PDB-4har: Crystal Structure of Rubella virus capsid protein (residues 127-277)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4har

タイトル

Crystal Structure of Rubella virus capsid protein (residues 127-277)

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / partial beta barrel / capsid protein

機能・相同性

機能・相同性情報

T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rubella virus (風疹ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.663 Å

データ登録者

Mangala Prasad, V. / Fokine, A. / Rossmann, M.G.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Rubella virus capsid protein structure and its role in virus assembly and infection.
著者: Mangala Prasad, V. / Willows, S.D. / Fokine, A. / Battisti, A.J. / Sun, S. / Plevka, P. / Hobman, T.C. / Rossmann, M.G.

履歴

登録	2012年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4har.cif.gz	265.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4har.ent.gz	214.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4har.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/4har ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/4har	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hbeC 4hboC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pft-d 7c83-d 3io0-d 6ifw-2 2xph-1 5afw-d 5cv1-d 2pi2-2 3phi-1 3ztf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

C: Capsid protein

D: Capsid protein

E: Capsid protein

F: Capsid protein

ヘテロ分子

107 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Capsid protein

D: Capsid protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Capsid protein

F: Capsid protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.760, 74.786, 96.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.53, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-315- HOH
2	1	A-320- HOH

詳細

The biological unit is a dimer. There are 3 biological units in the asymmetric unit (chain A & B, chains C & D and chain E & F)

#1: タンパク質	Capsid protein 分子量: 17051.033 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rubella virus (風疹ウイルス) / 株: M33 / 遺伝子: Capsid / プラスミド: pGEX-KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8QL55, UniProt: P08563*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド分子量: 229.402 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Sodium chloride, 1% Lauryldimethylamine-oxide, 0.05M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月31日

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.66→50 Å / Num. all: 29218 / Num. obs: 29218 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.143 / Χ²: 5.254 / Net I/σ(I): 13

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.66-2.71	3.7	0.428	1245	1.843	1	86.9
2.71-2.76	4.2	0.46	1367	1.891	1	92.2
2.76-2.81	4.6	0.494	1375	1.784	1	95.2
2.81-2.87	5.1	0.483	1466	2.073	1	98.4
2.87-2.93	5.5	0.387	1460	2.13	1	99.3
2.93-3	6	0.368	1467	2.204	1	99.9
3-3.07	6.5	0.342	1476	2.41	1	99.9
3.07-3.15	6.9	0.33	1483	2.744	1	100
3.15-3.25	7.3	0.302	1479	3.161	1	100
3.25-3.35	7.5	0.254	1470	3.761	1	100
3.35-3.47	7.6	0.218	1484	4.893	1	100
3.47-3.61	7.6	0.199	1481	5.812	1	100
3.61-3.77	7.6	0.162	1482	7.023	1	100
3.77-3.97	7.7	0.143	1472	7.859	1	100
3.97-4.22	7.6	0.128	1472	8.387	1	100
4.22-4.55	7.6	0.11	1510	7.92	1	99.9
4.55-5	7.6	0.096	1477	7.636	1	99.9
5-5.73	7.6	0.098	1490	6.617	1	99.9
5.73-7.21	7.6	0.085	1506	5.618	1	100
7.21-50	7.4	0.08	1556	9.515	1	100

-
位相決定

位相決定

手法:

単一同系置換・異常分散

Phasing MAD

D res high: 3.67 Å / D res low: 1000 Å / FOM : 0.31 / 反射: 11016

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	U	19.827	0.802	0.34	0.088	0.464
2	U	60	0.399	0.38	0.365	0.655
3	U	42.736	0.806	0.045	0.3	0.613
4	U	14.534	0.386	0.041	0.076	0.382
5	U	37.371	0.585	0.259	0.177	0.358
6	U	39.739	0.576	0.169	0.366	0.414

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
13.4-1000	0.36	510
8.4-13.4	0.48	904
6.54-8.4	0.44	1160
5.54-6.54	0.42	1374
4.89-5.54	0.3	1554
4.42-4.89	0.27	1681
4.07-4.42	0.22	1863
3.79-4.07	0.2	1970

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.13	位相決定
RESOLVE		位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.663→47.623 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8142 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2304	2020	6.92 %	THIN RESOLUTION SHELLS
R_work	0.185	-	-	-
all	0.1881	29202	-	-
obs	0.1881	29202	97.53 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 31.727 Å² / k_sol: 0.333 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 163.28 Å² / B_iso mean: 53.0884 Å² / B_iso min: 14.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.7034 Å²	-0 Å²	-3.7967 Å²
2-	-	6.2744 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-11.9778 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.663→47.623 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4712	0	291	106	5109

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5156
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.337	6975
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	647
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	890
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.055	1949

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6628-2.7294	0.3697	101	0.289	1461	1562	75
2.7294-2.8032	0.3999	101	0.2736	1880	1981	93
2.8032-2.8857	0.3147	202	0.2668	1868	2070	98
2.8857-2.9788	0.2449	101	0.2448	2043	2144	100
2.9788-3.0852	0.3185	202	0.2282	1902	2104	100
3.0852-3.2088	0.3159	101	0.2137	2037	2138	100
3.2088-3.3548	0.2515	202	0.208	1943	2145	100
3.3548-3.5316	0.2437	101	0.1937	2014	2115	100
3.5316-3.7527	0.2088	202	0.1812	1942	2144	100
3.7527-4.0424	0.1836	101	0.1517	2027	2128	100
4.0424-4.4489	0.1921	202	0.1443	1953	2155	100
4.4489-5.092	0.1918	101	0.1333	2031	2132	100
5.092-6.4129	0.2229	130	0.1812	2048	2178	100
6.4129-47.6309	0.1983	173	0.1918	2033	2206	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 33.2559 Å / Origin y: 15.0622 Å / Origin z: 70.6643 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.399 Å²	0.021 Å²	0.0218 Å²	-	0.3375 Å²	0.0041 Å²	-	-	0.3084 Å²
L	0.8127 °²	0.1183 °²	0.0069 °²	-	0.3755 °²	0.0518 °²	-	-	0.0504 °²
S	-0.0406 Å °	0.0352 Å °	0 Å °	-0.1048 Å °	-0.0443 Å °	-0.0439 Å °	-0.0292 Å °	-0.0204 Å °	0.0816 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	25 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	25 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	25 - 124
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	24 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	26 - 121
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	25 - 123
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B - A	1 - 202
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 205
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D - F	1 - 202
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D - F	1 - 202
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E - D	1 - 203
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 205
13	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B - A	1 - 207
14	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 321

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