PDB-4hbg: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae 3 oxoacyl-[acyl car...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hbg

タイトル

Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae 3 oxoacyl-[acyl carrier protein]-reductase complexed with NADPH (form2)

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / short-chain alcohol dehydrogenase (SDR) family / Fatty acid synthetase / NADPH / mitochondrial FAS II pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

Fatty acyl-CoA biosynthesis / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / quinone binding / aerobic respiration / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Zhang, Y.J. / Gao, Y.X. / Teng, M.K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of yeast mitochondria 3-Oxoacyl-ACP Reductase OAR1
著者: Zhang, Y.J. / Gao, Y.X. / Teng, M.K.

履歴

登録	2012年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月4日	Group: Non-polymer description
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns / struct_ref_seq_dif Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hbg.cif.gz	111.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hbg.ent.gz	86.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hbg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hbg_validation.pdf.gz	768 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hbg_full_validation.pdf.gz	770.5 KB	表示
XML形式データ	4hbg_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	4hbg_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/4hbg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/4hbg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4yzd-3 4ygf-1 4li6-d 2pjq-2 3p23-4 5l3j-d 5tt8-3 5tv3-1 4yha-4 5tt3-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (3)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (3)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (3)
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ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (2)
#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

ヘテロ分子

33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.800, 50.800, 415.041
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase 分子量: 32291.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: OAR1, YKL055C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P35731, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% V/V JEFFAMINE ED2001, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月13日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→50 Å / Num. all: 15308 / Num. obs: 14440 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.066

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.27→41.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 19.734 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28502	716	5 %	RANDOM
R_work	0.24483	-	-	-
obs	0.24674	13588	89.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.767 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.54 Å²	1.77 Å²	0 Å²
2-	-	3.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→41.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1895	0	48	13	1956

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.199	1.988	2708
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.742	5	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.381	23.492	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.469	15	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.158	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.456	1.5	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.858	2	2037
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.236	3	705
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.013	4.5	671
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.27→2.333 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.451	49	-
R_work	0.358	895	-
obs	-	-	81.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6258	-0.0578	0.3505	0.8748	0.8784	2.6832	0.0994	-0.037	0.0136	0.0795	-0.0061	-0.0235	0.1515	0.0071	-0.0933	0.0402	0.0334	-0.0117	0.1683	-0.0285	0.0134	-21.9173	17.9449	-17.1291
2	42.326	-27.0823	-4.4897	17.3961	1.9602	12.8831	2.5251	1.7564	-1.4789	-1.6571	-0.9374	1.0899	1.5431	-1.0126	-1.5877	0.4227	-0.1097	-0.3124	0.4142	-0.0755	0.4048	-27.1571	9.0092	-18.6451
3	0.2514	-0.4771	0.2406	1.0651	0.0507	1.8457	0.0171	0.0253	-0.0667	0.0339	-0.0417	0.1512	0.2058	0.0275	0.0246	0.0441	0.0004	-0.0296	0.2389	-0.021	0.0866	-25.1837	15.0425	-14.9108

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 273
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	401 - 413

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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