PDB-5idw: Crystal structure of an oxidoreductase from Burkholderia vietnami...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5idw

タイトル

Crystal structure of an oxidoreductase from Burkholderia vietnamiensis in complex with NADP

要素

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / short chain dehydrogenase/reductase family / NADP / Brucella ovis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia vietnamiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an oxidoreductase from Burkholderia vietnamiensis in complex with NADP
著者: Mayclin, S.J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5idw.cif.gz	190.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5idw.ent.gz	149.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5idw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/5idw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/5idw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5idyC 5idqS 5idx C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tqv-d 5u1p-1 3nr1-d 2p30-2 4dyv-2 6hc6-3 2pyh-2 2pyh-1 6z00-d 2pyg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

51.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.810, 49.230, 66.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.990, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 25042.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia vietnamiensis (strain G4 / LMG 22486) (バクテリア) 株: G4 / LMG 22486 / 遺伝子: Bcep1808_3023 / プラスミド: BuviA.00010.r.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4JIB1
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39 % / Mosaicity: 0.23 °
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: MCSG1 D10 (269027d10): 0.2 M Calcium Acetate 0.1 M Sodium Cacodylate:HCl pH 6.5 40% (v/v ) PEG 300; protein conc. 20.9mg/mL; 5mM NADP soak; direct cryo; puck foe9-7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月19日 / 詳細: RIGAKU VARIMAX

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 27131 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.23 % / B_iso Wilson estimate: 15.72 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.59

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2-2.05		2.13	0.346	2.63	1	97.1
2.05-2.11			0.314	3.11	1	96.5
2.11-2.17			0.279	3.86	1	99
2.17-2.24			0.265	4.34	1	98.6
2.24-2.31			0.26	4.58	1	98.7
2.31-2.39			0.194	6.05	1	99.4
2.39-2.48			0.224	6.08	1	99.5
2.48-2.58			0.211	6.36	1	99.6
2.58-2.7			0.185	6.88	1	99.9
2.7-2.83			0.163	7.44	1	99.5
2.83-2.98			0.126	8.96	1	99.7
2.98-3.16			0.106	10.36	1	99.9
3.16-3.38			0.08	13.08	1	99.8
3.38-3.65			0.069	15.96	1	99.8
3.65-4			0.061	18.85	1	99.4
4-4.47			0.058	19.85	1	99.1
4.47-5.16			0.056	19.03	1	99.5
5.16-6.32			0.077	14.16	1	100
6.32-8.94			0.065	16.6	1	98.8
	8.94		0.042	24.8	1	95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_2313	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
Coot		モデル構築
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IDQ

5idq

解像度: 2→50 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	1703	6.28 %
R_work	0.1813	-	-
obs	0.1849	27115	98.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.5 Å² / B_iso mean: 20.1734 Å² / B_iso min: 5.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3297	0	96	377	3770
B_iso mean	-	-	19.77	29.25	-
残基数	-	-	-	-	450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3487
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.825	4772
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	554
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	617
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.965	2034

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0589	0.3347	118	0.2367	2090	2208	97
2.0589-2.1253	0.2933	125	0.2219	2082	2207	97
2.1253-2.2013	0.2862	132	0.1924	2095	2227	99
2.2013-2.2894	0.2566	139	0.1899	2091	2230	98
2.2894-2.3936	0.2532	143	0.1742	2110	2253	99
2.3936-2.5198	0.2568	143	0.181	2100	2243	100
2.5198-2.6776	0.2411	159	0.1955	2115	2274	100
2.6776-2.8843	0.2785	117	0.1939	2153	2270	100
2.8843-3.1745	0.2423	140	0.1865	2139	2279	100
3.1745-3.6337	0.2248	164	0.1704	2129	2293	100
3.6337-4.5773	0.19	175	0.1465	2111	2286	99
4.5773-43.4151	0.2034	148	0.1749	2197	2345	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2309	0.5139	-0.7125	1.0267	-0.102	2.478	-0.015	0.1823	-0.1987	-0.2692	-0.0495	0.187	0.0113	-0.2755	0.0612	0.1548	-0.0234	-0.0642	0.1427	-0.0277	0.1312	65.2359	0.2902	58.165
2	1.3447	-0.3984	-0.3209	1.0075	0.6546	2.022	-0.004	0.0587	-0.0027	-0.0861	-0.0356	0.0757	-0.0437	-0.1149	0.0272	0.0728	0.0013	-0.0106	0.0961	0.0176	0.0798	70.9853	7.2564	72.2681
3	0.7754	0.2295	-0.1809	1.454	0.2409	0.7385	-0.0307	0.0839	-0.0824	-0.1398	0.0499	-0.0516	0.1046	0.2947	-0.0167	0.0938	0.031	0.0119	0.1093	-0.0117	0.0747	83.0953	4.2987	66.2423
4	1.9708	-0.0761	0.6723	1.1213	-0.2536	1.9047	-0.0528	-0.2332	0.1501	0.4004	-0.0375	0.3637	-0.0921	-0.4229	0.0609	0.1858	0.0479	0.1031	0.2042	-0.0052	0.1881	61.3136	17.8049	105.0838
5	1.1181	0.4301	0.0714	2.7842	0.8641	2.4038	-0.0145	0.0043	0.07	0.1264	0.0202	0.1462	-0.0509	-0.138	0.0047	0.0596	0.0114	0.0063	0.1039	0.0143	0.0667	68.1419	12.0369	89.8219
6	2.0647	-0.2351	0.1873	0.8445	0.2795	1.8078	-0.0508	-0.174	-0.0619	0.1757	0.0765	-0.0066	0.1041	0.0128	-0.0131	0.1298	-0.0109	0.0186	0.0801	0.0077	0.0559	77.2065	11.7587	99.7851

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 66 )	A	1 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 67 through 189 )	A	67 - 189
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 190 through 225 )	A	190 - 225
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 65 )	B	1 - 65
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 66 through 163 )	B	66 - 163
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 164 through 225 )	B	164 - 225

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関連情報:EMDBヘッダ

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