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- PDB-4gqn: Crystallographic structure of trimeric Riboflavin Synthase from B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gqn
タイトルCrystallographic structure of trimeric Riboflavin Synthase from Brucella abortus in complex with 5-Nitro-6-(D-Ribitylamino)-2,4(1H,3H) Pyrimidinedione
要素Riboflavin synthase subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / beta barrel / alpha + beta protein / riboflavin biosynthesis
機能・相同性Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #20 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Beta Barrel / Mainly Beta / Chem-INI / :
機能・相同性情報
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Serer, M.I. / Bonomi, H.R. / Guimaraes, B.G. / Rossi, R.C. / Goldbaum, F.A. / Klinke, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Crystallographic and kinetic study of riboflavin synthase from Brucella abortus, a chemotherapeutic target with an enhanced intrinsic flexibility.
著者: Serer, M.I. / Bonomi, H.R. / Guimaraes, B.G. / Rossi, R.C. / Goldbaum, F.A. / Klinke, S.
履歴
登録2012年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22014年5月28日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Riboflavin synthase subunit alpha
B: Riboflavin synthase subunit alpha
C: Riboflavin synthase subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7989
ポリマ－69,9613
非ポリマー1,8376
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area24990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.850, 92.300, 99.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Riboflavin synthase subunit alpha


分子量: 23320.361 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 遺伝子: BAA13334_I02741, RIBE / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: G8SX20, riboflavin synthase
#2: 化合物
ChemComp-INI / 5-NITRO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE


分子量: 306.229 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N4O8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 12% PEG 8000, 10% GLYCEROL, 0.5 M POTASSIUM CHLORIDE, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月26日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 55235 / Num. obs: 55235 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.81 % / Biso Wilson estimate: 28.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 15.65
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 5.75 % / Rmerge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique all: 8736 / Rsym value: 0.773 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
AMoRE位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 4E0F

4e0f


解像度: 1.85→27.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9428 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9237 / SU R Cruickshank DPI: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2339 2765 5.01 %RANDOM
Rwork0.1999 ---
all0.2016 55210 --
obs0.2016 55210 99.73 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.1766 Å20 Å20 Å2
2---3.5759 Å20 Å2
3----1.6007 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.233 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→27.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4637 0 126 307 5070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0074836HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.996558HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1698SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes124HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes766HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4836HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.12
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion644SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5608SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2298 201 5.05 %
Rwork0.2169 3780 -
all0.2175 3981 -
obs-3981 99.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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