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- PDB-4h8o: Crystal structure of a parallel 6-helix coiled coil CC-Hex-N24 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h8o
タイトルCrystal structure of a parallel 6-helix coiled coil CC-Hex-N24
要素CC-Hex-N24
キーワードDE NOVO PROTEIN / CC-Hex / parallel / hexameric coiled coil / N-terminal acetylation / C-terminal amidation
生物種Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.598 Å
データ登録者Chi, B. / Zaccai, N.R. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: TBA
著者: Chi, B. / Zaccai, N.R. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2012年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CC-Hex-N24
B: CC-Hex-N24
C: CC-Hex-N24
D: CC-Hex-N24
E: CC-Hex-N24
F: CC-Hex-N24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2776
ポリマ－19,2776
非ポリマー00
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9610 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area10150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.880, 111.050, 35.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-123-

HOH

21B-125-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
CC-Hex-N24


分子量: 3212.780 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: standard F-moc solid phase peptide synthesis / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 3% D-sorbitol, 20 mM sodium formate, 20 mM ammonium acetate, 20 mM trisodium citrate, 20 mM sodium potassium L-tartrate, 20 mM sodium oxamate; 100 mM MES/imidazole pH 6.5; and 10 % PEG 20K, ...詳細: 3% D-sorbitol, 20 mM sodium formate, 20 mM ammonium acetate, 20 mM trisodium citrate, 20 mM sodium potassium L-tartrate, 20 mM sodium oxamate; 100 mM MES/imidazole pH 6.5; and 10 % PEG 20K, 20 % PEG MME 550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.598→50.9 Å / Num. all: 27793 / Num. obs: 27487

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7_650) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3R46

3r46


解像度: 1.598→46.256 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 32.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2493 2501 4.99 %
Rwork0.2147 --
obs0.2164 50075 95.95 %
all-50632 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.059 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7934 Å20 Å20 Å2
2--1.0109 Å2-0 Å2
3---0.7824 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.598→46.256 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1362 0 0 219 1581
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161363
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4651812
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.56522
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094210
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005234
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.598-1.62870.51821190.44692345X-RAY DIFFRACTION84
1.6287-1.66190.47641070.43342470X-RAY DIFFRACTION91
1.6619-1.69810.43671370.41422611X-RAY DIFFRACTION92
1.6981-1.73760.35851360.37972560X-RAY DIFFRACTION94
1.7376-1.7810.35661380.36432585X-RAY DIFFRACTION94
1.781-1.82920.40191380.33982602X-RAY DIFFRACTION94
1.8292-1.8830.38821320.3292580X-RAY DIFFRACTION93
1.883-1.94380.30811390.30542648X-RAY DIFFRACTION97
1.9438-2.01330.30721310.24282669X-RAY DIFFRACTION96
2.0133-2.09390.27671720.21692681X-RAY DIFFRACTION98
2.0939-2.18920.25571390.21392620X-RAY DIFFRACTION97
2.1892-2.30460.25821320.18352740X-RAY DIFFRACTION98
2.3046-2.4490.19571610.16822732X-RAY DIFFRACTION99
2.449-2.6380.22011280.15722755X-RAY DIFFRACTION100
2.638-2.90350.24991500.18482743X-RAY DIFFRACTION100
2.9035-3.32350.21691520.17452732X-RAY DIFFRACTION100
3.3235-4.18690.16811560.15822764X-RAY DIFFRACTION100
4.1869-46.27540.23261340.20812737X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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