PDB-3ls0: Crystal Structure of Cyanobacterial PsbQ from Synechocystis sp. P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ls0

タイトル

Crystal Structure of Cyanobacterial PsbQ from Synechocystis sp. PCC 6803

要素

Sll1638 protein

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / Four helix bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / photosystem II oxygen evolving complex / extrinsic component of membrane / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Jackson, S.A. / Fagerlund, R.D. / Wilbanks, S.M. / Eaton-Rye, J.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of PsbQ from Synechocystis sp. PCC 6803 at 1.8 A: Implications for Binding and Function in Cyanobacterial Photosystem II
著者: Jackson, S.A. / Fagerlund, R.D. / Wilbanks, S.M. / Eaton-Rye, J.J.

履歴

登録	2010年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ls0.cif.gz	61.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ls0.ent.gz	45.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ls0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3ls0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3ls0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ls1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ead-1 4y1s-d 6w70-2 3ead-4 4niq-2 3fso-2 6xke-1 2m6u-d 6xke-2 4y1t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (3) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (3)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Sll1638 protein

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.332, 46.787, 93.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sll1638 protein / PsbQ 分子量: 14608.493 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 21-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: sll1638 / プラスミド: pGEX-6-P-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P73048
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)	Mosaicity (°)
1	2.12	42.02	0
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
291	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	6.5	25% PEG 1450, 0.1M MES-NAOH, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
291	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	7	25% PEG 1450, 0.05M MES, 0.05M TRIS-HCL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Australian Synchrotron	MX2	1	0.95364
シンクロトロン	Australian Synchrotron	MX2	2	0.96064,0.97984

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC Omega 180	1	CCD	2009年8月28日
ADSC Omega 180	2	CCD	2009年8月28日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.95364	1
2	0.96064	1
3	0.97984	1

反射

解像度: 1.8→19.13 Å / Num. all: 12135 / Num. obs: 12135 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 24.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	% possible all	R_sym value
1.8-1.9	9.7	0.395	5.8	16794	1730	100
1.9-2.01	10.1	0.228	3.4	16504	1641	100	0.228
2.01-2.15	10	0.14	5.5	15366	1536	100	0.14
2.15-2.32	10	0.091	8.3	14471	1451	100	0.091
2.32-2.55	9.9	0.074	10	13312	1339	100	0.074
2.55-2.85	9.9	0.058	12.2	12097	1226	100	0.058
2.85-3.29	9.7	0.046	14.5	10495	1085	100	0.046
3.29-4.02	9.5	0.038	15.4	8949	942	100	0.038
4.02-5.69	9	0.035	15.4	6732	752	100	0.035
5.69-18.71	8.5	0.028	19.7	3662	433	97.1	0.028

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.9	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
XDS		データ削減
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→18.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / WR_factor R_free: 0.2 / WR_factor R_work: 0.163 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.877 / SU B: 4.69 / SU ML: 0.068 / SU R Cruickshank DPI: 0.113 / SU R_free: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.208	578	4.8 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.169	12092	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 42.81 Å² / B_iso mean: 21.23 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→18.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	905	0	0	109	1014

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.022	920
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.193	1.977	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.268	5	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.101	25.111	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.36	15	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.239	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.155	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	697
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.203	1.5	572
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.931	2	912
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.911	3	348
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.03	4.5	331

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	47	-
R_work	0.226	809	-
all	-	856	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	17.7145	-4.9062	2.6528	7.788	-9.4722	12.9188	0.1044	0.1189	-1.8101	-0.5273	-0.2628	-0.1686	0.719	0.601	0.1583	0.9039	0.1807	0.3357	0.2564	-0.0891	0.7425	30.23	-7.526	-3.491
2	1.5866	-1.3333	-2.2654	5.422	5.2202	7.8922	-0.0029	-0.0158	0.0808	-0.0994	0.1063	-0.2254	0.1472	0.1937	-0.1033	0.097	0.0011	0.0238	0.0965	0.0178	0.0319	24.433	8.812	3.819
3	2.3135	0.367	-0.1561	4.8569	3.6047	7.2339	0.0844	0.0129	-0.0007	-0.0313	-0.0713	0.0763	-0.1745	-0.0237	-0.0132	0.0788	-0.0016	-0.0006	0.0499	0.004	0.003	14.589	20.482	15.082
4	9.9373	-2.7034	-0.785	9.8809	-0.898	3.7828	-0.0974	-0.0948	-0.2234	-0.3348	-0.0833	0.5631	0.2692	-0.3114	0.1807	0.1553	0.0031	-0.0031	0.086	-0.0307	0.0474	15.512	4.017	4.418
5	2.2999	-0.8057	0	14.3377	0	16.1622	0.0476	0.0183	-0.4386	-0.9445	-0.3163	-0.0862	1.3994	0.9265	0.2686	0.5137	0.0837	-0.019	0.1936	-0.0806	0.494	22.317	-8.42	4.014
6	2.7766	-2.264	-2.4816	6.941	2.0756	6.0917	-0.1207	0.0514	-0.2448	-0.2544	-0.0837	0.0323	0.4809	-0.002	0.2043	0.1345	-0.0215	0.0194	0.0782	0.0057	0.0282	16.654	0.491	13.949
7	3.0997	-3.0391	-1.2437	5.9354	2.1316	3.1137	-0.0549	-0.1388	0.0382	0.1228	0.0467	0.0101	0.0249	0.0811	0.0081	0.0904	-0.0329	0.0014	0.0741	0.0091	0.0042	15.547	12.309	20.933
8	18.7657	-9.9326	-8.3065	7.966	1.199	7.4583	-0.1273	-0.0401	-0.5906	-0.4222	-0.4593	0.0143	0.6116	0.5856	0.5866	0.3372	0.1733	-0.0228	0.283	-0.0664	0.2048	27.216	0.353	8.711

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 58
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	59 - 80
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	81 - 90
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	91 - 98
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	99 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	113 - 140
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	141 - 146

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)