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- PDB-4y1s: Structural basis for Ca2+-mediated interaction of the perforin C2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y1s
タイトルStructural basis for Ca2+-mediated interaction of the perforin C2 domain with lipid membranes
要素Perforin-1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Perforin / C2 domain / Calcium Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of killing of cells of another organism / immune response to tumor cell / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / cytolytic granule / pore-forming activity / immunological synapse formation / wide pore channel activity / protein transmembrane transport / protein import / defense response to tumor cell ...positive regulation of killing of cells of another organism / immune response to tumor cell / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / cytolytic granule / pore-forming activity / immunological synapse formation / wide pore channel activity / protein transmembrane transport / protein import / defense response to tumor cell / protein secretion / immunological synapse / endosome lumen / T cell mediated cytotoxicity / protein homooligomerization / cytoplasmic vesicle / killing of cells of another organism / defense response to virus / calcium ion binding / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Perforin-1, C2 domain / : / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) ...Perforin-1, C2 domain / : / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.611 Å
データ登録者Conroy, P.J. / Yagi, H. / Whisstock, J.C. / Norton, R.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Ca2+-mediated Interaction of the Perforin C2 Domain with Lipid Membranes.
著者: Yagi, H. / Conroy, P.J. / Leung, E.W. / Law, R.H. / Trapani, J.A. / Voskoboinik, I. / Whisstock, J.C. / Norton, R.S.
履歴
登録2015年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22015年10月28日Group: Database references
改定 1.32017年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Perforin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5152
ポリマ－16,4751
非ポリマー401
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.700, 43.211, 68.077
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Perforin-1 / P1 / Cytolysin / Lymphocyte pore-forming protein


分子量: 16475.088 Da / 分子数: 1 / 断片: C2 domain (UNP residues 410-535) / 変異: W427A, Y430A, Y486A, W488A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prf1, Pfp / プラスミド: pComb3X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10F` / 参照: UniProt: P10820
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES pH 6.0, 0.2 M NaCl and 20% (w/v) polyethylene glycol 2000 monomethyl ether

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953697 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953697 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.611→36.482 Å / Num. obs: 14926 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.2159 / Net I/σ(I): 30.06
反射 シェル解像度: 1.611→1.669 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5473 / Mean I/σ(I) obs: 4.83 / Num. measured obs: 1443 / CC1/2: 0.86 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
Blu-Iceデータ収集
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NSJ

3nsj


解像度: 1.611→36.482 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1852 755 5.06 %Random Selection
Rwork0.1661 ---
obs0.1671 14925 99.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.611→36.482 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数954 0 1 134 1089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111016
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2861381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.311354
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07145
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007185
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6111-1.73550.24881410.18662774X-RAY DIFFRACTION99
1.7355-1.91010.21071420.15952789X-RAY DIFFRACTION100
1.9101-2.18650.19891360.14882817X-RAY DIFFRACTION100
2.1865-2.75460.16281670.16842825X-RAY DIFFRACTION100
2.7546-36.49160.17541690.17012965X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5305-0.63531.15272.1238-0.06732.4176-0.22140.01380.1535-0.0410.0680.1694-0.0566-0.20980.00220.0537-0.02810.00460.04840.03260.0768-19.73328.7335-16.5774
27.77650.48351.39744.27283.11795.9313-0.0438-0.0036-0.42620.4104-0.2569-0.39920.59330.3694-0.11580.08510.004-0.06810.13780.02580.10782.7366.9463-4.2715
33.0653-0.56161.93241.3319-0.48982.7404-0.14810.02420.14050.1034-0.00240.019-0.070.0830.12990.0753-0.0028-0.01740.04830.00670.0492-10.86314.1571-11.6832
41.1227-0.084-0.61762.8598-0.0011.6837-0.07370.61210.0777-0.08150.01870.20710.03990.21750.07130.0567-0.0110.00280.1450.02880.0653-9.289210.2349-20.5013
56.33873.92710.03732.5486-0.09890.12640.1073-0.42550.30590.2391-0.4941-0.2026-0.57830.70160.15230.1517-0.0828-0.05710.26930.08640.17176.162419.3519-10.4362
63.40240.58941.72571.33810.14731.9071-0.00730.1038-0.0608-0.08880.00930.08410.07190.0049-0.0260.07690.0135-0.00920.0671-0.00770.0921-16.13363.744-17.9231
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 410 through 424 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 425 through 435 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 436 through 470 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 471 through 483 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 484 through 490 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 491 through 535 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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