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- PDB-4h5s: Complex structure of Necl-2 and CRTAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h5s
タイトルComplex structure of Necl-2 and CRTAM
要素
  • Cell adhesion molecule 1
  • Cytotoxic and regulatory T-cell molecule
キーワードCELL ADHESION / Ig fold / immune recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ERBB4 signaling pathway / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / detection of stimulus / detection of tumor cell / cell recognition / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / Nectin/Necl trans heterodimerization / establishment of T cell polarity / lymphocyte migration into lymphoid organs / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target ...negative regulation of ERBB4 signaling pathway / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / detection of stimulus / detection of tumor cell / cell recognition / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / Nectin/Necl trans heterodimerization / establishment of T cell polarity / lymphocyte migration into lymphoid organs / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of T cell activation / Adherens junctions interactions / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / regulation of T cell differentiation / immune system process / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / negative regulation of activated T cell proliferation / immunological synapse / cell adhesion molecule binding / negative regulation of protein phosphorylation / liver development / positive regulation of cytokine production / PDZ domain binding / positive regulation of type II interferon production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell junction / spermatogenesis / basolateral plasma membrane / adaptive immune response / postsynaptic density / cell differentiation / neuron projection / signaling receptor binding / dendrite / synapse / apoptotic process / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain ...: / Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxic and regulatory T-cell molecule / Cell adhesion molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zhang, S. / Lu, G. / Qi, J. / Li, Y. / Zhang, Z. / Zhang, B. / Yan, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Competition of cell adhesion and immune recognition: insights into the interaction between CRTAM and nectin-like 2.
著者: Zhang, S. / Lu, G. / Qi, J. / Li, Y. / Zhang, Z. / Zhang, B. / Fan, Z. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2012年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Derived calculations
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytotoxic and regulatory T-cell molecule
B: Cell adhesion molecule 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8752
ポリマ－22,8752
非ポリマー00
水6,738374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.042, 91.042, 56.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Cytotoxic and regulatory T-cell molecule / Class-I MHC-restricted T-cell-associated molecule


分子量: 11309.865 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 18-117 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRTAM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95727
#2: タンパク質 Cell adhesion molecule 1 / Immunoglobulin superfamily member 4 / IgSF4 / Nectin-like protein 2 / NECL-2 / Spermatogenic ...Immunoglobulin superfamily member 4 / IgSF4 / Nectin-like protein 2 / NECL-2 / Spermatogenic immunoglobulin superfamily / SgIgSF / Synaptic cell adhesion molecule / SynCAM / Tumor suppressor in lung cancer 1 / TSLC-1


分子量: 11564.987 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 45-144 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CADM1, IGSF4, IGSF4A, NECL2, SYNCAM, TSLC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BY67
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.15 M ammonium sulfate, 0.1 M Na-HEPES, and 20% PEG 4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 29635 / Num. obs: 29635 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→29.8 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / FOM work R set: 0.8963 / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.36 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2065 1472 5.06 %Random
Rwork0.1654 ---
all0.1674 ---
obs0.1674 29094 98.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.993 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 67.71 Å2 / Biso mean: 21.2575 Å2 / Biso min: 5.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6649 Å2-0 Å20 Å2
2---0.6649 Å20 Å2
3---1.3298 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1559 0 0 374 1933
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061597
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0952173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.461585
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082263
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006275
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6987-1.75350.26061430.2123240695
1.7535-1.81620.24481310.2006241895
1.8162-1.88890.24981320.1836243496
1.8889-1.97480.20251260.159247298
1.9748-2.07890.18381230.1546254599
2.0789-2.20910.19251400.15422525100
2.2091-2.37960.20681450.1641254399
2.3796-2.61890.19681390.1707252899
2.6189-2.99760.21781140.1684255399
2.9976-3.77550.20111600.15612553100
3.7755-29.80510.19821190.16242645100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.70890.2528-0.0870.1331-0.24431.22320.05290.2347-0.37620.1339-0.07790.1994-0.02750.3085-0.03790.1179-0.01410.020.1601-0.03480.22017.965415.6349-5.4034
20.73870.0657-0.01150.70240.23170.193-0.00970.2764-0.19810.26340.1242-0.07910.16270.1190.01660.1898-0.0155-0.04040.13350.01310.19045.194517.10932.8141
30.18620.05610.03250.2407-0.02520.0108-0.060.18530.0483-0.0808-0.0102-0.1773-0.08570.2637-0.05740.15830.0114-0.07520.1576-0.03380.176823.961530.48857.4207
40.4409-0.0501-0.09450.53610.02820.02550.0175-0.0731-0.07840.0180.0302-0.0167-0.0011-0.0683-0.00530.08430.00620.00030.1074-0.00160.09646.972930.92531.6344
50.51570.0007-0.15010.718-0.16080.0731-0.0349-0.34550.10660.24180.04390.36050.09310.04490.01320.12990.00040.02160.1938-0.0250.17311.872731.16718.4163
60.5306-0.0370.01640.2080.11460.06270.0349-0.1463-0.2290.17660.05390.0340.1194-0.0171-0.00140.1181-0.0131-0.04560.14540.01410.168110.446523.57799.5148
70.3986-0.5076-0.03050.67620.09220.15790.2520.06-0.0361-0.0789-0.240.1957-0.008-0.09040.01010.1089-0.02050.00790.1579-0.01340.1592-4.122319.4685-1.605
80.2051-0.0678-0.09210.40280.08350.19080.05280.0236-0.2462-0.0294-0.0019-0.28750.03820.0474-0.02540.07170.0072-0.00910.119-0.00360.108514.639930.2948-1.1647
90.28340.09960.00810.23150.05960.1486-0.06480.1185-0.17710.02560.01660.00950.01750.0182-0.03330.0761-0.00430.01880.1296-0.05920.15447.071620.4051-5.6771
100.2291-0.08-0.07640.44050.10930.23330.0713-0.00080.0804-0.1155-0.03830.0619-0.0335-0.0753-0.00510.0935-0.00070.02690.13430.00680.10127.255553.603-7.2034
110.33780.1284-0.11010.34190.04080.1770.0990.04450.0768-0.0354-0.03950.027-0.092-0.0152-0.00910.1137-0.01340.01850.1399-0.02090.08736.621452.7343-1.4731
120.48460.023-0.14870.53880.230.24210.02620.04850.17770.1487-0.24770.32090.1047-0.1878-0.0530.1235-0.04040.07140.1294-0.04060.1977-4.539646.88226.9987
130.3119-0.0374-0.00810.3120.05970.0150.02620.0561-0.05420.01140.00580.08550.0738-0.0125-0.01350.06830.00340.00990.0967-0.00550.074910.089141.1953-1.2541
140.22510.08910.09660.34140.09340.1616-0.0317-0.05610.05750.13150.0293-0.04170.03870.0943-0.03460.10530.0135-0.00210.1369-0.01680.083216.389743.82894.3842
150.2876-0.08010.03580.22520.09220.055-0.1231-0.1186-0.04960.08420.15480.081-0.02280.1372-0.0030.09750.00680.01220.1269-0.00580.077411.198151.63375.8245
160.25640.0157-0.1430.31740.09520.21420.06550.03380.0172-0.0511-0.01590.0023-0.12310.0397-0.01510.09140.010.01990.1186-0.00430.08113.781151.2024-3.4036
170.1654-0.2948-0.14520.51380.23350.10890.01030.1103-0.0453-0.0583-0.00870.04870.0246-0.0119-0.00850.05940.00010.00450.1056-0.00210.07165.38345.8586-6.731
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 5:12)A5 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 13:22)A13 - 22
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 23:29)A23 - 29
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 30:43)A30 - 43
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 44:54)A44 - 54
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 55:68)A55 - 68
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 69:76)A69 - 76
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 77:87)A77 - 87
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 88:100)A88 - 100
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 1:15)B1 - 15
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 16:21)B16 - 21
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 22:29)B22 - 29
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 30:42)B30 - 42
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 43:52)B43 - 52
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 53:59)B53 - 59
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 60:75)B60 - 75
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resseq 76:100)B76 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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