PDB-1mfy: SOLUTION STRUCTURE OF INFLUENZA A VIRUS C4 PROMOTER

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mfy

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF INFLUENZA A VIRUS C4 PROMOTER

要素

C4 promoter of influneza A virus

キーワード

RNA / Influenza A virus promoter / internal loop / single adenine bulge / C4 / natural variant

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / distance geometry simulated annealing

Model type details

minimized average

データ登録者

Lee, M.-K. / Bae, S.-H. / Park, C.-J. / Cheong, H.-K. / Cheong, C. / Choi, B.-S.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2003
タイトル: A single-nucleotide natural variation (U4 to C4) in an influenza A virus promoter exhibits a large structural change: implications for differential viral RNA synthesis by RNA-dependent RNA polymerase.
著者: Lee, M.-K. / Bae, S.-H. / Park, C.-J. / Cheong, H.-K. / Cheong, C. / Choi, B.-S.

履歴

登録	2002年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mfy.cif.gz	299.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mfy.ent.gz	252.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mfy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/1mfy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/1mfy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1m82
類似構造データ	6ymj-2 5wd8-1 6xke-2 2oe5-d 3u91-1 4y1s-d 6ymm-2 2jlt-d 3fso-2 3ls0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
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#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: C4 promoter of influneza A virus

9.91 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	16 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: RNA鎖	C4 promoter of influneza A virus 分子量: 9911.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence occurs naturally in influenza A virus.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	2	DQF-COSY
1	3	2	2D NOESY
1	4	4	3D (H)CCH-COSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	Unlabeled RNA, 1mM	90% H2O/10% D2O
2	Unlabeled RNA, 1mM	99.96% D2O,
3	Uniform labeling with 13C,15N	90% H2O/10% D2O
4	Uniform labeling with 13C,15N	99.96% D2O,

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	800	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1	Brunger et al	構造決定
NMRPipe	2.1	Delaglio et al	解析
CNS	1	Brunger et al	精密化

精密化

手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 726 restraints, 445 are NOE-derived distance constraints, 196 dihedral angle restraints, 58 hydrogen bonding restraints.

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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