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万見
- PDB-4h8g: crystal structure of a parallel 6-helix coiled coil CC-Hex-IL- 22 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h8g
タイトルcrystal structure of a parallel 6-helix coiled coil CC-Hex-IL- 22
要素CC-Hex-IL-22
キーワードDE NOVO PROTEIN / spiral/offset 6-straded coiled coil / N-terminal acetylation / C-terminal amidation
生物種Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.699 Å
データ登録者Chi, B. / Zaccai, N.R. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc.
タイトル: TBA
著者: Chi, B. / Zaccai, N.R. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2012年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CC-Hex-IL-22
B: CC-Hex-IL-22
C: CC-Hex-IL-22
D: CC-Hex-IL-22
E: CC-Hex-IL-22
F: CC-Hex-IL-22
I: CC-Hex-IL-22
J: CC-Hex-IL-22
G: CC-Hex-IL-22
H: CC-Hex-IL-22
K: CC-Hex-IL-22
L: CC-Hex-IL-22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,86112
ポリマ－39,86112
非ポリマー00
水5,639313
1
A: CC-Hex-IL-22
D: CC-Hex-IL-22
F: CC-Hex-IL-22
I: CC-Hex-IL-22
J: CC-Hex-IL-22
H: CC-Hex-IL-22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9306
ポリマ－19,9306
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7950 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area10790 Å2
手法PISA
2
B: CC-Hex-IL-22
C: CC-Hex-IL-22
E: CC-Hex-IL-22
G: CC-Hex-IL-22
K: CC-Hex-IL-22
L: CC-Hex-IL-22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9306
ポリマ－19,9306
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8120 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area10500 Å2
手法PISA
3
A: CC-Hex-IL-22
D: CC-Hex-IL-22
F: CC-Hex-IL-22
I: CC-Hex-IL-22
J: CC-Hex-IL-22
H: CC-Hex-IL-22

B: CC-Hex-IL-22
C: CC-Hex-IL-22
E: CC-Hex-IL-22
G: CC-Hex-IL-22
K: CC-Hex-IL-22
L: CC-Hex-IL-22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,86112
ポリマ－39,86112
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x+1/2,y+1/2,z1
Buried area18290 Å2
ΔGint-210 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.990, 126.800, 127.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細crystal structure in agreement with solution-phase biophysics (AUC)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
CC-Hex-IL-22


分子量: 3321.732 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: standard F-moc solid phase peptide synthesis / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 %

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0410.97
シンクロトロンDiamond I0421.7
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 3151CCD
ADSC QUANTUM 3152CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971
21.71
反射解像度: 1.699→69.2 Å / Num. all: 46763 / Num. obs: 46623

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0117 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.699→38.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 2.394 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27974 2364 5.1 %RANDOM
Rwork0.24707 ---
obs0.24873 44355 99.66 %-
all-44488 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.233 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20 Å2
2---0.9 Å2-0 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.699→38.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2672 0 0 313 2985
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192672
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1522.0733547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5015347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.6723072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.67615576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0210.021772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.699→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.497 151 -
Rwork0.455 3066 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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