from Cyprinid Herpes virus 3
要素Putative uncharacterized protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Domain Swapping / Z-DNA binding domain / DNA and RNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded RNA adenosine deaminase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Z-binding domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cyprinid herpesvirus 3 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Tome, A.R. / Kus, K. / de Rosa, M. / Paulo, L.M. / Figueiredo, D. / Athanasiadis, A.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of a poxvirus-like zalpha domain from cyprinid herpesvirus 3
著者: Tome, A.R. / Kus, K. / Correia, S. / Paulo, L.M. / Zacarias, S. / de Rosa, M. / Figueiredo, D. / Parkhouse, R.M. / Athanasiadis, A.
履歴
登録2012年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Other
改定 1.22019年12月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns / reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32019年12月18日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,97213
ポリマ－31,1084
非ポリマー8659
水3,675204
1
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9386
ポリマ－15,5542
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area7870 Å2
手法PISA
2
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0347
ポリマ－15,5542
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area7980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.736, 54.584, 86.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein


分子量: 7776.898 Da / 分子数: 4 / 断片: Zalpha domain, UNP residues 216-278 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyprinid herpesvirus 3 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: KHVJ122, ORF112 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4FTK7
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Cacodylate, 2M Ammonium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→46.183 Å / Num. all: 25156 / Num. obs: 23721 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.76-1.833.748.6423187.7
1.77-1.833.72.31769176.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QBJ

1qbj


解像度: 1.76→46.183 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 25.94 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2466 1174 4.96 %RANDOM
Rwork0.2013 ---
obs0.2036 23670 94.21 %-
all-24844 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.36 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.7736 Å2-0 Å2-0 Å2
2---6.1618 Å2-0 Å2
3---0.3882 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→46.183 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1995 0 45 204 2244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032093
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6772833
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.633782
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002359
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.76-1.8370.41821090.3208208271
1.837-1.93380.33121390.2886278595
1.9338-2.0550.34071500.2519287498
2.055-2.21360.27991540.2177288898
2.2136-2.43640.26271470.2212292598
2.4364-2.78890.2531560.2007292398
2.7889-3.51350.23741580.1927296299
3.5135-46.19910.20991610.1757305797
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7508-0.2345-0.95910.3384-1.55218.45240.1705-0.1695-0.5685-0.132-0.0879-0.26020.7580.077-0.08510.2690.0074-0.01040.1828-0.00180.150912.9645-12.40540.3379
26.1311-6.5719-6.47197.21096.63577.3783-0.0608-0.70840.04490.2697-0.1392-0.7870.351.7516-0.2220.26090.12750.0730.28990.11870.345621.8612-12.349-3.2388
32.4530.5655-2.14581.48071.14245.242-0.5770.4514-0.203-1.10390.17140.01111.4282-0.09420.22960.7616-0.0303-0.09360.26440.02510.351911.5906-15.2258-8.8156
40.6963-0.40031.03473.1652-4.58798.62140.61280.02170.12270.15790.36071.37690.2025-0.6011-0.68750.2399-0.0928-0.04820.35010.12670.35225.602-5.5743-8.4046
54.45252.4456-0.09192.2869-1.68892.88030.2542-0.0676-0.6803-0.1179-0.0636-0.80020.314-0.29670.06170.24880.0001-0.05880.112-0.01340.298514.8374-4.6929-24.8274
62.675-2.8091-2.04973.91192.51631.7093-0.4992-1.4329-0.84551.9461-1.1770.25752.54010.3570.54860.8029-0.17080.05720.43540.08030.29026.8724-24.1926-22.1551
73.8482-3.523-0.68188.7536-3.036.64120.1069-0.0048-0.151-0.1675-0.2040.02190.2522-0.26250.08350.2619-0.0257-0.04780.1795-0.03070.23689.106-12.9173-31.2477
85.10195.4196-4.05828.3356-4.40556.41480.0772-0.40320.5961-0.2123-0.16820.5267-0.2209-0.23610.10090.26120.0237-0.07780.2352-0.00840.25123.225-6.1421-26.824
93.7615-1.98783.67992.4365-2.09948.0517-0.4179-0.64160.50680.8740.3953-0.80680.2754-0.50910.02060.46630.0046-0.14330.2184-0.04640.31749.2597-14.4806-20.4349
100.31540.2561-0.74143.54593.86966.34790.22620.0176-0.1639-0.2510.2168-0.2058-0.00340.1555-0.56280.22110.0505-0.05390.19820.00160.244914.8339-6.067-14.7325
113.1006-2.55720.54412.46280.67724.79030.04860.15350.2737-0.1105-0.0704-0.4451-0.4426-0.0025-0.05170.1799-0.0234-0.03520.1484-0.01490.150117.261617.4633-29.9803
124.22081.83331.81364.51.0285.54830.2052-0.28640.80320.1418-0.0738-0.4915-0.30280.08190.01460.1358-0.027-0.03260.1711-0.02150.21317.528916.6969-24.536
131.6172-0.7336-1.88696.77851.82782.2865-0.0648-0.0244-0.2772-0.19440.157-0.1113-0.4147-0.59220.08290.1241-0.0044-0.00270.18020.02490.195812.64947.3051-10.1603
149.19356.4372.37474.54132.11244.7332-0.0114-0.40220.9570.0166-0.20520.6166-0.7724-0.15040.23410.3896-0.01140.03110.2273-0.01460.26713.658916.18773.9175
152.7813-1.08160.93753.6987-4.56896.8296-0.3839-0.39060.13440.35330.32670.25770.0478-1.0814-0.04230.22170.08990.00280.32490.0010.29965.944612.7505-1.8554
168.1084-3.53772.09433.144-1.34068.78010.27790.161.13160.1835-0.0755-0.405-1.82940.6609-0.17560.4418-0.10460.03210.26470.04210.302416.696717.6015-5.4331
174.2401-0.593-0.97051.9775-0.26380.31790.091-0.1794-0.3112-0.1020.24260.6360.16610.0646-0.13890.2173-0.0468-0.06050.22390.02150.238314.29567.3591-20.0786
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 217:237)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 238:248)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 249:261)
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resseq 262:271)
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and (resseq 272:278)
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and (resseq 215:219)
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and (resseq 220:232)
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and (resseq 233:248)
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and (resseq 249:261)
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and (resseq 262:277)
11X-RAY DIFFRACTION11chain C and (resseq 212:237)
12X-RAY DIFFRACTION12chain C and (resseq 238:266)
13X-RAY DIFFRACTION13chain C and (resseq 267:278)
14X-RAY DIFFRACTION14chain D and (resseq 219:232)
15X-RAY DIFFRACTION15chain D and (resseq 233:248)
16X-RAY DIFFRACTION16chain D and (resseq 249:266)
17X-RAY DIFFRACTION17chain D and (resseq 267:278)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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