[日本語] English
万見
- PDB-4cz2: Complex of human VARP-ANKRD1 with Rab32-GppCp. Selenomet derivative. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cz2
タイトルComplex of human VARP-ANKRD1 with Rab32-GppCp. Selenomet derivative.
要素
  • ANKYRIN REPEAT DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 27
  • RAS-RELATED PROTEIN RAB-32
キーワードSIGNALING PROTEIN / VARP / RAB-EFFECTOR / RAB / ENDOSOME / VESICLE TRAFFICKING / MELANOSOME BIOGENESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


BLOC-2 complex binding / AP-3 adaptor complex binding / negative regulation of SNARE complex assembly / AP-1 adaptor complex binding / tubular endosome / endosome to melanosome transport / melanosome assembly / phagosome maturation / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / GTP-dependent protein binding ...BLOC-2 complex binding / AP-3 adaptor complex binding / negative regulation of SNARE complex assembly / AP-1 adaptor complex binding / tubular endosome / endosome to melanosome transport / melanosome assembly / phagosome maturation / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / GTP-dependent protein binding / RAB geranylgeranylation / melanosome membrane / early endosome to late endosome transport / melanosome organization / positive regulation of dendrite morphogenesis / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / endocytic recycling / protein localization to membrane / antigen processing and presentation / transport vesicle / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / endomembrane system / cytoplasmic vesicle membrane / GTPase activator activity / SNARE binding / neuron projection morphogenesis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small monomeric GTPase / mitochondrion organization / intracellular protein transport / trans-Golgi network / positive regulation of neuron projection development / small GTPase binding / phagocytic vesicle membrane / late endosome / melanosome / protein transport / mitochondrial outer membrane / early endosome / lysosome / neuron projection / GTPase activity / intracellular membrane-bounded organelle / GTP binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ras-related protein Rab29/Rab38/Rab32 / VPS9 domain / VPS9 domain superfamily / Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain / VPS9 domain profile. / Domain present in VPS9 / small GTPase Rab1 family profile. / Ankyrin repeat-containing domain / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases ...: / Ras-related protein Rab29/Rab38/Rab32 / VPS9 domain / VPS9 domain superfamily / Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain / VPS9 domain profile. / Domain present in VPS9 / small GTPase Rab1 family profile. / Ankyrin repeat-containing domain / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Ankyrin repeat / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Rab subfamily of small GTPases / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Small GTP-binding protein domain / Alpha Horseshoe / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab-32 / Ankyrin repeat domain-containing protein 27
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Perez-Dorado, I. / Schaefer, I.B. / McCoy, A.J. / Owen, D.J. / Evans, P.R.
引用ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2014
タイトル: Varp is Recruited on to Endosomes by Direct Interaction with Retromer, Where Together They Function in Export to the Cell Surface.
著者: Hesketh, G.G. / Perez-Dorado, I. / Jackson, L.P. / Wartosch, L. / Schefer, I.B. / Gray, S.R. / Mccoy, A.J. / Zeldin, O.B. / Garman, E.F. / Harbour, M.E. / Evans, P.R. / Seaman, M.N. / Luzio, J.P. / Owen, D.J.
履歴
登録2014年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RAS-RELATED PROTEIN RAB-32
B: RAS-RELATED PROTEIN RAB-32
C: RAS-RELATED PROTEIN RAB-32
D: ANKYRIN REPEAT DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 27
E: ANKYRIN REPEAT DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 27
F: ANKYRIN REPEAT DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,95012
ポリマ－144,3146
非ポリマー1,6376
水2,036113
1
A: RAS-RELATED PROTEIN RAB-32
B: RAS-RELATED PROTEIN RAB-32
D: ANKYRIN REPEAT DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 27
E: ANKYRIN REPEAT DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3008
ポリマ－96,2094
非ポリマー1,0914
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6750 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area35080 Å2
手法PQS
2
C: RAS-RELATED PROTEIN RAB-32
F: ANKYRIN REPEAT DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 27
ヘテロ分子

C: RAS-RELATED PROTEIN RAB-32
F: ANKYRIN REPEAT DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3008
ポリマ－96,2094
非ポリマー1,0914
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area5640 Å2
ΔGint-37.1 kcal/mol
Surface area35550 Å2
手法PQS
3
A: RAS-RELATED PROTEIN RAB-32
D: ANKYRIN REPEAT DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6504
ポリマ－48,1052
非ポリマー5462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-9.8 kcal/mol
Surface area19360 Å2
手法PISA
4
B: RAS-RELATED PROTEIN RAB-32
E: ANKYRIN REPEAT DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6504
ポリマ－48,1052
非ポリマー5462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-7.3 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
5
C: RAS-RELATED PROTEIN RAB-32
F: ANKYRIN REPEAT DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6504
ポリマ－48,1052
非ポリマー5462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-7.9 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.050, 122.490, 131.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-2004-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.2367, 0.7547, -0.6119), (0.7707, -0.5294, -0.3548), (-0.5916, -0.3875, -0.7069)19.7542, -0.566, 40.6505
3given(-0.1603, -0.7737, 0.6129), (0.6927, -0.5306, -0.4886), (0.7032, 0.3463, 0.621)-23.4001, 8.4773, -36.2571
4given(1), (1), (1)
5given(0.2563, 0.7643, -0.5918), (0.7634, -0.5356, -0.3611), (-0.5929, -0.3592, -0.7207)19.2829, -0.4206, 40.7597
6given(-0.2363, -0.7869, 0.57), (0.7501, -0.5206, -0.4078), (0.6177, 0.3312, 0.7133)-18.8901, 2.0906, -40.8071

-
要素

#1: タンパク質 RAS-RELATED PROTEIN RAB-32 / RAB32


分子量: 25792.365 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 450-640 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: Q13637
#2: タンパク質 ANKYRIN REPEAT DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 27 / VPS9 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN / VPS9-DOMAIN ANKYRIN REPEAT PROTEIN


分子量: 22312.137 Da / 分子数: 3
断片: FIRST ANKYRIN REPEAT-CONTAINING DOMAIN, RESIDUES 1-225
Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: Q96NW4
#3: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細NTERMINAL SEQUENCE GPLGSM IS AN INSERTION COMING FROM THE EXPRESSION PLASMID USED. GLN 85 WAS ...NTERMINAL SEQUENCE GPLGSM IS AN INSERTION COMING FROM THE EXPRESSION PLASMID USED. GLN 85 WAS MUTATED TO LEU. VAL 100, GLN 153, VAL 158 AND ILE 192 WERE MUTATED TO MET. NTERMINAL SEQUENCE GPLGSM IS AN INSERTION COMING FROM THE EXPRESSION PLASMID USED. LAST SIX RESIDUES CORRESPONDS TO THE 6HIS-TAG

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→57.05 Å / Num. obs: 33062 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.97→3.12 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CYM

4cym


解像度: 2.97→120.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 18.406 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.363 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MISSING RESIDUES. RESIDUES 1-21, 149-152 AND 198-225 OF CHAIN A. RESIDUES 1-20 AND 199-225 OF CHAIN B. RESIDUES 1- 21, 149-152 AND 198-225 ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MISSING RESIDUES. RESIDUES 1-21, 149-152 AND 198-225 OF CHAIN A. RESIDUES 1-20 AND 199-225 OF CHAIN B. RESIDUES 1- 21, 149-152 AND 198-225 OF CHAIN C. RESIDUES 450-452 AND 621-640 OF CHAIN D. RESIDUES 450-452 AND 619-640 OF CHAIN E. RESIDUES 450-453 AND 619-640 OF CHAIN F. RESIDUES FROM - 5 TO 0. CTERMINAL HIS-TAGS IN CHAINS D, E AND F.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2322 1679 5.1 %RANDOM
Rwork0.19489 ---
obs0.1968 31378 97.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.665 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å20 Å2-2.56 Å2
2--5.62 Å20 Å2
3----1.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.97→120.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8037 0 99 113 8249
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0198309
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.027890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.581.96811312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.113318119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021950
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6574.0054084
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6494.0044083
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4395.9925091
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9314.3734225
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9646.3756232
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.971→3.048 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 117 -
Rwork0.326 2356 -
obs--98.6 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る