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Yorodumi- PDB-5idy: Crystal structure of an oxidoreductase from Burkholderia vietnami... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5idy | ||||||
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Title | Crystal structure of an oxidoreductase from Burkholderia vietnamiensis in complex with NADP | ||||||
Components | Short-chain dehydrogenase/reductase SDR | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / short chain dehydrogenase/reductase family / NADP / Burkholderia vietnamiensis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Burkholderia vietnamiensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of an oxidoreductase from Burkholderia vietnamiensis in complex with NADP Authors: Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5idy.cif.gz | 221.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5idy.ent.gz | 175.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5idy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/5idy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/5idy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5idwC 5idxS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 27713.504 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia vietnamiensis (strain G4 / LMG 22486) (bacteria) Strain: G4 / LMG 22486 / Gene: Bcep1808_2377 / Plasmid: BuviA.00010.k.B1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A4JGH3 |
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-Non-polymers , 5 types, 572 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 59 % / Mosaicity: 0.28 ° |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: MCSG1 C8 (269601c8): 200mM Ammonium sulfate, 100mM Sodium citrate-HCl pH5.6, 25% PEG4000, 4mM NAD; protein conc. 21.43mg/mL; 5mM NADP soak; 20% eg cryo; puck ukc9-1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Feb 18, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 58310 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 14.46 % / Biso Wilson estimate: 21.17 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 28.38 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5IDX Resolution: 1.85→50 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.5
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 85.48 Å2 / Biso mean: 28.0195 Å2 / Biso min: 11.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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