PDB-3u91: Structural Determinants of Trimerization Specificity in HIV-1 gp4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u91

タイトル

Structural Determinants of Trimerization Specificity in HIV-1 gp41 Protein

要素

Gp41

キーワード

VIRAL PROTEIN / gp41 / HIV-1 / trimerization domain / oligomeric structure

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Liu, J. / Lu, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Determinants of Trimerization Specificity in HIV-1 gp41 Protein
著者: Liu, J. / Li, Q. / Dey, A.K. / Moore, J.P. / Lu, M.

履歴

登録	2011年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u91.cif.gz	26.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u91.ent.gz	16.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u91.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/3u91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/3u91	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uiaC 4hlrC 1aikS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1uo0-1 1wn0-2 1uo1-1 1rpo-1 1unt-1 2akf-d 1wn0-1 1mfy-d 2a26-2 6ovs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (2) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (2) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Gp41

ヘテロ分子

4.53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gp41

ヘテロ分子

A: Gp41

ヘテロ分子

A: Gp41

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.308, 45.308, 42.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-67- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	Gp41 分子量: 3936.581 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9YYZ1, UniProt: Q7ZC55*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-JEF / O-(O-(2-AMINOPROPYL)-O'-(2-METHOXYETHYL)POLYPROPYLENE GLYCOL 500) / JEFFAMINE 分子量: 597.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₆₃NO₁₀
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% Jeffamine M600, 0.1M MES, 25mM Cesium Chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9676 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9676 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→42.14 Å / Num. obs: 9173 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 8.8 % / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / R_sym value: 0.467 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AIK

1aik

解像度: 1.45→42.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 1.818 / SU ML: 0.037 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23341	917	10 %	RANDOM
R_work	0.19191	-	-	-
obs	0.19585	8256	99.85 %	-
all	-	9173	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.142 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.62 Å²	0.31 Å²	0 Å²
2-	-	0.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→42.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	255	0	13	48	316

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	270
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.138	2.01	362
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.226	5	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.213	24.615	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.035	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.733	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	186
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.138	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.103	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.784	1.5	152
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.42	2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.362	3	131
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.846	4.5	123
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.489 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	72	-
R_work	0.202	568	-
obs	-	-	99.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -21.502 Å / Origin y: 6.958 Å / Origin z: -8.623 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0559 Å²	0.0044 Å²	0.0076 Å²	-	-0.1179 Å²	0.0043 Å²	-	-	-0.1738 Å²
L	1.0872 °²	0.2375 °²	-0.549 °²	-	1.3105 °²	-0.834 °²	-	-	6.0814 °²
S	-0.0522 Å °	0.1599 Å °	0.0426 Å °	-0.2306 Å °	0.0059 Å °	-0.0361 Å °	0.3026 Å °	0.1494 Å °	0.0463 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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