PDB-4h2d: Crystal structure of NDOR1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h2d

タイトル

Crystal structure of NDOR1

要素

NADPH-dependent diflavin oxidoreductase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 鉄-硫黄タンパク質を電子供与体とする; NADH+またはNADPH+を電子受容体とする / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors, NAD or NADP as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, heme protein as acceptor / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / NADPH-hemoprotein reductase activity / intermediate filament cytoskeleton / iron-sulfur cluster assembly / NADPH binding / FAD binding / electron transport chain ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Banci, L. / Bertini, I. / Calderone, V. / Ciofi-Baffoni, S. / Mikolajczyk, M. / Jaiswal, D. / Winkelmann, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Molecular view of an electron transfer process essential for iron-sulfur protein biogenesis.
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Calderone, V. / Ciofi-Baffoni, S. / Giachetti, A. / Jaiswal, D. / Mikolajczyk, M. / Piccioli, M. / Winkelmann, J.

履歴

登録	2012年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月1日	Group: Database references
改定 1.2	2013年5月15日	Group: Database references
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h2d.cif.gz	142 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h2d.ent.gz	111.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h2d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/4h2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/4h2d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ja1S 1es9 1j9z 1ykg S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3u04-d 6pbs-1 2yu6-d 4l1u-6 3s0t-1 5b3q-d 4l1u-3 2kb3-d 3ulx-d 5d3y-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (10) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (10)

登録構造単位

A: NADPH-dependent diflavin oxidoreductase 1

B: NADPH-dependent diflavin oxidoreductase 1

ヘテロ分子

37.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADPH-dependent diflavin oxidoreductase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NADPH-dependent diflavin oxidoreductase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.450, 80.450, 101.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	NADPH-dependent diflavin oxidoreductase 1 / NDOR1 / NADPH-dependent FMN and FAD-containing oxidoreductase / Novel reductase 1 分子量: 18345.115 Da / 分子数: 2 / 断片: FMN-binding domain (UNP residues 1-161) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NDOR1, NR1 / プラスミド: Gateway pEntr-TEV-d-Topo pTH-34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9UHB4, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, 30% PEG5000 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月5日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors
放射	モノクロメーター: channel cut cryogenically cooled crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→20.1 Å / Num. all: 31433 / Num. obs: 31433 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.65 % / B_iso Wilson estimate: 35.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 16.61
反射シェル	解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4943 / R_sym value: 0.52 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JA1

1ja1

解像度: 1.8→12.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 6.176 / SU ML: 0.087 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23387	1566	5 %	RANDOM
R_work	0.21169	-	-	-
all	0.21278	29758	-	-
obs	0.21278	29758	99.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.275 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→12.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2442	0	62	149	2653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.285	2.004	3484
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.633	5	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.964	22.906	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.458	15	409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.137	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	379
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1960
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	93	-
R_work	0.249	1896	-
obs	-	-	96.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0599	0.0837	-0.0201	0.5076	0.1673	0.6656	-0.0251	0.0222	-0.0187	-0.0134	0.0387	0.0328	-0.0338	0.0327	-0.0136	0.032	0.0073	-0.0005	0.0457	-0.0153	0.0755	24.2304	-2.2956	-15.7737
2	0.3973	0.2228	-0.0432	0.84	0.0081	0.9909	0.0568	-0.0057	0.0088	0.1599	-0.0268	0.0803	-0.0056	-0.0015	-0.03	0.0975	-0.0065	0.0315	0.0018	-0.0093	0.0562	15.0499	-14.2828	6.2452
3	0.1175	0.2135	-0.1108	0.6029	-0.0067	0.2817	0.0106	-0.008	0.0151	0.0178	0.0114	0.021	-0.0076	0.0369	-0.0219	0.047	0.0067	-0.0103	0.047	-0.0095	0.0585	24.7341	-5.7595	-10.5873

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 161
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	200
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 156
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	201
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	301 - 408
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	301 - 341

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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