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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fgj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the small alarmone synthethase 2 from Staphylococcus aureus | ||||||
![]() | GTP pyrophosphokinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Stringent response / alarmone / RelP / SAS2 / MRSA | ||||||
機能・相同性 | ![]() GTP diphosphokinase / GTP diphosphokinase activity / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / kinase activity / GTP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bange, G. / Steinchen, W. / Vogt, M. / Altegoer, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and mechanistic divergence of the small (p)ppGpp synthetases RelP and RelQ. 著者: Steinchen, W. / Vogt, M.S. / Altegoer, F. / Giammarinaro, P.I. / Horvatek, P. / Wolz, C. / Bange, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 177.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 142 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28094.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ywaC, AB454_12730, AB466_12625, AB478_12605, AB526_12980, AFO97_10970, AFP37_10975, EP54_00695, EQ90_03295, ERS072738_01254, ERS074020_00750, HMPREF3211_00175 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate, 30% (w/v) PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→49.06 Å / Num. obs: 24257 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0364 / Net I/σ(I): 20.37 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 10417 / CC1/2: 0.85 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5DEC 解像度: 2.251→49.06 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.03
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.251→49.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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