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- PDB-4hbe: Crystal Structure of Rubella virus capsid protein (residues 127-277) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hbe
タイトルCrystal Structure of Rubella virus capsid protein (residues 127-277)
要素Capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / partial beta barrel / capsid protein
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubella virus capsid protein / Rubella capsid / Rubella membrane glycoprotein E1 / Rubella membrane glycoprotein E2 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 2 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 3 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 1 / Rubella capsid domain superfamily / Rubella membrane glycoprotein E1 / Rubella membrane glycoprotein E2 ...Rubella virus capsid protein / Rubella capsid / Rubella membrane glycoprotein E1 / Rubella membrane glycoprotein E2 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 2 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 3 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 1 / Rubella capsid domain superfamily / Rubella membrane glycoprotein E1 / Rubella membrane glycoprotein E2 / Rubella capsid protein / Chitinase A; domain 3 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Rubella virus (風疹ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mangala Prasad, V. / Fokine, A. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Rubella virus capsid protein structure and its role in virus assembly and infection.
著者: Mangala Prasad, V. / Willows, S.D. / Fokine, A. / Battisti, A.J. / Sun, S. / Plevka, P. / Hobman, T.C. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2012年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1022
ポリマ－34,1022
非ポリマー00
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area10430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.730, 71.484, 79.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-231-

HOH

詳細The biological unit is a dimer. There is 1 biological unit in the asymmetric unit (chain A & B)

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 17051.033 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rubella virus (風疹ウイルス) / 株: M33 / 遺伝子: Capsid / プラスミド: pGEX-KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8QL55, UniProt: P08563*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 4000, 24% 2-propanol, 0.05M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.006 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月25日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.006 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. all: 10303 / Num. obs: 10303 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 1.573 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.28-2.3280.4415151.486199.4
2.32-2.368.70.3514911.3471100
2.36-2.418.40.3535091.4811100
2.41-2.468.50.3044941.5051100
2.46-2.518.60.2575151.5571100
2.51-2.578.40.2315021.5591100
2.57-2.638.60.2325011.5191100
2.63-2.78.60.2135141.5961100
2.7-2.788.30.1884971.6631100
2.78-2.878.40.1785111.6911100
2.87-2.988.50.165261.6341100
2.98-3.098.40.1525021.7111100
3.09-3.248.20.1345211.681199.8
3.24-3.418.30.1165131.4571100
3.41-3.627.90.1155141.6481100
3.62-3.96.50.1075211.673199.2
3.9-4.297.60.1025131.54199
4.29-4.917.80.0915371.543199.4
4.91-6.197.90.0845401.618199.1
6.19-507.40.0825671.575195.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å35.65 Å
Translation3.5 Å35.65 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.4.0位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4HAR

4har


解像度: 2.3→37.73 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8108 / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 997 10.01 %Random
Rwork0.1994 ---
all0.2054 9961 --
obs0.2054 9961 99.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.916 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 181.9 Å2 / Biso mean: 36.9292 Å2 / Biso min: 13.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6388 Å20 Å2-0 Å2
2--5.7462 Å2-0 Å2
3----5.1074 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1564 0 0 86 1650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.232224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006296
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.455580
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.42130.32271390.251212501389100
2.4213-2.57290.31241400.237112541394100
2.5729-2.77150.3161400.234412631403100
2.7715-3.05030.33591430.217412831426100
3.0503-3.49140.2291400.208812681408100
3.4914-4.39780.24421430.17231289143299
4.3978-37.73510.20741520.17711357150998
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.1033 Å / Origin y: 10.5371 Å / Origin z: -15.7228 Å
111213212223313233
T0.1235 Å2-0.011 Å20.0297 Å2-0.1365 Å20.0312 Å2--0.2988 Å2
L1.3341 °2-0.3793 °2-0.1862 °2-2.1646 °20.9606 °2--1.9966 °2
S-0.0507 Å °-0.0848 Å °0.0296 Å °0.0667 Å °0.0693 Å °0.1031 Å °0.0301 Å °-0.1715 Å °-0.0222 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA24 - 121
2X-RAY DIFFRACTION1allB24 - 121
3X-RAY DIFFRACTION1allB - A1 - 235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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