PDB-4gv8: DUTPase from phage phi11 of S.aureus: visualization of the specie...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gv8

タイトル

DUTPase from phage phi11 of S.aureus: visualization of the species-specific insert

要素

DUTPase

キーワード

HYDROLASE / jelly-roll

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus phage 11 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Leveles, I. / Harmat, V. / Nemeth, V. / Bendes, A. / Szabo, J. / Kadar, V. / Zagyva, I. / Rona, G. / Toth, J. / Vertessy, B.G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure and enzymatic mechanism of a moonlighting dUTPase
著者: Leveles, I. / Nemeth, V. / Szabo, J.E. / Harmat, V. / Nyiri, K. / Bendes, A.A. / Papp-Kadar, V. / Zagyva, I. / Rona, G. / Ozohanics, O. / Vekey, K. / Toth, J. / Vertessy, B.G.

履歴

登録	2012年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gv8.cif.gz	373.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gv8.ent.gz	303.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gv8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gv8_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gv8_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	4gv8_validation.xml.gz	40.9 KB	表示
CIF形式データ	4gv8_validation.cif.gz	55.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/4gv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/4gv8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2py4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1d4a-1 5eai-1 4wrk-1 5ojj-1 2f1o-1 4wrk-2 5eai-2 3zf1-1 6llc-4 1kbo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: DUTPase

B: DUTPase

C: DUTPase

D: DUTPase

E: DUTPase

F: DUTPase

ヘテロ分子

113 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DUTPase

B: DUTPase

C: DUTPase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: DUTPase

E: DUTPase

F: DUTPase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.660, 109.660, 169.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-336- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	D
2	2	E
3	2	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	THR	THR	ARG	ARG	3	A	A	4 - 19	4 - 19
2	1	1	THR	THR	ARG	ARG	3	B	B	4 - 19	4 - 19
3	1	1	THR	THR	ARG	ARG	3	C	C	4 - 19	4 - 19
1	2	1	ASP	ASP	ALA	ALA	3	A	A	24 - 82	24 - 82
2	2	1	ASP	ASP	ALA	ALA	3	B	B	24 - 82	24 - 82
3	2	1	ASP	ASP	ALA	ALA	3	C	C	24 - 82	24 - 82
1	3	1	HIS	HIS	ILE	ILE	3	A	A	85 - 97	85 - 97
2	3	1	HIS	HIS	ILE	ILE	3	B	B	85 - 97	85 - 97
3	3	1	HIS	HIS	ILE	ILE	3	C	C	85 - 97	85 - 97
1	4	1	GLY	GLY	GLU	GLU	4	A	A	101 - 154	101 - 154
2	4	1	GLY	GLY	GLU	GLU	4	B	B	101 - 154	101 - 154
3	4	1	GLY	GLY	GLU	GLU	4	C	C	101 - 154	101 - 154
1	5	1	DUP	DUP	MG	MG	4	A	G - I	201 - 202
2	5	1	DUP	DUP	MG	MG	4	B	J - K	201 - 202
3	5	1	DUP	DUP	MG	MG	4	C	L - M	201 - 202
1	1	2	THR	THR	ARG	ARG	3	D	D	4 - 19	4 - 19
2	1	2	THR	THR	ARG	ARG	3	E	E	4 - 19	4 - 19
3	1	2	THR	THR	ARG	ARG	3	F	F	4 - 19	4 - 19
1	2	2	ASP	ASP	ALA	ALA	3	D	D	24 - 82	24 - 82
2	2	2	ASP	ASP	ALA	ALA	3	E	E	24 - 82	24 - 82
3	2	2	ASP	ASP	ALA	ALA	3	F	F	24 - 82	24 - 82
1	3	2	HIS	HIS	ILE	ILE	3	D	D	85 - 97	85 - 97
2	3	2	HIS	HIS	ILE	ILE	3	E	E	85 - 97	85 - 97
3	3	2	HIS	HIS	ILE	ILE	3	F	F	85 - 97	85 - 97
1	4	2	GLY	GLY	GLU	GLU	4	D	D	101 - 154	101 - 154
2	4	2	GLY	GLY	GLU	GLU	4	E	E	101 - 154	101 - 154
3	4	2	GLY	GLY	GLU	GLU	4	F	F	101 - 154	101 - 154
1	5	2	DUP	DUP	MG	MG	4	D	N - P	201 - 202
2	5	2	DUP	DUP	MG	MG	4	E	Q - R	201 - 202
3	5	2	DUP	DUP	MG	MG	4	F	S - T	201 - 202

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	DUTPase 分子量: 18387.584 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus phage 11 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8SDV3, dUTP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / α,β-イミノ-dUTP 分子量: 467.157 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₃P₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25% MPD, 0.02M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月30日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: Fixed exit double / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→47.104 Å / Num. obs: 60917 / Observed criterion σ(I): -3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID
2.1-2.15	12.8	0.978	3.07	1
2.15-47.1	13.3	0.058	34.37	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PY4

2py4

解像度: 2.1→47.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 11.689 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23224	3140	5.2 %	RANDOM
R_work	0.18303	-	-	-
obs	0.1858	57719	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.655 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6786	0	176	376	7338

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.02	7081
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4432
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.888	1.988	9687
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.024	3	10922
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.972	5	914
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.156	25.317	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.586	15	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.962	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	7892
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.036	1.5	4554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.363	1.5	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.677	2	7298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.618	3	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.765	4.5	2387
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	516	tight positional	0.13	0.05
1	1	B	516	tight positional	0.14	0.05
1	1	C	516	tight positional	0.12	0.05
2	2	D	516	tight positional	0.17	0.05
2	2	E	516	tight positional	0.15	0.05
2	2	F	516	tight positional	0.18	0.05
1	1	A	678	medium positional	0.26	0.5
1	1	B	678	medium positional	0.33	0.5
1	1	C	678	medium positional	0.27	0.5
2	2	D	659	medium positional	0.35	0.5
2	2	E	659	medium positional	0.28	0.5
2	2	F	659	medium positional	0.27	0.5
1	1	A	558	loose positional	0.56	5
1	1	B	558	loose positional	0.42	5
1	1	C	558	loose positional	0.37	5
2	2	D	516	loose positional	0.36	5
2	2	E	516	loose positional	0.26	5
2	2	F	516	loose positional	0.32	5
1	1	A	516	tight thermal	0.95	0.5
1	1	B	516	tight thermal	0.85	0.5
1	1	C	516	tight thermal	0.87	0.5
2	2	D	516	tight thermal	0.65	0.5
2	2	E	516	tight thermal	0.7	0.5
2	2	F	516	tight thermal	0.76	0.5
1	1	A	678	medium thermal	1.07	2
1	1	B	678	medium thermal	1.04	2
1	1	C	678	medium thermal	1.03	2
2	2	D	659	medium thermal	0.84	2
2	2	E	659	medium thermal	0.82	2
2	2	F	659	medium thermal	0.72	2
1	1	A	558	loose thermal	1.23	10
1	1	B	558	loose thermal	1.08	10
1	1	C	558	loose thermal	1.15	10
2	2	D	516	loose thermal	0.85	10
2	2	E	516	loose thermal	0.9	10
2	2	F	516	loose thermal	0.95	10

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.131	1	-
R_work	0.321	4099	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2046	0.1674	0.0007	0.671	-0.3683	0.8546	0.0494	0.1089	-0.0302	-0.0402	0.072	0.0365	0.0959	-0.0504	-0.1214	0.1228	-0.003	-0.0233	0.1958	0.009	0.1419	28.2875	39.3742	-10.7441
2	0.456	0.1388	-0.137	0.3697	-0.4695	1.0639	0.0176	0.0103	0.0809	0.055	0.0247	0.0831	-0.06	-0.1444	-0.0422	0.0911	0.0391	0.0042	0.1992	0.0546	0.171	17.0552	55.2423	5.1133
3	0.2557	-0.0529	0.1082	0.909	-0.5379	0.6562	0.0177	0.0295	0.0093	0.0242	0.0131	-0.0394	-0.0183	0.1015	-0.0307	0.1358	0.0106	-0.0121	0.1674	0.0093	0.1363	41.9724	52.543	5.5986
4	0.7762	1.1496	-0.5475	1.8861	-0.569	0.8221	-0.1779	0.0128	-0.2401	-0.0969	0.1562	-0.3342	0.4196	0.3287	0.0218	0.2411	0.2302	-0.0448	0.3282	-0.2203	0.3351	3.6063	14.4147	-32.4704
5	2.2436	0.0658	0.1289	0.3027	0.2969	0.663	-0.1066	0.323	-0.0237	-0.1077	0.2502	0.0172	-0.0106	0.316	-0.1435	0.1401	-0.0726	-0.0113	0.4216	-0.1182	0.1533	-5.2333	32.3116	-47.5251
6	0.8085	0.0904	-0.1985	0.5267	0.5913	0.7881	-0.0676	-0.0103	-0.1039	-0.0132	0.206	-0.1138	0.0063	0.2747	-0.1384	0.0057	0.0086	0.0126	0.3722	-0.1334	0.1626	5.6345	38.5196	-25.8606

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 141
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	142 - 164
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	201 - 202
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 141
5	X-RAY DIFFRACTION	2	C	142 - 164
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	201 - 202
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 141
8	X-RAY DIFFRACTION	3	A	142 - 155
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	201 - 202
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 141
11	X-RAY DIFFRACTION	4	E	142 - 164
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	201 - 202
13	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 141
14	X-RAY DIFFRACTION	5	F	142 - 164
15	X-RAY DIFFRACTION	5	E	201 - 202
16	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 141
17	X-RAY DIFFRACTION	6	D	142 - 154
18	X-RAY DIFFRACTION	6	F	201 - 202

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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