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Yorodumi- PDB-4har: Crystal Structure of Rubella virus capsid protein (residues 127-277) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4har | ||||||
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Title | Crystal Structure of Rubella virus capsid protein (residues 127-277) | ||||||
Components | Capsid protein | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / partial beta barrel / capsid protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rubella virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIRAS / Resolution: 2.663 Å | ||||||
Authors | Mangala Prasad, V. / Fokine, A. / Rossmann, M.G. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2013 Title: Rubella virus capsid protein structure and its role in virus assembly and infection. Authors: Mangala Prasad, V. / Willows, S.D. / Fokine, A. / Battisti, A.J. / Sun, S. / Plevka, P. / Hobman, T.C. / Rossmann, M.G. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4har.cif.gz | 260.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4har.ent.gz | 220.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4har.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4har_validation.pdf.gz | 491.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4har_full_validation.pdf.gz | 508.8 KB | Display | |
Data in XML | 4har_validation.xml.gz | 26.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4har_validation.cif.gz | 35.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/4har ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/4har | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | The biological unit is a dimer. There are 3 biological units in the asymmetric unit (chain A & B, chains C & D and chain E & F) |
-Components
#1: Protein | Mass: 17051.033 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: C-terminal domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rubella virus / Strain: M33 / Gene: Capsid / Plasmid: pGEX-KG / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8QL55, UniProt: P08563*PLUS #2: Chemical | ChemComp-LDA / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 25% PEG 3350, 0.2M Sodium chloride, 1% Lauryldimethylamine-oxide, 0.05M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 31, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.66→50 Å / Num. all: 29218 / Num. obs: 29218 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Χ2: 5.254 / Net I/σ(I): 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: SIRAS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 3.67 Å / D res low: 1000 Å / FOM : 0.31 / Reflection: 11016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SIRAS / Resolution: 2.663→47.623 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8142 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.24 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.727 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 163.28 Å2 / Biso mean: 53.0884 Å2 / Biso min: 14.53 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.663→47.623 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 33.2559 Å / Origin y: 15.0622 Å / Origin z: 70.6643 Å
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Refinement TLS group |
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