+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ead | ||||||
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Title | Crystal structure of CALX-CBD1 | ||||||
Components | Na/Ca exchange protein | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / cbd1 / calcium regulation / Membrane / Transmembrane | ||||||
Function / homology | Function and homology information rhabdomere membrane / neuromuscular process controlling posture / calcium:sodium antiporter activity / calcium ion import across plasma membrane / phototransduction / sodium ion transmembrane transport / response to endoplasmic reticulum stress / sarcolemma / postsynapse / calmodulin binding ...rhabdomere membrane / neuromuscular process controlling posture / calcium:sodium antiporter activity / calcium ion import across plasma membrane / phototransduction / sodium ion transmembrane transport / response to endoplasmic reticulum stress / sarcolemma / postsynapse / calmodulin binding / axon / calcium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Zheng, L. / Wang, M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2010 Title: Crystal structures of progressive Ca2+ binding states of the Ca2+ sensor Ca2+ binding domain 1 (CBD1) from the CALX Na+/Ca2+ exchanger reveal incremental conformational transitions. Authors: Wu, M. / Le, H.D. / Wang, M. / Yurkov, V. / Omelchenko, A. / Hnatowich, M. / Nix, J. / Hryshko, L.V. / Zheng, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ead.cif.gz | 108.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ead.ent.gz | 81.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ead.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3ead_validation.pdf.gz | 437.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3ead_full_validation.pdf.gz | 449.4 KB | Display | |
Data in XML | 3ead_validation.xml.gz | 12.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3ead_validation.cif.gz | 18.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/3ead ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/3ead | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3e9tC 2dpkS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 15482.130 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: CALX-CBD1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: Calx, NCX, CG5685 / Plasmid: pET28a-Calx-cbd1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q24413, UniProt: Q9VDG5*PLUS #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 6 Details: 50 mM MES, 20% PEG 3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1.90682 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 11, 2005 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.90682 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→19.6 Å / Num. obs: 26203 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.072 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.3 Å / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1259 / % possible all: 71.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 2DPK Resolution: 2.25→19.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 19.385 / SU ML: 0.233 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.242 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.676 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→19.59 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: D / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
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