PDB-4hlr: Structural Determinants of Trimerization Specificity in HIV-1 gp4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hlr

タイトル

Structural Determinants of Trimerization Specificity in HIV-1 gp41 Protein

要素

Gp41

キーワード

VIRAL PROTEIN / gp41 / HIV-1 / trimerization domain / oligomeric structure

機能・相同性

Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane / HEXANE-1,6-DIOL / Env polyprotein

機能・相同性情報

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Liu, J. / Lu, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Determinants of Trimerization Specificity in HIV-1 gp41 Protein
著者: Liu, J. / Li, Q. / Dey, A.K. / Moore, J.P. / Lu, M.

履歴

登録	2012年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hlr.cif.gz	25.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hlr.ent.gz	16.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hlr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hlr_validation.pdf.gz	424.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hlr_full_validation.pdf.gz	424 KB	表示
XML形式データ	4hlr_validation.xml.gz	4 KB	表示
CIF形式データ	4hlr_validation.cif.gz	4.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/4hlr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/4hlr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u91SC 3uiaC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1w5l-1 1wn0-4 4hji-1 6s09-6 4hji-2 6hk5-2 1w5j-1 6flk-1 4xyz-d 3k2a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (2) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (2) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Gp41

ヘテロ分子

4.05 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gp41

ヘテロ分子

A: Gp41

ヘテロ分子

A: Gp41

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.347, 45.347, 42.091
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質・ペプチド	Gp41 分子量: 3936.581 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / 変異: I14L, L17I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9YYZ1
#2: 化合物	ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2.5M 1,6-Hexanediol, 0.1M Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97907 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→42.1 Å / Num. all: 6325 / Num. obs: 6325 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.57→1.63 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 692 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3U91

3u91

解像度: 1.57→42.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 3.149 / SU ML: 0.057 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24003	604	9.5 %	RANDOM
R_work	0.19355	-	-	-
obs	0.19786	6325	87.9 %	-
all	-	6325	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.957 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.6 Å²	0.8 Å²	0 Å²
2-	-	1.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→42.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	264	0	8	47	319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.02	274
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.313	1.982	366
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.276	5	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.985	25	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.081	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	5.421	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.147	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	194
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.57→1.612 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	43	-
R_work	0.312	410	-
obs	-	453	94.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -21.247 Å / Origin y: 7.011 Å / Origin z: 11.626 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0719 Å²	0.0282 Å²	0.0053 Å²	-	0.0176 Å²	0.0128 Å²	-	-	0.045 Å²
L	0.3028 °²	0.0757 °²	-1.0561 °²	-	0.1971 °²	-0.3863 °²	-	-	8.0528 °²
S	0.0156 Å °	0.0148 Å °	0.0427 Å °	-0.0185 Å °	-0.0236 Å °	0.001 Å °	0.4228 Å °	0.2 Å °	0.008 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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