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- PDB-4h6y: Crystal structure of the DH-PH-PH domain of FARP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h6y
タイトルCrystal structure of the DH-PH-PH domain of FARP1
要素FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / FARP1 / DH-PH / GEF / guanine nucleotide exchange factor
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl-nucleotide exchange factor activity => GO:0005085 / guanyl-nucleotide exchange factor activity => GO:0005085 / negative regulation of phosphatase activity / dendrite morphogenesis / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / synapse assembly / cytoskeletal protein binding / filopodium / dendritic spine / cytoskeleton ...guanyl-nucleotide exchange factor activity => GO:0005085 / guanyl-nucleotide exchange factor activity => GO:0005085 / negative regulation of phosphatase activity / dendrite morphogenesis / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / synapse assembly / cytoskeletal protein binding / filopodium / dendritic spine / cytoskeleton / dendrite / cytosol
類似検索 - 分子機能
FARP1/FARP2/FRMD7, FERM domain C-lobe / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / Ezrin/radixin/moesin-like / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain ...FARP1/FARP2/FRMD7, FERM domain C-lobe / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / Ezrin/radixin/moesin-like / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FERM, ARHGEF and pleckstrin domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 4.09 Å
データ登録者He, X. / Zhang, X.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Autoinhibition of the Guanine Nucleotide Exchange Factor FARP2.
著者: He, X. / Kuo, Y.C. / Rosche, T.J. / Zhang, X.
履歴
登録2012年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references
改定 1.22016年12月21日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 1
B: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,8402
ポリマ－115,8402
非ポリマー00
水00
1
A: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9201
ポリマ－57,9201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9201
ポリマ－57,9201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.237, 142.237, 105.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 1 / Chondrocyte-derived ezrin-like protein / Pleckstrin homology domain-containing family C member 2 / ...Chondrocyte-derived ezrin-like protein / Pleckstrin homology domain-containing family C member 2 / PH domain-containing family C member 2


分子量: 57919.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDEP, FARP1, PLEKHC2
プラスミド: modified pET28a with a preScission protease site
発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y4F1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 100 mM MES, 0.2 M Mg formate, 14% PEG3350, pH 6.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月11日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.09→50 Å / Num. all: 18849 / Num. obs: 18762 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
4.09-4.176.50.506197.7
4.17-4.257.80.437199.4
4.25-4.337.90.3561100
4.33-4.427.80.269199.5
4.42-4.517.90.2341100
4.51-4.627.80.213199.6
4.62-4.737.80.21100
4.73-4.867.80.163199.7
4.86-57.80.1561100
5-5.167.80.159199.7
5.16-5.357.80.153199.7
5.35-5.567.80.147199.7
5.56-5.827.80.1541100
5.82-6.127.80.143199.8
6.12-6.57.70.129199.8
6.5-7.017.70.113199.9
7.01-7.717.60.101199.8
7.71-8.827.50.083199.6
8.82-11.097.30.071199.7
11.09-507.10.069197.4

-
位相決定

位相決定
手法
多波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 4.09→42.574 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 1.51 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 32.56 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3173 1848 5.11 %
Rwork0.2887 --
obs0.2902 18762 95.98 %
溶媒の処理減衰半径: 1.24 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 149.718 Å2 / ksol: 0.302 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0889 Å20 Å20 Å2
2--1.0889 Å2-0 Å2
3----2.1778 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.09→42.574 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5955 0 0 0 5955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046083
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7188290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4511961
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046982
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031046
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.09-4.19720.38591360.34862327X-RAY DIFFRACTION83
4.1972-4.32060.33541340.31462529X-RAY DIFFRACTION92
4.3206-4.45990.30451520.29262617X-RAY DIFFRACTION96
4.4599-4.61910.31561380.27562647X-RAY DIFFRACTION96
4.6191-4.80380.37811500.26362632X-RAY DIFFRACTION97
4.8038-5.02210.26471450.25982640X-RAY DIFFRACTION97
5.0221-5.28650.30691360.28422758X-RAY DIFFRACTION98
5.2865-5.6170.34111330.29432642X-RAY DIFFRACTION98
5.617-6.04960.321440.32652695X-RAY DIFFRACTION98
6.0496-6.65630.30531540.30952719X-RAY DIFFRACTION99
6.6563-7.61470.26171400.292721X-RAY DIFFRACTION99
7.6147-9.57570.25841320.25922767X-RAY DIFFRACTION99
9.5757-42.57580.36471540.2942657X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.07963.93980.64046.55224.55626.0668-0.3035-0.9171-1.22740.3977-0.0401-0.23540.74070.19970.42131.0093-0.02670.17290.66570.19530.84-44.234918.641446.5027
22.92731.0203-1.31824.8085-3.09013.55070.67221.0194-0.0146-0.1806-0.27790.02160.21330.22620.42110.6455-0.33040.74951.195-0.39420.3313-63.179833.887222.6727
35.83482.7114-0.51195.18431.49562.17-0.42590.260.2506-0.3682-0.06680.46920.30640.03610.29171.1255-0.1456-0.25450.69580.04481.0052-53.40537.384349.4721
44.71392.8356-3.66718.7236-3.95275.10040.26060.5797-0.53980.57950.0306-0.21980.4441-0.7445-0.22530.9566-0.1582-0.2390.8617-0.14030.6101-32.954512.863815.1178
55.58680.87440.13896.41853.86315.5634-0.622-0.48080.4910.58070.36490.01221.2138-0.42340.37491.02060.03050.2910.20050.01870.3239-10.59783.279738.8354
64.3392-0.27550.26412.0328-1.68183.29650.66030.6895-0.7342-0.1519-0.70670.5289-0.23690.1396-0.06491.2285-0.3828-0.23030.84720.24180.9195-11.919113.592411.7206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 537:746
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 747:859
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 910:1030
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESID 538:746
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND RESID 747:861
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESID 910:1029

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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