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- PDB-4pk3: tubulin acetyltransferase complex with bisubstrate analog -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pk3
タイトルtubulin acetyltransferase complex with bisubstrate analog
要素
  • ACETYL-SER-ASP-(N-ACETYL-LYS)-THR-NH2 PEPTIDE
  • Alpha-tubulin N-acetyltransferase 1
キーワードTransferase/Peptide / tubulin / acetyltransferase / bisubstrate / coA / Transferase-Peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-tubulin acetylation / alpha-tubulin N-acetyltransferase / tubulin N-acetyltransferase activity / microtubule bundle / Cilium Assembly / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / NLRP3 inflammasome complex assembly / dentate gyrus development / regulation of fat cell differentiation / response to pain ...alpha-tubulin acetylation / alpha-tubulin N-acetyltransferase / tubulin N-acetyltransferase activity / microtubule bundle / Cilium Assembly / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / NLRP3 inflammasome complex assembly / dentate gyrus development / regulation of fat cell differentiation / response to pain / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / cilium assembly / neuron development / response to mechanical stimulus / clathrin-coated pit / regulation of microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton organization / mitotic spindle / spermatogenesis / microtubule / axon / focal adhesion / Golgi apparatus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain, ATAT-type / Alpha-tubulin N-acetyltransferase / GNAT acetyltransferase, Mec-17 / Alpha-tubulin Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Alpha-tubulin N-acetyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.347 Å
データ登録者Szyk, A. / Roll-Mecak, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1ZIANS003122 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Molecular basis for age-dependent microtubule acetylation by tubulin acetyltransferase.
著者: Szyk, A. / Deaconescu, A.M. / Spector, J. / Goodman, B. / Valenstein, M.L. / Ziolkowska, N.E. / Kormendi, V. / Grigorieff, N. / Roll-Mecak, A.
履歴
登録2014年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_name_com / entity_src_gen ...entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-tubulin N-acetyltransferase 1
B: ACETYL-SER-ASP-(N-ACETYL-LYS)-THR-NH2 PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0273
ポリマ－23,2602
非ポリマー7681
水5,332296
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.163, 52.284, 50.142
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alpha-tubulin N-acetyltransferase 1 / TAT / Acetyltransferase mec-17 homolog


分子量: 22744.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATAT1, C6orf134, MEC17, Nbla00487 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SQI0, alpha-tubulin N-acetyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド ACETYL-SER-ASP-(N-ACETYL-LYS)-THR-NH2 PEPTIDE


分子量: 515.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: With covalently linked COA, making bisubstrate analog
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.9 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris 8.5, 0.2M Ammonium Acetate, 25% Peg3350

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.347→30 Å / Num. obs: 40567 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.347→1.38 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1678) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.347→29.377 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 18.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1734 2015 5.14 %
Rwork0.1475 --
obs0.1489 39210 96.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.347→29.377 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1560 0 48 296 1904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7312298
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.833653
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006293
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3471-1.38080.24421030.16671850X-RAY DIFFRACTION67
1.3808-1.41810.23841260.16242403X-RAY DIFFRACTION87
1.4181-1.45990.2031660.16252641X-RAY DIFFRACTION98
1.4599-1.5070.22631460.15382723X-RAY DIFFRACTION100
1.507-1.56080.19811600.15642761X-RAY DIFFRACTION100
1.5608-1.62330.1871380.152743X-RAY DIFFRACTION100
1.6233-1.69720.19111380.15312748X-RAY DIFFRACTION100
1.6972-1.78670.20921300.15622761X-RAY DIFFRACTION100
1.7867-1.89860.18621420.15442759X-RAY DIFFRACTION100
1.8986-2.04510.17451470.14962744X-RAY DIFFRACTION100
2.0451-2.25090.16141350.14572769X-RAY DIFFRACTION100
2.2509-2.57640.17211760.14982736X-RAY DIFFRACTION100
2.5764-3.24540.16561480.15272782X-RAY DIFFRACTION100
3.2454-29.38450.14871600.13282775X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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