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- PDB-4giq: Crystal Structure of mouse RANK bound to RANKL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4giq
タイトルCrystal Structure of mouse RANK bound to RANKL
要素(Tumor necrosis factor ...) x 2
キーワードPROTEIN BINDING/PROTEIN BINDING / RANK / ODFR / Activation-Induced Cytokine-Receptor / TNFRSF11A / RANKL / OPGL / TNF-like Cytokine / Cysteine-Rich Domain / Jelly-Roll fold / PROTEIN BINDING-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


multinuclear osteoclast differentiation / positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / tooth eruption / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / osteoclast proliferation / TNFs bind their physiological receptors / circadian temperature homeostasis / cellular response to zinc ion starvation / positive regulation of osteoclast development ...multinuclear osteoclast differentiation / positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / tooth eruption / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / osteoclast proliferation / TNFs bind their physiological receptors / circadian temperature homeostasis / cellular response to zinc ion starvation / positive regulation of osteoclast development / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / tumor necrosis factor receptor activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / paracrine signaling / osteoclast development / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of bone resorption / mammary gland epithelial cell proliferation / cytokine binding / monocyte chemotaxis / response to tumor necrosis factor / mammary gland alveolus development / response to mechanical stimulus / lymph node development / bone resorption / calcium ion homeostasis / JNK cascade / response to interleukin-1 / ossification / osteoclast differentiation / cellular response to leukemia inhibitory factor / animal organ morphogenesis / cytokine activity / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / calcium-mediated signaling / response to insulin / bone development / positive regulation of T cell activation / response to ethanol / response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / immune response / membrane raft / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 11A / Tumor necrosis factor receptor 11A, N-terminal / Rank, cysteine-rich repeat domain 2 / : / Receptor activator of the NF-KB cysteine-rich repeat domain 2 / Tumour necrosis factor receptor 11 / Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor family. ...Tumour necrosis factor receptor 11A / Tumor necrosis factor receptor 11A, N-terminal / Rank, cysteine-rich repeat domain 2 / : / Receptor activator of the NF-KB cysteine-rich repeat domain 2 / Tumour necrosis factor receptor 11 / Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Ribbon / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nelson, C.A. / Wang, M.W.-H. / Fremont, D.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: RANKL Employs Distinct Binding Modes to Engage RANK and the Osteoprotegerin Decoy Receptor.
著者: Nelson, C.A. / Warren, J.T. / Wang, M.W. / Teitelbaum, S.L. / Fremont, D.H.
履歴
登録2012年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references
改定 1.22013年2月13日Group: Other
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4056
ポリマ－38,0902
非ポリマー3154
水1,45981
1
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
ヘテロ分子

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
ヘテロ分子

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,21518
ポリマ－114,2706
非ポリマー94512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area16380 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area43300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.636, 120.636, 94.297
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

HOH

21A-507-

HOH

31A-529-

HOH

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要素

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Tumor necrosis factor ... , 2種, 2分子 AR

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11 / Osteoclast differentiation factor / ODF / Osteoprotegerin ligand / OPGL / Receptor activator of ...Osteoclast differentiation factor / ODF / Osteoprotegerin ligand / OPGL / Receptor activator of nuclear factor kappa-B ligand / RANKL / TNF-related activation-induced cytokine / TRANCE / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11 / membrane form / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11 / soluble form


分子量: 19056.359 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Opgl, Rankl, Tnfsf11, Trance / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O35235
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A / Osteoclast differentiation factor receptor / ODFR / Receptor activator of NF-KB


分子量: 19033.477 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rank, Tnfrsf11a / Cell (発現宿主): HIGH FIVE INSECT CELLS / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: O35305

-
糖 , 1種, 1分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 84分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2.0 M sodium chloride, 100 mM EDTA, 100 mM sodium acetate, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 21055 / Num. obs: 21040 / % possible obs: 98.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.7-2.870.537192.6
2.87-3.090.316197.2
3.09-3.40.175199.2
3.4-3.890.094199.7
3.89-4.890.055199.8
4.89-200.042199.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JTZ

1jtz


解像度: 2.7→19.74 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.36 / 位相誤差: 24.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 1995 9.48 %
Rwork0.188 --
obs0.191 21040 97.9 %
all-21055 -
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2475 0 17 81 2573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5973469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.459908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003450
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.76660.34251320.30871226X-RAY DIFFRACTION89
2.7666-2.84120.31551330.29961282X-RAY DIFFRACTION94
2.8412-2.92460.33291330.28931316X-RAY DIFFRACTION96
2.9246-3.01870.34651420.27041364X-RAY DIFFRACTION97
3.0187-3.12620.33981440.26051364X-RAY DIFFRACTION98
3.1262-3.25080.24891460.23791366X-RAY DIFFRACTION99
3.2508-3.3980.24991420.21271364X-RAY DIFFRACTION99
3.398-3.57620.21631410.18461388X-RAY DIFFRACTION100
3.5762-3.79880.19171500.16341379X-RAY DIFFRACTION100
3.7988-4.08970.18941470.14741379X-RAY DIFFRACTION100
4.0897-4.49680.13731470.1361410X-RAY DIFFRACTION100
4.4968-5.13750.16441410.13421383X-RAY DIFFRACTION100
5.1375-6.43530.19371490.18381398X-RAY DIFFRACTION100
6.4353-19.74420.19951480.1871426X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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