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- PDB-4goy: The crystal structure of human fascin 1 K41A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4goy
タイトルThe crystal structure of human fascin 1 K41A mutant
要素Fascin
キーワードPROTEIN BINDING / beta-trefoil / actin bundling protein / cancer / metastasis / cell migration / Actin-binding / Phosphoprotein / Actin
機能・相同性
機能・相同性情報


microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / podosome / positive regulation of podosome assembly / cell-cell junction assembly ...microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / podosome / positive regulation of podosome assembly / cell-cell junction assembly / positive regulation of filopodium assembly / establishment or maintenance of cell polarity / microvillus / actin filament bundle assembly / positive regulation of lamellipodium assembly / stress fiber / ruffle / filopodium / cell motility / regulation of actin cytoskeleton organization / cell-cell junction / actin filament binding / actin cytoskeleton / cell migration / lamellipodium / protein-macromolecule adaptor activity / actin binding / cell cortex / growth cone / actin cytoskeleton organization / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cytoskeleton / cadherin binding / RNA binding / extracellular exosome / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fascin / Fascin, metazoans / Fascin domain / Fascin domain / Actin-crosslinking / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Fascin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yang, S.Y. / Huang, F.K. / Huang, J. / Chen, S. / Jakoncic, J. / Leo-Macias, A. / Diaz-Avalos, R. / Chen, L. / Zhang, J.J. / Huang, X.Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Molecular mechanism of fascin function in filopodial formation.
著者: Yang, S. / Huang, F.K. / Huang, J. / Chen, S. / Jakoncic, J. / Leo-Macias, A. / Diaz-Avalos, R. / Chen, L. / Zhang, J.J. / Huang, X.Y.
履歴
登録2012年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月26日Group: Database references
改定 1.22013年1月30日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fascin
B: Fascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,78827
ポリマ－109,0882
非ポリマー1,70125
水8,125451
1
A: Fascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,20211
ポリマ－54,5441
非ポリマー65810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,58716
ポリマ－54,5441
非ポリマー1,04315
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area39530 Å2
手法PISA
4
B: Fascin
ヘテロ分子

B: Fascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,17332
ポリマ－109,0882
非ポリマー2,08630
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area39480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.138, 70.595, 110.979
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Fascin / 55 kDa actin-bundling protein / Singed-like protein / p55


分子量: 54543.773 Da / 分子数: 2 / 変異: K41A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAN1, FSCN1, HSN, SNL / プラスミド: pGEX4T-Fascin1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16658

-
非ポリマー , 5種, 476分子

#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM Hepes, 16% PEG 4000, 1% isopropanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 42281 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 24.71
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4.51 / Num. unique all: 2086 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LLP

3llp


解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 16.024 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.467 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24501 2129 5 %RANDOM
Rwork0.20134 ---
obs0.20357 40142 98.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.797 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å2-0.81 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7475 0 62 451 7988
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.027683
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2791.9410382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8555959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.78823.423371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.946151252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8961563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21126
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215903
LS精密化 シェル解像度: 2.291→2.35 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 117 -
Rwork0.281 2570 -
obs--87.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.14541.5355-0.82562.7135-1.20011.7539-0.04860-0.0574-0.1239-0.035-0.15220.113-0.00620.08360.0481-0.0267-0.01550.06490.03710.0671-47.3209-0.971326.9489
21.0910.19640.10974.23460.26371.518-0.03050.07750.26060.0597-0.0040.2266-0.1469-0.18790.03450.0433-0.0356-0.01060.13770.03760.0843-62.7511-4.063634.0238
31.8361-0.6963-0.81382.4831-2.04049.9236-0.3404-0.261-0.24230.1765-0.16910.09950.74780.7570.50950.16850.04450.08110.11020.05250.0604-56.2621-37.527937.0389
41.61870.5158-0.90934.7665-1.48366.7722-0.09450.22220.0094-0.1622-0.0372-0.1197-0.168-0.15750.13170.0295-0.0064-0.00430.038-0.00470.0192-56.4235-24.073414.5004
51.8880.49950.30952.2995-0.84582.77950.28080.1071-0.0593-0.1973-0.22910.13190.0843-0.1904-0.05170.09030.0499-0.00420.11-0.02680.0682-22.8371-19.8262-1.4838
61.0261-0.43480.29911.8616-1.02652.27550.1036-0.0250.15330.0662-0.0896-0.1058-0.2419-0.0384-0.0140.0589-0.01980.02760.0582-0.01740.0615-14.763-15.99495.7688
71.11660.59010.52963.0604-0.02761.05450.1093-0.0848-0.09290.3154-0.1032-0.3066-0.15160.0837-0.0060.0976-0.0911-0.04290.14290.04240.0579-7.7426-28.209221.3015
81.23680.4556-1.29915.7330.1834.3367-0.02850.1416-0.50910.0335-0.0692-1.01080.41440.2270.09780.05640.0296-0.05590.1328-0.03160.4187-6.806-54.930914.5031
92.7398-0.87770.37263.7716-0.44861.02880.13380.0028-0.03520.1296-0.12490.25220.085-0.1284-0.00890.1046-0.10640.00820.1210.00160.0731-26.3607-43.124918.7724
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 189
2X-RAY DIFFRACTION2A190 - 266
3X-RAY DIFFRACTION3A267 - 385
4X-RAY DIFFRACTION4A386 - 493
5X-RAY DIFFRACTION5B8 - 77
6X-RAY DIFFRACTION6B78 - 162
7X-RAY DIFFRACTION7B163 - 289
8X-RAY DIFFRACTION8B290 - 362
9X-RAY DIFFRACTION9B363 - 493

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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