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- PDB-4h9d: Crystal Structure of Mn-dependent Gme HNH nicking endonuclease fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h9d
タイトルCrystal Structure of Mn-dependent Gme HNH nicking endonuclease from Geobacter metallireducens GS-15, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target GmR87
要素HNH endonuclease
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / nicking endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / nucleic acid binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA Binding (I), subunit A - #50 / HNH endonuclease / : / HNH endonuclease / HNH endonuclease / DNA Binding (I), subunit A / HNH nucleases / HNH nuclease / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HNH endonuclease family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter metallireducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.599 Å
データ登録者Kuzin, A. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Fang, F. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L. / Owens, L. / Chen, C.X. / Everett, J.K. ...Kuzin, A. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Fang, F. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L. / Owens, L. / Chen, C.X. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target GmR87
著者: Kuzin, A. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Fang, F. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L. / Owens, L. / Chen, C.X. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2012年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年10月10日ID: 2QGP
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HNH endonuclease
B: HNH endonuclease
C: HNH endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3697
ポリマ－40,1483
非ポリマー2214
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13430 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)40.674, 83.385, 225.116
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細dimer,23.9 kD,91%

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要素

#1: タンパク質 HNH endonuclease


分子量: 13382.799 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Geobacter metallireducens (バクテリア)
株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 参照: UniProt: Q39X46
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), Reservoir solution: MG-sulfate 0.2M, PEG 8000 20% (v/v), Tris-HCl 0.1M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 22466 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_988精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.599→39.097 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 580 4.79 %
Rwork0.2334 --
obs0.2342 12105 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.108 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--23.6698 Å20 Å2-0 Å2
2--44.1332 Å2-0 Å2
3----20.4634 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.599→39.097 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2228 0 4 13 2245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072281
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2973073
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.332900
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008400
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5989-2.86040.38391320.33162756X-RAY DIFFRACTION96
2.8604-3.27410.28791480.27282831X-RAY DIFFRACTION99
3.2741-4.12430.23511430.24042898X-RAY DIFFRACTION99
4.1243-39.1010.22321570.19773040X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.8005 Å / Origin y: -21.7128 Å / Origin z: -28.3897 Å
111213212223313233
T0.3313 Å2-0.0003 Å2-0.0252 Å2-0.3374 Å20.0637 Å2--0.359 Å2
L0.0865 °20.0028 °2-0.0703 °2-0.3864 °20.5011 °2--0.7037 °2
S-0.0047 Å °-0.1243 Å °0.227 Å °0.1406 Å °0.0427 Å °-0.0468 Å °0.3031 Å °-0.0834 Å °0.0076 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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