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Yorodumi- PDB-6hc6: The structure of BSAP, a zinc aminopeptidase from Bacillus subtilis -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hc6 | ||||||
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Title | The structure of BSAP, a zinc aminopeptidase from Bacillus subtilis | ||||||
Components | Aminopeptidase YwaD | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / aminopeptidase / zinc binding protein / geobacillus stearothermophilus / PA-domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information aminopeptidase B / bacterial leucyl aminopeptidase / metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.77 Å | ||||||
Authors | Rogoulenko, E. / Lansky, S. / Faygenboim, R. / Cohen, T. / Alhadeff, R. / Shoham, Y. / Shoham, G. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: To be published Authors: Alhadeff, R. / Faygenboim, R. / Lansky, S. / Rogoulenko, E. / Cohen, T. / Fundoiano-Hershcovitz, Y. / Feinberg, H. / Shoham, Y. / Shoham, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6hc6.cif.gz | 504.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6hc6.ent.gz | 418.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6hc6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6hc6_validation.pdf.gz | 471.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6hc6_full_validation.pdf.gz | 481.2 KB | Display | |
Data in XML | 6hc6_validation.xml.gz | 54.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6hc6_validation.cif.gz | 81.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/6hc6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/6hc6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1cp7S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 49515.082 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (strain 168) (bacteria) Gene: ywaD, BSU38470, ipa-8r / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P25152, aminopeptidase B, bacterial leucyl aminopeptidase #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 20% PEG 2K MME, 0.1M LiSO4, 4mM MnCl2, 0.1M acetate pH 5.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.954 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 15, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.954 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.77→48.7 Å / Num. obs: 120817 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 18.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.77→1.8 Å / Redundancy: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1089 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1CP7 Resolution: 1.77→48.697 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.98
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.77→48.697 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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