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Yorodumi- PDB-4wrk: The 3D structure of D95N mutant DUTPase from phage phi11 of S. au... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wrk | |||||||||||||||||||||
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Title | The 3D structure of D95N mutant DUTPase from phage phi11 of S. aureus reveals the molecular details for the coordination of a structural Mg(II) ion | |||||||||||||||||||||
Components | DUTPase | |||||||||||||||||||||
Keywords | HYDROLASE / Magnesium coordination mutant / jelly-roll | |||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | Staphylococcus phage phi11 (virus) | |||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | |||||||||||||||||||||
Authors | Bendes, A.A. / Leveles, I. / Vertessy, B.G. | |||||||||||||||||||||
Funding support | Hungary, 6items
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Citation | Journal: To Be Published Title: The 3D structure of D95N mutant DUTPase from phage phi11 of S. aureus reveals the molecular details for the coordination of a structural Mg(II) ion Authors: Bendes, A.A. / Leveles, I. / Vertessy, B.G. | |||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wrk.cif.gz | 358.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4wrk.ent.gz | 292.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4wrk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4wrk_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4wrk_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
Data in XML | 4wrk_validation.xml.gz | 35.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4wrk_validation.cif.gz | 46.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/4wrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/4wrk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4gv8S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18386.600 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: D95N Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: D95N MUTANT DUTPASE FROM PHAGE PHI11 OF S.AUREUS / Source: (gene. exp.) Staphylococcus phage phi11 (virus) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8SDV3 #2: Chemical | ChemComp-DUP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 4.6 Details: 0.1M sodium acetate, 15 - 41.5% MPD, 0.02M calcium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: May 15, 2014 |
Radiation | Monochromator: Confocal collimator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→19.57 Å / Num. obs: 22585 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Net I/σ(I): 8.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.358 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4GV8 Resolution: 2.9→19.57 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.61 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→19.57 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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