PDB-4hb5: Crystal Structure of Engineered Protein. Northeast Structural Gen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hb5

タイトル

Crystal Structure of Engineered Protein. Northeast Structural Genomics Consortium Target OR267.

要素

Engineered Protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

機能・相同性

Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

artificial gene (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.294 Å

データ登録者

Vorobiev, S. / Su, M. / Parmeggiani, F. / Seetharaman, J. / Huang, P.-S. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Lee, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. ...

引用

ジャーナル: NAT.CHEM. / 年: 2017
タイトル: Computational design of self-assembling cyclic protein homo-oligomers.
著者: Fallas, J.A. / Ueda, G. / Sheffler, W. / Nguyen, V. / McNamara, D.E. / Sankaran, B. / Pereira, J.H. / Parmeggiani, F. / Brunette, T.J. / Cascio, D. / Yeates, T.R. / Zwart, P. / Baker, D.

履歴

登録	2012年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月12日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hb5.cif.gz	131.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hb5.ent.gz	103.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hb5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hb5_validation.pdf.gz	435 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hb5_full_validation.pdf.gz	438.1 KB	表示
XML形式データ	4hb5_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	4hb5_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/4hb5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/4hb5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gmrC 4gpmSC 4hxtC 5hryC 5hrzC 5hs0C 5k7vC 5kbaC 5kwdC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hll-d 4gpm-2 5kng-2 4j8y-d 5lw2-d 5kng-1 6fpb-d 4j7w-1 4ydw-1 2xee-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NESG-OR267

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Engineered Protein

B: Engineered Protein

37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Engineered Protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Engineered Protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.977, 45.469, 63.152
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.170, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

monomer,18.88 kD,98.5%

#1: タンパク質	Engineered Protein 分子量: 18475.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / プラスミド: OR267-21.1-SeM-R2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) +magic
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.85 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: microbatch crystallization under oil / pH: 8 詳細: 20% PEG 4000, 0.1M magnesium sulfate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, Microbatch crystallization under oil, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97885 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月21日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97885 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 27096 / Num. obs: 26798 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 28.07 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 24.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.146 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / Num. unique all: 2694 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GPM

4gpm

解像度: 2.294→35.537 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.63 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 23.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	1316	4.96 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.196	26546	97.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 30.706 Å² / k_sol: 0.343 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.8 Å² / B_iso mean: 39.025 Å² / B_iso min: 10.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.868 Å²	0 Å²	5.09 Å²
2-	-	-10.693 Å²	0 Å²
3-	-	-	12.561 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.294→35.537 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2419	0	0	93	2512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2455
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.375	3309
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	360
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	450
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.113	947

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.294-2.386	0.257	120	0.194	2814	2934	98
2.386-2.494	0.255	171	0.186	2857	3028	100
2.494-2.626	0.264	168	0.203	2792	2960	99
2.626-2.79	0.363	146	0.234	2707	2853	95
2.79-3.006	0.274	142	0.224	2899	3041	100
3.006-3.308	0.247	115	0.216	2881	2996	100
3.308-3.786	0.227	145	0.193	2731	2876	95
3.786-4.768	0.18	151	0.16	2770	2921	97
4.768-35.541	0.206	158	0.186	2779	2937	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3738	-0.3159	0.0875	0.4424	0.2472	0.6694	-0.0195	0.059	0.0016	0.027	-0.0474	0.0517	-0.0022	-0.0154	-0	0.1043	-0.0162	0.0121	0.1148	-0.0249	0.1212	19.8522	-0.1534	6.1475
2	0.3485	-0.0496	-0.0443	0.812	-0.5892	0.271	0.0135	0.0154	0.0033	-0.0922	-0.1484	0.0246	0.0721	0.0299	0	0.1493	-0.0066	-0.0138	0.1195	0.0179	0.1186	19.618	1.5663	36.6574

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	2 - 158
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	2 - 163

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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