PDB-3shw: Crystal structure of ZO-1 PDZ3-SH3-Guk supramodule complex with C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3shw

タイトル

Crystal structure of ZO-1 PDZ3-SH3-Guk supramodule complex with Connexin-45 peptide

要素

Gap junction gamma-1 protein
Tight junction protein ZO-1

キーワード

CELL ADHESION / PDZ-SH3-Guk supramodule

機能・相同性

機能・相同性情報

gap junction channel activity involved in SA node cell-atrial cardiac muscle cell electrical coupling / SA node cell to atrial cardiac muscle cell communication by electrical coupling / AV node cell to bundle of His cell communication by electrical coupling / gap junction channel activity involved in AV node cell-bundle of His cell electrical coupling / positive regulation of blood-brain barrier permeability / adherens junction maintenance / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / ameloblast differentiation / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction ...gap junction channel activity involved in SA node cell-atrial cardiac muscle cell electrical coupling / SA node cell to atrial cardiac muscle cell communication by electrical coupling / AV node cell to bundle of His cell communication by electrical coupling / gap junction channel activity involved in AV node cell-bundle of His cell electrical coupling / positive regulation of blood-brain barrier permeability / adherens junction maintenance / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / ameloblast differentiation / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / protein localization to cell-cell junction / cell development / Electric Transmission Across Gap Junctions / regulation of cell junction assembly / establishment of endothelial intestinal barrier / gap junction assembly / atrial cardiac muscle cell action potential / Regulation of gap junction activity / protein localization to bicellular tight junction / connexin complex / protein localization to adherens junction / gap junction / gap junction channel activity / Gap junction assembly / cell-cell junction organization / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / actomyosin structure organization / cell-cell junction assembly / Signaling by Hippo / tight junction / cardiac muscle tissue development / negative regulation of stress fiber assembly / podosome / regulation of bicellular tight junction assembly / apical junction complex / maintenance of blood-brain barrier / positive regulation of sprouting angiogenesis / regulation of cytoskeleton organization / monoatomic ion channel activity / intercalated disc / bicellular tight junction / vasculogenesis / cell adhesion molecule binding / muscle contraction / visual perception / cell projection / adherens junction / cell-cell adhesion / cell junction / apical part of cell / cell-cell signaling / actin cytoskeleton organization / basolateral plasma membrane / chemical synaptic transmission / calmodulin binding / positive regulation of cell migration / cadherin binding / positive regulation of cell population proliferation / synapse / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Yu, J. / Pan, L. / Chen, J. / Yu, H. / Zhang, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of the PDZ3-SH3-GuK Tandem of ZO-1 Suggests a Supramodular Organization of the Conserved MAGUK Family Scaffold Core
著者: Pan, L. / Chen, J. / Yu, J. / Yu, H. / Zhang, M.

履歴

登録	2011年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3shw.cif.gz	157.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3shw.ent.gz	125.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3shw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/3shw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/3shw	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Tight junction protein ZO-1

B: Gap junction gamma-1 protein

54.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.005, 86.955, 141.401
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tight junction protein ZO-1 / Tight junction protein 1 / Zona occludens protein 1 / Zonula occludens protein 1 分子量: 53013.246 Da / 分子数: 1 断片: PDZ3 domain, SH3 domain and Guanylate kinase-like domain, UNP residues 421-888 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07157
#2: タンパク質・ペプチド	Gap junction gamma-1 protein / Connexin-45 / Cx45 / Gap junction alpha-7 protein 分子量: 1050.144 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal, UNP residues 387-396 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The C-terminal Connexin 45 peptide was synthesized. / 参照: UniProt: P36383
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 16% (w/v) PEG 8000, 0.1M Sodium Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→74.12 Å / Num. all: 13414 / Num. obs: 13414 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	最高解像度: 2.9 Å / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→74.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 32.712 / SU ML: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.353 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25299	663	5 %	RANDOM
R_work	0.20875	-	-	-
obs	0.21083	12726	95.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.654 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→74.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2746	0	0	13	2759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	2797
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.006	1.958	3776
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.963	5	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.217	23.942	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.865	15	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.525	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.187	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.085	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.227	1.5	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.399	2	2741
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.602	3	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.026	4.5	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.901→2.977 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	46	-
R_work	0.297	935	-
obs	-	-	97.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	22.7018	6.5483	0.3067	9.8525	0.2386	13.1616	0.317	-2.6872	-1.0774	0.3869	-0.8166	-0.8132	0.8605	0.2883	0.4996	0.0373	-0.166	-0.0736	0.6425	0.4491	0.545	15.197	-31.044	5.196
2	7.8144	12.2864	-0.2433	19.88	-3.1792	13.917	0.0893	0.1322	-0.5325	-0.4633	-0.3787	-0.3831	1.3581	0.253	0.2894	-0.0143	0.0405	0.1012	0.3797	0.0573	0.2193	15.228	-25.263	-9.299
3	0.0374	0.6879	0.2548	18.5588	-2.4135	10.2774	0.9202	-0.1003	-1.0623	0.4727	-1.1082	-2.4035	2.4297	0.8772	0.188	0.462	0.0212	-0.1236	0.7331	0.2212	1.0063	17.713	-36.949	-0.737
4	18.6252	8.6156	-1.5438	10.771	0.8539	6.2053	0.5218	-0.7229	0.9972	0.2752	-0.3617	1.0637	-0.4561	-0.2235	-0.1601	-0.0779	0.0227	0.0367	0.3396	0.1591	0.2135	13.595	-20.669	-2.549
5	14.7342	8.5592	-3.1556	21.864	2.171	1.6249	1.5151	-2.9874	-0.3155	2.1605	-1.356	-0.8451	0.5691	1.3607	-0.1591	0.298	-0.2175	-0.029	1.1272	0.4067	0.2718	19.311	-24.337	7.522
6	14.1832	1.767	-21.8364	5.8063	-2.2548	43.3939	-1.1166	2.0707	-1.6445	-1.9864	0.4153	0.2009	2.7393	-2.5264	0.7013	0.6716	-0.1237	0.0736	0.6011	-0.0713	0.5254	9.616	-31.277	-13.063
7	7.2952	1.4692	-0.9097	4.6435	-0.6417	5.3559	-0.0639	0.24	0.0754	-0.1727	0.2064	-0.1019	-0.2268	0.1156	-0.1425	0.0482	-0.0057	-0.0214	0.285	0.1144	0.1027	23.879	-9.185	-18.213
8	0.8596	-2.6221	-0.8252	14.8681	-2.6048	14.0125	0.5232	0.0512	-0.0403	-0.1933	0.1986	0.12	0.5822	1.1202	-0.7217	-0.1096	-0.0451	0.0863	0.2748	0.0666	0.1445	23.813	-12.677	-17.757
9	9.0493	-4.2579	-0.4287	7.717	-4.6208	16.0634	0.2011	0.8069	0.315	-0.6183	0.0057	0.1408	-0.3265	-0.4236	-0.2067	0.0922	-0.0746	-0.0413	0.1642	0.0884	0.2601	20.954	-8.7	-21.831
10	3.1397	12.7039	2.3821	59.9406	-9.7631	45.8988	0.4991	-1.3825	1.782	1.2179	-0.682	-2.3738	-1.3395	0.5263	0.1829	0.2187	-0.0383	-0.1151	0.3895	0.0586	0.3263	29.841	-3.223	-8.067
11	3.7856	-2.7953	7.0213	2.064	-5.1845	13.0227	0.6688	-0.2937	1.3023	0.506	-0.2094	-0.9149	-2.0026	-1.0483	-0.4594	1.5574	-0.12	0.1038	1.1411	-0.1774	1.6462	25.045	6.231	-8.475
12	1.6887	-0.107	-0.8224	7.426	-3.0081	3.9383	0.1512	0.0149	-0.0818	0.4943	0.4951	1.1387	-0.7186	-0.4767	-0.6463	0.2192	0.1725	0.046	0.3938	0.068	0.3506	11.198	8.848	-21.597
13	27.8416	-8.4261	-5.5523	12.7577	-9.1707	12.6423	-0.3249	0.7741	2.1979	-0.0932	1.8327	1.355	-0.7427	-2.2913	-1.5078	0.6083	0.295	0.1634	0.7908	0.3336	1.0965	4.336	24.101	-31.382
14	9.7355	5.0826	1.0502	3.2838	-0.2098	14.6079	0.0074	-1.5036	1.7449	1.3916	-0.2332	1.6861	-1.8702	-0.7224	0.2258	1.2149	0.4749	0.4541	0.7717	0.0693	1.2217	4.228	22.418	-15.888
15	3.395	4.7945	2.6342	12.6786	-3.0043	9.6978	-0.0221	-0.4786	0.0952	1.4151	0.5829	0.5161	-1.2649	-0.4826	-0.5608	0.6065	0.3382	0.3077	0.6388	0.0119	0.4206	10.127	14.815	-17.152
16	1.8098	0.9703	1.8357	8.6314	-1.5147	2.6319	-0.1912	0.2103	-0.1314	0.3308	0.4297	-0.1076	-1.2146	0.095	-0.2384	0.4026	0.0576	0.0239	0.2735	-0.0486	0.2039	20.705	18.58	-31.262
17	9.3048	-1.905	-0.7351	10.2811	-4.3382	17.2099	0.0162	-0.2757	0.7581	1.2405	0.2562	0.1592	-1.7513	-0.2478	-0.2724	0.7009	0.0061	0.0389	0.236	-0.019	0.3291	22.261	30.798	-33.317
18	12.8982	12.6237	-1.4704	34.6998	-7.2999	12.4736	-0.0175	0.2306	-0.0035	0.4458	0.323	-0.6447	-1.1903	0.7272	-0.3055	0.4943	0.0102	-0.2251	0.4181	-0.038	0.4978	27.014	15.615	-24.514
19	4.3638	0.1635	-3.2837	3.7311	-2.7622	4.3408	-0.2334	0.6725	-0.5007	-0.2307	0.7362	0.7824	-0.1709	-0.8946	-0.5027	0.4289	0.0091	-0.0188	0.3869	-0.0035	0.375	14.198	15.919	-35.59
20	9.2221	-1.4984	8.3966	16.4733	-3.5365	7.9358	0.1657	0.2002	0.2176	-0.5379	0.6682	0.2226	0.1341	-1.4437	-0.8338	-0.0029	0.1816	0.0733	0.5741	0.1825	0.531	7.848	2.027	-23.412
21	17.963	5.2738	15.8033	15.0097	17.2553	25.7261	0.0585	-0.6068	-1.8036	-2.4363	1.5954	0.1551	-0.9736	2.3303	-1.6539	0.6499	0.0891	0.2655	0.783	0.2774	1.1984	27.02	-28.287	-7.949

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	421 - 434
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	435 - 447
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	448 - 464
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	465 - 486
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	487 - 498
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	499 - 513
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	514 - 552
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	553 - 563
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	564 - 578
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	579 - 585
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	586 - 631
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	632 - 656
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	657 - 668
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	669 - 699
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	700 - 721
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	722 - 737
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	738 - 755
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	756 - 767
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	768 - 791
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	792 - 802
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	1134 - 1140

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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