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- PDB-4hh2: Structure of PpsR without the HTH motif from Rb. sphaeroides -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hh2
タイトルStructure of PpsR without the HTH motif from Rb. sphaeroides
要素Transcriptional regulator, PpsR
キーワードTRANSCRIPTION / triple PAS domain / Q-linker / DNA-binding / AppA
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator PpsR / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #430 / PAS domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / PAS domain / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. ...Transcription regulator PpsR / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #430 / PAS domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / PAS domain / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / PAS domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, PpsR
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Winkler, A. / Heintz, U. / Lindner, R. / Reinstein, J. / Shoeman, R. / Schlichting, I.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: A ternary AppA-PpsR-DNA complex mediates light regulation of photosynthesis-related gene expression.
著者: Winkler, A. / Heintz, U. / Lindner, R. / Reinstein, J. / Shoeman, R.L. / Schlichting, I.
履歴
登録2012年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22013年7月17日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, PpsR
B: Transcriptional regulator, PpsR
C: Transcriptional regulator, PpsR
D: Transcriptional regulator, PpsR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,6164
ポリマ－168,6164
非ポリマー00
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26870 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area64440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.450, 117.450, 211.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator, PpsR


分子量: 42153.984 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2-379 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: 2.4.1 / 遺伝子: ppsR, RHOS4_18870, RSP_0282 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q3J179
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M tris chloride buffer, 1.9M ammonium sulfate, 12% glycerol, 6% xylitol, 1% dioxane, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9483 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月2日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9483 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 42372 / Num. obs: 41955 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 110.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.681 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX-AutoSolモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX-AutoSol位相決定
精密化解像度: 2.8→46.971 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2348 2010 4.79 %
Rwork0.1815 --
obs0.1841 41952 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11484 0 0 11 11495
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00511638
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84215759
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.624417
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581842
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032089
LS精密化 シェル解像度: 2.8001→2.8701 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 141 -
Rwork0.2893 2824 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0659-3.74360.19996.11371.32250.0179-0.24281.38620.5332-0.4751-0.1841-0.1888-0.048-0.08190.36480.5487-0.2254-0.11010.89890.02850.694337.146565.693340.4053
22.59343.9619-1.03798.57440.11156.19060.0052-0.54071.31640.60790.0071.0827-0.3346-0.674-0.09120.5447-0.0480.21250.735-0.17531.218669.3282100.313696.7183
33.9013.46888.08150.27973.04545.7614-0.22250.13040.6811-0.2756-0.49930.62970.4361-0.8250.2260.6705-0.0243-0.09030.98140.01220.803160.663278.060673.2205
41.4497-0.93361.78093.2734-3.59213.1455-0.4361-0.90370.62870.67670.031-0.5475-0.69640.21440.18570.87010.0725-0.37940.6262-0.18170.70881.485270.0583127.1949
55.95480.1042-1.42142.87824.10516.57840.16080.39850.54660.2206-0.18680.5653-0.525-0.8381-0.02560.70060.0063-0.17740.85520.01711.150827.745386.004644.4151
63.53352.09116.1302-0.3212.22852.7693-0.0285-0.02931.12530.1053-0.71220.5390.8504-0.63660.86230.7871-0.1271-0.07090.994-0.03990.847360.092185.429371.9818
76.91460.90540.02137.4206-2.6645.5595-0.1839-0.0708-0.4180.0211-0.0884-1.01730.12430.81210.17740.3763-0.09090.02990.4892-0.00640.546883.154773.335292.5171
84.00091.26950.86262.6636-0.5842.8543-0.2823-0.77360.08420.37120.07190.398-0.23-0.77870.18210.56270.2134-0.04530.7324-0.07020.545264.85967.4779116.8155
98.2844-1.2212-0.22023.29693.04856.1612-0.6142-0.66910.93760.74750.5225-0.299-0.0728-0.65780.27941.14430.0747-0.36360.6579-0.02590.748992.753358.9889155.7329
104.21294.91616.42766.1296.16238.102-0.1724-0.66330.16540.3858-0.79860.74950.2191-1.27540.65120.7066-0.016-0.04020.9155-0.00070.556878.083141.8146119.0963
111.2479-2.7924-4.05925.04964.56935.5384-0.5616-0.28420.8195-0.08560.5647-1.3359-0.42341.9198-0.21011.0272-0.4039-0.29781.18170.01521.0789111.326661.5744142.2283
128.43842.01310.1936-0.33240.88937.11330.134-0.29080.4970.1351-0.7183-0.13270.50350.02760.39510.78660.0985-0.24520.8089-0.04470.856980.726949.3589116.4758
135.5632.28442.87926.729-2.63266.98440.29140.3817-0.33120.1538-0.41010.38330.6043-0.59170.04370.7472-0.23890.10570.7302-0.23150.759154.337532.189104.8016
142.8791-0.74521.81936.4342-3.65270.78130.0480.47620.0297-0.47270.04030.277-0.2939-0.15030.05570.5357-0.093-0.04310.6813-0.1340.305543.139162.734773.8255
157.0640.7775-0.96878.1620.94586.1542-0.09180.7245-0.2657-0.7391-0.0635-0.87410.10250.10330.12860.5081-0.05250.07290.4886-0.09920.422372.155649.256587.708
162.2844-2.47331.20623.62632.37685.1006-0.1336-0.35720.28680.2925-0.0738-0.0708-0.0973-0.39520.06930.4879-0.04150.02380.471-0.0030.41648.317669.271791.5182
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 120 )A6 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 158 through 255 )A158 - 255
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 121 through 157 )A121 - 157
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 256 through 378 )A256 - 378
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 6 through 120 )B6 - 120
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 121 through 157 )B121 - 157
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 158 through 255 )B158 - 255
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 256 through 378 )B256 - 378
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 6 through 120 )C6 - 120
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 121 through 157 )C121 - 157
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 6 through 120 )D6 - 120
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 121 through 157 )D121 - 157
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 158 through 255 )D158 - 255
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 256 through 378 )D256 - 378
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 158 through 255 )C158 - 255
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 256 through 378 )C256 - 378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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