PDB-4h4c: IspH in complex with (E)-4-fluoro-3-methylbut-2-enyl diphosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h4c

タイトル

IspH in complex with (E)-4-fluoro-3-methylbut-2-enyl diphosphate

要素

4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / iron-sulfur protein / reductase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase activity / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Span, I. / Eisenreich, W. / Jauch, J. / Bacher, A. / Groll, M.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: Structures of Fluoro, Amino, and Thiol Inhibitors Bound to the [Fe(4) S(4) ] Protein IspH.
著者: Span, I. / Wang, K. / Wang, W. / Jauch, J. / Eisenreich, W. / Bacher, A. / Oldfield, E. / Groll, M.

履歴

登録	2012年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月30日	Group: Database references
改定 1.2	2013年2月20日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h4c.cif.gz	263.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h4c.ent.gz	212.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h4c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/4h4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/4h4c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4h4dC 4h4eC 3ke8S 3dnf 3f7t S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kef-3 3kef-2 3zgl-1 3szl-1 3t0g-1 3szo-1 3t0g-2 3urk-2 3uv6-2 3kel-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

72.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.360, 80.370, 111.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 309 / Label seq-ID: 9 - 317

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.999678, 0.010838, 0.022928), (0.010982, 0.999921, 0.006174), (-0.022859, 0.006424, -0.999718)	-65.92735, 0.41788, -0.7151

#1: タンパク質	4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase / IspH 分子量: 35675.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0029, ispH, JW0027, lytB, yaaE / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue 参照: UniProt: P62623, 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-10D / (2E)-4-fluoro-3-methylbut-2-en-1-yl trihydrogen diphosphate / 3-メチル-4-フルオロ-2-ブテニルジホスファ-ト分子量: 264.083 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁FO₇P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月13日
放射	モノクロメーター: double-crystal fixed-exit Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→10 Å / Num. all: 59103 / Num. obs: 57685 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / R_sym value: 0.489 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KE8

3ke8

解像度: 1.8→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 5.613 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23224	2885	5 %	RANDOM
R_work	0.18194	-	-	-
obs	0.1844	54799	97.65 %	-
all	-	57684	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.538 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.35 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4773	0	46	598	5417

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.019	4897
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.46	1.977	6648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.139	5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.812	24.159	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.278	15	853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.879	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.192	0.2	764
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	3674

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2391 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.38	0.5
MEDIUM THERMAL	2.49	2

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.845 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	194	-
R_work	0.254	3589	-
obs	-	-	96.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5982	-0.2756	0.1835	0.5979	0.2658	0.3356	-0.0696	-0.0809	-0.1198	0.1535	0.0968	0.0146	0.0585	0.0166	-0.0272	0.0449	0.0206	-0.0154	0.04	0.0117	0.1042	-9.1944	-7.925	-7.2825
2	1.0611	0.3184	0.5055	0.3028	0.1025	0.2526	0.0959	-0.097	-0.0871	-0.0448	-0.0657	-0.0661	0.0621	-0.0373	-0.0302	0.0409	0.0047	-0.004	0.0593	-0.0042	0.0402	-29.7576	-10.1363	-10.9128
3	1.7951	-0.3688	0.5813	0.1249	-0.0831	0.2196	0.1078	0.0769	-0.1027	-0.0268	-0.0624	0.0285	0.039	-0.004	-0.0454	0.0358	0.0099	-0.0326	0.0558	-0.0273	0.0631	-40.0461	-13.2263	-21.8823
4	1.3513	0.0421	0.062	0.8642	0.2665	0.3374	0.0333	0.0005	-0.0609	-0.0885	0.0238	0.0248	-0.0094	0.0158	-0.0571	0.0387	0.0109	-0.0024	0.0438	-0.0097	0.0366	-26.6117	-10.154	-21.5593
5	2.1221	-1.1828	0.9304	2.0208	0.1071	0.6961	0.0253	0.2307	-0.009	-0.0892	-0.0508	0.0611	-0.0258	0.1306	0.0255	0.0324	0.0068	-0.0297	0.0788	-0.0141	0.029	-37.1867	-9.3009	-27.6186
6	0.5442	0.3601	0.7617	1.086	0.7677	1.1488	0.0596	-0.0401	0.0106	0.0117	-0.0954	0.0596	0.0695	-0.0815	0.0357	0.0246	0.0117	-0.0166	0.0639	-0.0195	0.0485	-40.9453	-4.5955	-20.7559
7	1.1994	1.4931	0.748	2.721	0.5005	0.6819	-0.0658	-0.0479	0.1116	-0.1276	0.0498	0.2502	-0.0196	-0.0809	0.016	0.0194	0.0137	-0.0427	0.0647	-0.0198	0.098	-48.2766	-0.0279	-22.7607
8	0.1256	0.1945	0.2932	0.6151	0.278	0.7897	0.0197	0.0157	0.0068	0.1196	0.0164	0.1072	0.0006	0.0213	-0.0361	0.0442	0.0054	0.0062	0.0585	-0.0212	0.0626	-38.9069	-0.4658	-11.8714
9	1.4027	-2.3539	0.7132	4.6348	-0.3877	1.5104	0.008	0.0163	-0.1362	0.167	-0.0758	0.464	0.1771	-0.0218	0.0679	0.0518	-0.0126	0.0832	0.0324	-0.0463	0.2031	-43.7366	15.3903	-9.1735
10	0.057	0.025	-0.0182	0.0172	-0.0131	0.0101	0.0035	0.0375	0.063	-0.0229	0.0178	0.032	0.0186	-0.013	-0.0214	0.0941	0.0127	-0.0224	0.0589	0.0165	0.0908	-30.8976	12.0362	-17.3478
11	0.6422	0.2828	-0.1516	1.3408	0.1512	0.4832	0.0349	0.048	0.0696	-0.187	-0.0644	0.1544	-0.107	-0.0245	0.0294	0.053	0.0266	-0.0278	0.0269	-0.0048	0.0432	-34.407	20.975	-16.3064
12	0.5131	-0.1195	0.2135	1.3951	-0.0938	0.4533	-0.0315	0.0252	-0.0228	0.087	-0.0063	-0.0104	-0.04	0.034	0.0378	0.0347	0.0082	-0.0013	0.0362	-0.0088	0.0271	-24.1162	14.3629	-10.0003
13	0.8682	-0.2736	0.1465	3.3456	-1.8137	0.9844	0.0821	-0.0242	0.1163	0.1593	-0.059	0.0516	-0.0832	0.0401	-0.0231	0.0766	0.0133	0.0003	0.0435	-0.0071	0.0357	-29.3227	22.7721	-5.3587
14	0.1413	-0.2858	-0.1082	0.6479	0.1546	0.1881	-0.0008	-0.0178	0.009	0.0126	0.013	0.0008	0.0355	0.0093	-0.0122	0.0517	-0.0142	0.0044	0.0488	-0.0086	0.0376	-19.4133	2.9061	-5.6042
15	0.5388	0.1352	-0.0233	0.3518	0.2192	0.1649	-0.0171	0.0074	-0.0151	-0.0448	0.0291	-0.0423	-0.0302	0.0094	-0.012	0.0243	0.0072	0.0075	0.045	-0.0025	0.0679	-11.5022	0.4139	-15.5058
16	1.4166	0.0026	0.382	0.787	-0.1883	2.3862	-0.181	0.0156	-0.1116	-0.2117	0.0522	-0.2077	0.1085	0.1811	0.1288	0.0863	-0.0024	0.0686	0.0345	-0.0267	0.0982	-2.5975	-8.5075	-20.2403
17	0.5601	0.3428	0.1251	0.2127	0.0575	0.3365	-0.0002	-0.0044	-0.052	0.0005	0.0019	-0.0407	0.0569	-0.0425	-0.0018	0.0332	0.0059	-0.0047	0.0288	-0.0033	0.0585	-14.766	-11.6322	-13.3646
18	1.2372	-0.1216	-1.0251	0.6919	0.6788	1.3967	0.0238	-0.0424	-0.1214	0.1152	0.0069	-0.1446	0.1051	-0.0178	-0.0307	0.0451	-0.0081	-0.0171	0.068	0.0166	0.0581	-7.7121	-11.8414	-7.3794
19	4.3257	-0.0387	2.7988	0.1359	0.3275	2.7311	-0.1215	-0.2723	-0.0534	0.0338	-0.0078	0.0606	0.0067	-0.2061	0.1293	0.0339	0.0028	0.0078	0.047	-0.0042	0.0474	-31.7607	-7.4808	-2.1839
20	3.1379	-1.3235	-0.6977	6.1505	3.6569	5.3465	-0.0265	-0.1547	-0.0814	0.2318	-0.2642	0.3623	0.24	-0.3368	0.2908	0.0421	-0.0577	0.0227	0.0938	-0.0189	0.0579	-43.9161	-13.7409	-8.1489
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33	8.2396	1.2407	-3.9471	2.8085	-4.0733	6.6017	0.1788	0.1536	0.103	-0.1312	-0.0038	0.1949	0.0932	-0.0582	-0.1749	0.0423	0.0097	-0.035	0.0163	-0.0268	0.15	-60.4597	0.1991	7.8243
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39	2.3213	-1.3765	1.4882	0.8689	-1.0186	1.3832	-0.0989	0.1075	-0.0319	0.0274	-0.0392	-0.0273	0.0452	0.1003	0.138	0.0398	0.0131	0.0353	0.1114	0.0156	0.0645	-33.1109	-7.8472	3.028
40	19.8448	9.1293	-5.6259	11.938	7.8152	15.5979	-0.6032	0.8942	-0.6464	-0.0066	0.4418	-0.3565	0.5816	-0.1624	0.1614	0.1533	0.1129	0.1735	0.1947	0.1436	0.2154	-22.6779	-15.8136	7.9109

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	25 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	38 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	50 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	65 - 77
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	78 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	90 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	104 - 114
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	115 - 127
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	128 - 162
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	163 - 181
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	182 - 193
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	194 - 210
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	211 - 246
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	247 - 261
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	262 - 280
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	281 - 297
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	298 - 304
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	305 - 309
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	2 - 7
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	8 - 49
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	50 - 54
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	55 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	77 - 86
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	87 - 100
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	101 - 112
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	113 - 127
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	128 - 140
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	141 - 181
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	182 - 193
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	194 - 207
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	208 - 216
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	217 - 235
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	236 - 248
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	249 - 261
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	262 - 280
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	281 - 297
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	298 - 305
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	306 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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