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- PDB-4h15: Crystal Structure of a short chain alcohol dehydrogenase-related ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h15
タイトルCrystal Structure of a short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase (target ID NYSGRC-011812) from Sinorhizobium meliloti 1021 in space group P21
要素Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / NYSGRC / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


monocarboxylic acid metabolic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / lipid metabolic process / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Ghosh, A. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase (target ID NYSGRC-011812) from Sinorhizobium meliloti 1021 in space group P21
著者: Ghosh, A. / Bhoshle, R. / Toro, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium
履歴
登録2012年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
B: Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
C: Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
D: Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,22367
ポリマ－109,9464
非ポリマー3,27763
水16,952941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24830 Å2
ΔGint-781 kcal/mol
Surface area35590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.304, 119.143, 67.156
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.830, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細There is 1 biological unit (a tetramer) in the asymmetric unit (chain A, B, C, D)

-
要素

#1: タンパク質
Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase


分子量: 27486.529 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: RA0888, SMa1629 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pRIL
参照: UniProt: Q92YJ2, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 941 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Calcium Chloride 0.1 M Bis-Tris:HCl, 45% (v/v) MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月8日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 170863 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 12.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Χ2: 1.106 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.45-1.482.10.148160491.307193.8
1.48-1.52.10.13161781.25194.2
1.5-1.532.10.115163301.221194.7
1.53-1.562.10.098164701.141195.1
1.56-1.62.10.089164691.094195.6
1.6-1.632.10.08165171.278195.8
1.63-1.672.10.071166441.203196.4
1.67-1.722.10.063165731.123196.8
1.72-1.772.10.057167441.07197.2
1.77-1.832.10.05167810.977197.6
1.83-1.892.10.043168881.012198
1.89-1.972.10.038169471.006198.3
1.97-2.062.10.033169821.046198.7
2.06-2.172.10.031170881.098198.9
2.17-2.32.10.032170301.044198.9
2.3-2.482.10.034170801.048199.2
2.48-2.7320.031170391.001199.1
2.73-3.1220.023168481.004197.8
3.12-3.941.90.018161721.115193.9
3.94-5020.017145071.068184.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-3000データ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→27.787 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.04 / FOM work R set: 0.9082 / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1672 8550 5 %RANDOM
Rwork0.1496 ---
obs0.1505 170860 98.05 %-
all-170863 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.05 Å2 / Biso mean: 16.9524 Å2 / Biso min: 3.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→27.787 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7632 0 147 941 8720
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078174
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16111174
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7883091
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4499-1.46640.19842540.17174938519290
1.4664-1.48360.20692780.1725526580499
1.4836-1.50170.19882680.167854545722100
1.5017-1.52070.19442720.172355595831100
1.5207-1.54070.16772920.161254295721100
1.5407-1.56180.18472890.152455645853100
1.5618-1.58410.16632840.147654065690100
1.5841-1.60780.17022920.147955105802100
1.6078-1.63290.16663050.145655445849100
1.6329-1.65970.18542790.142954515730100
1.6597-1.68830.14382880.144654825770100
1.6883-1.7190.1743030.150655135816100
1.719-1.7520.17392710.151854925763100
1.752-1.78780.15733090.155554655774100
1.7878-1.82670.16852830.144355075790100
1.8267-1.86920.17183010.145355065807100
1.8692-1.91590.16322870.147355405827100
1.9159-1.96770.16042940.150554405734100
1.9677-2.02560.17953070.147154935800100
2.0256-2.09090.1593000.140354855785100
2.0909-2.16560.17162830.144355435826100
2.1656-2.25230.15333210.13675414573599
2.2523-2.35470.15852810.13855500578199
2.3547-2.47880.16162860.14245500578699
2.4788-2.6340.16722920.14925453574599
2.634-2.83720.17182660.14155507577399
2.8372-3.12240.16462650.14455392565797
3.1224-3.57340.15392840.14245177546194
3.5734-4.4990.14852810.14474947522889
4.499-27.7920.20362350.19474573480881
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81280.80160.41660.5556-0.1571.59230.0622-0.1774-0.16860.2797-0.0141-0.35910.15940.063-0.02710.18170.0189-0.07460.13550.04350.1488-15.50728.14681.2146
20.3541-0.5102-0.03991.08930.69611.07520.0928-0.2641-0.30760.5818-0.04790.10890.35-0.0617-0.0470.2863-0.0223-0.04340.17670.06470.1713-25.9055-1.22852.9006
30.5046-0.0937-0.23820.61910.12260.82860.0211-0.0857-0.06540.1325-0.0029-0.02530.08310.011-0.00480.0686-0.0041-0.01550.05750.01510.0625-28.48295.5564-13.695
41.4692-0.1770.00510.9603-0.30151.3856-0.00940.1247-0.1489-0.0326-0.0733-0.17650.12850.27390.05050.06370.0106-0.01040.08740.0010.1109-14.609914.7024-19.0385
51.15080.7441.11452.23721.92222.47770.09910.0363-0.0162-0.054-0.11560.2050.1694-0.17640.00050.15580.0133-0.04750.1080.0240.0916-51.523524.847-49.1496
61.37940.0660.78572.53711.16032.1411-0.25050.46740.3642-0.77550.2557-0.2136-0.70420.17980.07450.3398-0.0403-0.04450.16990.05610.1891-46.990640.8411-50.3225
73.19190.5158-0.30752.2032-0.55811.0144-0.00880.12450.4851-0.0964-0.07290.4177-0.5066-0.1910.04360.21980.0486-0.04980.13110.00810.1581-52.906742.8058-41.4998
80.8120.17140.09780.6905-0.01190.3697-0.02440.02990.0669-0.0640.00340.0574-0.0605-0.03080.01560.05810.00620.00160.04570.00010.0435-39.001835.0021-33.0002
95.50291.4971-3.09641.8653-0.66733.51560.11580.76320.6503-0.8004-0.231-0.4120.08260.31510.13110.314-0.01070.10750.38530.10320.3389-19.800627.3192-49.5486
101.7096-0.32390.05220.7444-0.11011.05490.06240.1071-0.033-0.1189-0.01740.0267-0.0011-0.0057-0.03330.0517-0.0042-0.00340.0189-0.0040.0276-39.964620.4113-40.0755
112.2376-0.7170.80582.3409-0.91582.8709-0.0260.2260.1156-0.4419-0.03740.2741-0.1159-0.03510.04370.1746-0.0349-0.05820.0979-0.02120.1686-51.6996.1717-44.954
122.17810.17490.84111.18480.04410.35180.0974-0.1599-0.3879-0.02420.27560.28280.3477-0.4492-0.28410.1724-0.0604-0.03990.15230.02920.202-52.4561-7.6818-37.3734
132.1772-0.2335-0.38394.34440.13454.2217-0.02550.1329-0.5052-0.4196-0.0805-0.27680.58410.17440.04420.13800.02820.1041-0.040.1982-41.3214-8.6833-40.0276
140.3509-0.15240.52390.4238-0.9834.42170.0957-0.0932-0.0465-0.0037-0.01480.07470.3009-0.1973-0.10090.1133-0.03510.00910.08250.020.098-42.7545-1.8062-16.065
153.82680.5053-2.62422.6048-0.05436.2455-0.01380.0757-0.2811-0.1449-0.08-0.1220.4142-0.13470.03980.07040.0017-0.00720.0456-0.01980.0957-34.4233-3.6072-36.7077
160.58760.03760.0660.89590.07020.74990.0219-0.015-0.0615-0.0163-0.00130.03080.0835-0.0439-0.01090.032-0.0047-0.00870.03280.00380.0431-38.94137.9284-28.3468
176.3376-1.0937-3.54344.72111.1247.3564-0.0242-0.6695-0.68470.766-0.19170.57240.9827-0.40690.1970.306-0.08290.01340.21120.06180.3334-61.40545.0892-15.8052
181.01160.09880.17791.04530.34520.81920.0086-0.1201-0.02770.0393-0.06260.1870.0311-0.21120.02150.0329-0.0026-0.00110.07540.00530.0748-51.05915.4081-27.8232
191.3440.06180.72241.21980.16792.2594-0.0078-0.09290.09720.2470.0139-0.1823-0.12560.094-0.00690.1686-0.0324-0.01250.0994-0.02580.1021-18.36343.3192-5.8599
200.70540.04060.18740.80960.01940.5144-0.0229-0.07420.07760.0496-0.0061-0.029-0.07440.00720.020.06070.00040.0030.0497-0.00640.0411-29.295737.5211-19.1636
210.9812-0.95690.28761.77240.8481.7258-0.1973-1.13630.64590.8664-0.17380.9683-0.115-0.7270.33990.36620.06590.0550.5217-0.19240.552-48.644736.4117-1.7276
221.77140.4957-0.33160.89680.2651.10460.0499-0.1401-0.01890.1617-0.045-0.0277-0.0115-0.0087-0.0010.08080.0003-0.00810.04580.01530.0266-28.664326.1674-7.7745
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 59 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 60 through 82 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 83 through 186 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 187 through 259 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -1 through 31 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 32 through 59 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 60 through 82 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 83 through 186 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 187 through 215 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 216 through 259 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid -1 through 31 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 32 through 59 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 60 through 82 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 83 through 110 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 111 through 127 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 128 through 186 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 187 through 200 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 201 through 259 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid -1 through 82 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 83 through 186 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 187 through 214 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 215 through 259 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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