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万見
- PDB-4hcg: Uncharacterized Cupredoxin-like Domain Protein Cupredoxin_1 with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hcg
タイトルUncharacterized Cupredoxin-like Domain Protein Cupredoxin_1 with Zinc bound from Bacillus anthracis
要素Cupredoxin 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / beta-fold / beta sandwich / Greek-key beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


EfeO-type cupredoxin-like domain / Cupredoxin-like domain / : / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
EfeO-type cupredoxin-like domain-containing protein / EfeO-type cupredoxin-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.847 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Uncharacterized Cupredoxin-like Domain Protein Cupredoxin_1 with Zinc bound from Bacillus anthracis
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2012年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cupredoxin 1
B: Cupredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5047
ポリマ－22,1772
非ポリマー3275
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area10220 Å2
手法PISA
2
A: Cupredoxin 1
ヘテロ分子

B: Cupredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5047
ポリマ－22,1772
非ポリマー3275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_455x-1/2,-y+1/2,-z+3/41
Buried area980 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area10300 Å2
手法PISA
3
A: Cupredoxin 1
ヘテロ分子

B: Cupredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5047
ポリマ－22,1772
非ポリマー3275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554y+1/2,-x+1/2,z-1/41
Buried area1580 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area9710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.500, 52.500, 172.007
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Cupredoxin 1


分子量: 11088.687 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-129 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BA_1561, GBAA_1561 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q81ST4, UniProt: A0A6L7H6L8*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.97 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20 % w/v PEG 8000, 10 mM zinc chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 21650 / Num. obs: 21650 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 26.96 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 11.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.84 / Num. unique all: 1074 / Rsym value: 0.828 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
RESOLVEモデル構築
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1032)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.847→36.288 Å / SU ML: 0.14 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.91 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 1103 5.14 %random
Rwork0.165 ---
all0.167 21477 --
obs0.167 21477 99.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.847→36.288 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1443 0 5 154 1602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1182073
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.209597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004263
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8475-1.93150.2181500.18882453260399
1.9315-2.03340.19221260.17352474260099
2.0334-2.16070.22831390.171824882627100
2.1607-2.32760.19171330.16522511264499
2.3276-2.56170.22171500.171125152665100
2.5617-2.93230.19371310.178525622693100
2.9323-3.69380.19491360.164225932729100
3.6938-36.29460.16831380.154527782916100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6131-0.4362-0.80591.7611-0.83892.80150.25580.28650.1233-0.2229-0.1417-0.2593-0.27570.6197-0.07240.2752-0.00030.02920.32460.06320.337418.032522.150745.6143
24.06-0.64910.66681.7896-0.23884.55730.16360.20820.0507-0.1495-0.2662-0.31980.1290.50730.05120.13640.02880.03470.21810.07740.221318.639614.589948.0618
32.1199-1.1247-0.6391.191-0.41891.76510.06420.21560.0067-0.0442-0.02560.0382-0.2542-0.154-0.02290.15880.0162-0.00120.22480.03210.19328.629615.783450.5594
42.05431.4306-0.78412.811-3.19354.3930.3161-0.12840.26640.011-0.26430.5230.26670.053-0.10780.2842-0.0683-0.04210.24780.02260.208116.8061-5.880178.1814
53.3541-0.08631.05042.0633-0.37492.05350.03840.0549-0.1676-0.07810.03940.06210.2855-0.2081-0.0310.2284-0.0343-0.00460.21320.02880.179520.6551-1.208972.0153
62.19850.77620.3853.0329-1.39762.5773-0.04540.1861-0.162-0.33180.1032-0.09570.4095-0.0646-0.0610.2694-0.0199-0.02040.219-0.02620.182821.6737-1.398467.2029
71.92660.3878-0.34062.44830.64221.7093-0.0464-0.0338-0.1671-0.17040.11390.05120.3154-0.0511-0.06660.2275-0.0203-0.0230.21960.05430.240529.806-1.836874.6172
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 34 through 61 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 62 through 101 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 102 through 128 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 39 through 49 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 50 through 85 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 86 through 121 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 122 through 128 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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