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- PDB-4gx8: Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gx8
タイトルCrystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera
要素DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / DNA polymerase III / polIII epsilon / polIII alpha / DnaQ / DnaE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III, core complex / DNA polymerase III complex / DNA replication proofreading / lagging strand elongation / replisome / exonuclease activity / leading strand elongation / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase ...DNA polymerase III, core complex / DNA polymerase III complex / DNA replication proofreading / lagging strand elongation / replisome / exonuclease activity / leading strand elongation / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / DNA polymerase III subunit alpha, C-terminal domain / DNA polymerase 3, epsilon subunit / DNA polymerase III epsilon subunit, exonuclease domain / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain ...: / : / DNA polymerase III subunit alpha, C-terminal domain / DNA polymerase 3, epsilon subunit / DNA polymerase III epsilon subunit, exonuclease domain / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Metal-dependent hydrolases / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase III subunit epsilon / DNA polymerase III subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Robinson, A. / Horan, N. / Xu, Z.-Q. / Dixon, N.E. / Oakley, A.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Proofreading exonuclease on a tether: the complex between the E. coli DNA polymerase III subunits alpha, {varepsilon}, theta and beta reveals a highly flexible arrangement of the proofreading domain
著者: Ozawa, K. / Horan, N.P. / Robinson, A. / Yagi, H. / Hill, F.R. / Jergic, S. / Xu, Z.Q. / Loscha, K.V. / Li, N. / Tehei, M. / Oakley, A.J. / Otting, G. / Huber, T. / Dixon, N.E.
履歴
登録2012年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月24日Group: Database references
改定 1.22013年6月26日Group: Database references
改定 1.32017年6月21日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha
B: DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha
C: DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha
D: DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,6558
ポリマ－138,5134
非ポリマー1424
水20,3211128
1
A: DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6642
ポリマ－34,6281
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6642
ポリマ－34,6281
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6642
ポリマ－34,6281
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6642
ポリマ－34,6281
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.470, 56.630, 138.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGILEILEAA6 - 2646 - 264
21ARGARGILEILEBB6 - 2646 - 264
31ARGARGILEILECC6 - 2646 - 264
41ARGARGILEILEDD6 - 2646 - 264
12PROPROTHRTHRAA281 - 315281 - 315
22PROPROTHRTHRBB281 - 315281 - 315
32PROPROTHRTHRCC281 - 315281 - 315
42PROPROTHRTHRDD281 - 315281 - 315

-
要素

#1: タンパク質
DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha


分子量: 34628.246 Da / 分子数: 4
断片: polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 209-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)
変異: L66P,L66P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
遺伝子: dnaQ, mutD, b0215, JW0205, dnaE, polC, b0184, JW0179
プラスミド: pETMCS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 P lysS
参照: UniProt: P03007, UniProt: P10443, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.96858 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月1日 / 詳細: beamline optics
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96858 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→23.24 Å / Num. all: 140494 / Num. obs: 140494 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 16.704 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 20221 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HNH

2hnh


解像度: 1.7→23.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 5.667 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -1 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24556 7115 5.1 %RANDOM
Rwork0.21276 ---
all0.21442 140410 --
obs0.21442 140410 97.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.958 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å20 Å20.36 Å2
2---0.96 Å2-0 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→23.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9595 0 4 1128 10727
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02210119
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1181.96813773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.16351332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.05223.333480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.919151721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8711594
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217814
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.471.56326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.546210176
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.66333793
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.2924.53552
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2148 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Aloose positional0.175
Bloose positional0.195
Cloose positional0.195
Dloose positional0.185
Aloose thermal2.310
Bloose thermal2.1110
Cloose thermal1.9810
Dloose thermal1.810
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 498 -
Rwork0.23 9635 -
obs-10133 96.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.39180.6198-0.55741.1515-0.41391.5498-0.03140.12490.1031-0.10590.04840.08940.0032-0.0644-0.0170.01490.0003-0.01320.01420.00490.018840.939237.5351122.9029
21.3132-0.36040.22651.3089-0.3341.9112-0.0243-0.1175-0.10110.08430.04090.06620.0382-0.0364-0.01660.00750.00270.00370.01190.00650.015244.804954.759384.3518
31.48150.5222-0.57491.2054-0.42631.8562-0.0260.15470.0983-0.11530.05720.0925-0.0143-0.0882-0.03120.0137-0.0019-0.00950.01680.00960.0118-1.65820.4134122.2679
41.1918-0.27660.29881.1472-0.3591.6022-0.0097-0.0972-0.10330.07910.02790.0840.0303-0.035-0.01820.0143-00.00470.02310.00150.02052.549237.143883.9629
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 315
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 315
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 315
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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