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- PDB-4h86: Crystal structure of Ahp1 from Saccharomyces cerevisiae in reduce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h86
タイトルCrystal structure of Ahp1 from Saccharomyces cerevisiae in reduced form
要素Peroxiredoxin type-2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxin type-2
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 Regulates Metabolic Genes / Detoxification of Reactive Oxygen Species / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / response to metal ion / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / peroxisome / cellular response to oxidative stress / mitochondrion ...TP53 Regulates Metabolic Genes / Detoxification of Reactive Oxygen Species / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / response to metal ion / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / peroxisome / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin-5-like / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxiredoxin AHP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.004 Å
データ登録者Liu, M. / Wang, F. / Qiu, R. / Wu, T. / Gu, S. / Tang, R. / Ji, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Ahp1 from Saccharomyces cerevisiae in reduced form
著者: Liu, M. / Wang, F. / Qiu, R. / Wu, T. / Gu, S. / Tang, R. / Ji, C.
履歴
登録2012年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin type-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5931
ポリマ－21,5931
非ポリマー00
水4,432246
1
A: Peroxiredoxin type-2

A: Peroxiredoxin type-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1872
ポリマ－43,1872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_566x,-y+1,-z+3/21
Buried area1130 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.049, 149.049, 149.049
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-236-

HOH

21A-433-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Peroxiredoxin type-2 / AHPC1 / Cytoplasmic thiol peroxidase 3 / cTPx 3 / Peroxiredoxin type II / Peroxisomal alkyl ...AHPC1 / Cytoplasmic thiol peroxidase 3 / cTPx 3 / Peroxiredoxin type II / Peroxisomal alkyl hydroperoxide reductase / TPx type II / Thiol-specific antioxidant II / TSA II / Thioredoxin peroxidase type II / Thioredoxin reductase type II


分子量: 21593.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AHP1, YLR109W, L2916, L9354.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38013, peroxiredoxin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.75 % / Mosaicity: 0.251 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: Protein Solution (40 mg/ml Ahp1 protein, in Milli-Q water containing 10mM DTT) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (0.1 M BIS-TRIS pH 5.4, 2.0 M Ammonium Sulfate) Cryoprotected with ...詳細: Protein Solution (40 mg/ml Ahp1 protein, in Milli-Q water containing 10mM DTT) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (0.1 M BIS-TRIS pH 5.4, 2.0 M Ammonium Sulfate) Cryoprotected with 20% Glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月8日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 37056 / Num. obs: 37056 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 44.8 % / Biso Wilson estimate: 29.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Χ2: 2.82 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.03450.76518441.2631100
2.03-2.0744.90.65518501.4031100
2.07-2.1145.10.53518201.3181100
2.11-2.1544.90.43718631.361100
2.15-2.2450.38218171.4081100
2.2-2.2545.10.37818481.6081100
2.25-2.31450.32618411.4651100
2.31-2.37450.27218441.5521100
2.37-2.4445.10.25618371.6951100
2.44-2.52450.23618331.9041100
2.52-2.6145.10.22218352.1561100
2.61-2.7144.80.21118522.5361100
2.71-2.84450.18118633.1381100
2.84-2.9944.80.16918333.8691100
2.99-3.1744.70.14718504.3531100
3.17-3.4244.30.11718634.5521100
3.42-3.7643.40.09618604.8361100
3.76-4.3144.70.08418725.2471100
4.31-5.4345.30.07918845.3061100
5.43-5043.40.07619475.349199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1TP9, 3UMA, 1NM3 AND 2PWJ

1tp9

3uma

1nm3

2pwj


解像度: 2.004→35.131 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.03 / FOM work R set: 0.889 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1734 1863 5.03 %RANDOM
Rwork0.1576 ---
all0.1584 37055 --
obs0.1584 37007 99.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.29 Å2 / Biso mean: 33.7781 Å2 / Biso min: 15.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.004→35.131 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1422 0 0 246 1668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061484
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9072024
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066230
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004260
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.438530
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.0036-2.05780.20481380.186226902828
2.0578-2.11830.21691450.171926862831
2.1183-2.18670.18591400.16326772817
2.1867-2.26480.20051430.165227072850
2.2648-2.35550.181410.175926762817
2.3555-2.46260.20061450.172726662811
2.4626-2.59240.2421410.172627032844
2.5924-2.75480.20671430.174426852828
2.7548-2.96740.16641400.165526892829
2.9674-3.26580.17221480.159127102858
3.2658-3.73790.14481420.138827212863
3.7379-4.70760.1391470.126127152862
4.7076-35.13660.17951500.171428192969

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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