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万見
- PDB-4h8k: Crystal structure of LC11-RNase H1 in complex with RNA/DNA hybrid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h8k
タイトルCrystal structure of LC11-RNase H1 in complex with RNA/DNA hybrid
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*CP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3')
  • Ribonuclease HリボヌクレアーゼH
キーワードHydrolase/DNA/RNA / RNase H (リボヌクレアーゼH) / Ribonuclease H RNA DNA Hybrid / Hydrolase (加水分解酵素) / Ribonuclease H (リボヌクレアーゼH) / Hydrolase-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


リボヌクレアーゼH / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase-like / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / リボヌクレアーゼH
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured organism (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nguyen, T.N. / You, D.J. / Matsumoto, H. / Kanaya, E. / Kanaya, S.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of metagenome-derived LC11-RNase H1 in complex with RNA/DNA hybrid
著者: Nguyen, T.N. / You, D.J. / Matsumoto, H. / Kanaya, E. / Koga, Y. / Kanaya, S.
履歴
登録2012年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease H
B: Ribonuclease H
C: RNA (5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0054
ポリマ－40,0054
非ポリマー00
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area16470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.613, 90.758, 55.605
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease H / リボヌクレアーゼH / LC11-RNase H1


分子量: 15630.956 Da / 分子数: 2 / 変異: D77N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured organism (環境試料) / プラスミド: pET25b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MIC2067(DE3) / 参照: UniProt: E0X767, リボヌクレアーゼH
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3')


分子量: 4382.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in bacteria
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*CP*G)-3')


分子量: 4360.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in bacteria
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M Tris, 25% PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月13日
放射モノクロメーター: horizontal focusing mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 17868 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 42.556
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.3-2.346.80.225.72782182.1
2.34-2.386.90.2115.78797186
2.38-2.436.90.2015.89813188
2.43-2.487.10.1726.01857192.5
2.48-2.537.20.1616.45870192.1
2.53-2.597.40.146.42897198

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U3G

3u3g


解像度: 2.3→38.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 7.64 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.349 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27785 919 5.2 %RANDOM
Rwork0.20658 ---
all0.21025 ---
obs0.21025 16914 95.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.048 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.2 Å2-0 Å21.35 Å2
2---3.68 Å2-0 Å2
3---7.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2156 579 0 92 2827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.239
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.075
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.702
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
LS精密化 シェル解像度: 2.299→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 63 -
Rwork0.281 1079 -
obs--82.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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