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- PDB-4ghl: Structural Basis for Marburg virus VP35 mediate immune evasion me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ghl
タイトルStructural Basis for Marburg virus VP35 mediate immune evasion mechanisms
要素
  • Polymerase cofactor VP35
  • short palindromic RNA AGACAGCAUAUGCUGUCU
キーワードTRANSCRIPTION / viral protein/RNA / protein-RNA complex / VP35 / IFN inhibitor / RNA binding protein / Interferon antagonism / double stranded RNA / viral protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, helical subdomain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, helical subdomain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Polymerase cofactor VP35
類似検索 - 構成要素
生物種Lake Victoria marburgvirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Ramanan, P. / Borek, D.M. / Otwinowski, Z. / Leung, D.W. / Amarasinghe, G.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis for Marburg virus VP35-mediated immune evasion mechanisms.
著者: Ramanan, P. / Edwards, M.R. / Shabman, R.S. / Leung, D.W. / Endlich-Frazier, A.C. / Borek, D.M. / Otwinowski, Z. / Liu, G. / Huh, J. / Basler, C.F. / Amarasinghe, G.K.
履歴
登録2012年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: short palindromic RNA AGACAGCAUAUGCUGUCU
F: short palindromic RNA AGACAGCAUAUGCUGUCU
A: Polymerase cofactor VP35
B: Polymerase cofactor VP35
C: Polymerase cofactor VP35
D: Polymerase cofactor VP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,68025
ポリマ－70,0226
非ポリマー65719
水6,828379
1
C: Polymerase cofactor VP35
ヘテロ分子

B: Polymerase cofactor VP35
ヘテロ分子

A: Polymerase cofactor VP35
ヘテロ分子

E: short palindromic RNA AGACAGCAUAUGCUGUCU
F: short palindromic RNA AGACAGCAUAUGCUGUCU
D: Polymerase cofactor VP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,68025
ポリマ－70,0226
非ポリマー65719
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_455-x-1/2,-y,z+1/21
crystal symmetry operation3_544-x,y-1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation4_455x-1/2,-y+1/2,-z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10410 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area28380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.771, 93.384, 102.071
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11E
21F
12A
22B
13A
23C
14A
24D
15B
25C
16B
26D
17C
27D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AAUUEA1 - 181 - 18
21AAUUFB1 - 181 - 18
12LEULEULYSLYSAC208 - 32812 - 132
22LEULEULYSLYSBD208 - 32812 - 132
13LEULEULYSLYSAC208 - 32812 - 132
23LEULEULYSLYSCE208 - 32812 - 132
14LEULEULYSLYSAC208 - 32812 - 132
24LEULEULYSLYSDF208 - 32812 - 132
15LEULEUILEILEBD208 - 32912 - 133
25LEULEUILEILECE208 - 32912 - 133
16LEULEUILEILEBD208 - 32912 - 133
26LEULEUILEILEDF208 - 32912 - 133
17LEULEUILEILECE208 - 32912 - 133
27LEULEUILEILEDF208 - 32912 - 133

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

-
要素

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 6分子 EFABCD

#1: RNA鎖 short palindromic RNA AGACAGCAUAUGCUGUCU


分子量: 5733.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: IDT DNA
#2: タンパク質
Polymerase cofactor VP35


分子量: 14638.870 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 200-329 / Mutation: L277A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lake Victoria marburgvirus (ウイルス)
株: Popp-67 / 遺伝子: Polymerase cofactor VP35, VP35 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03039

-
非ポリマー , 4種, 398分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M sodium citrate (pH 5.5), 0.1M sodium citrate (pH 6.0), 0.25% glycerol, 14% PEG 6000 and 0.6M ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793376 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月3日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793376 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→50 Å / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 2.01→2.04 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.928 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2577 / Rsym value: 0.928 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FKE

3fke


解像度: 2.02→37.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 7.482 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23994 2577 5 %RANDOM
Rwork0.18731 ---
all0.18999 48487 --
obs0.18999 48487 95.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→37.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3856 758 31 379 5024
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0184832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4961.8766724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4125499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.85623.544158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.86615669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6171524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213361
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11E1100.1
12F1100.1
21A1360.03
22B1360.03
31A1380.05
32C1380.05
41A1370.02
42D1370.02
51B1390.08
52C1390.08
61B1390.02
62D1390.02
71C1390.08
72D1390.08
LS精密化 シェル解像度: 2.017→2.069 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 114 -
Rwork0.208 1772 -
obs--48.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.2-2.5247-0.45098.3677-4.672412.6887-0.10230.2948-0.2946-0.5590.2390.65980.3686-0.81-0.13680.1617-0.02970.01720.1478-0.00470.1778-14.14472.785-7.57
21.4708-3.38521.017912.4256-0.20981.6911-0.2427-0.04430.13190.50930.0263-0.0748-0.2026-0.09030.21640.2886-0.00480.07490.2085-0.08610.3246-10.80459.567-5.39
313.47777.0834-5.461310.1654-3.69342.6058-0.06420.29640.0621-0.12730.01270.50450.0135-0.32470.05160.11150.0198-0.00090.2242-0.06960.1529-4.78152.823-10.519
40.7992-0.35311.38931.7261-1.12662.5832-0.03570.00170.0072-0.06890.04680.0622-0.0405-0.009-0.01110.08910.0123-0.00160.09170.00890.1055.25453.759-11.158
52.7587-1.8334-2.17748.6146-3.972111.5071-0.00270.24570.0675-0.371-0.02880.23230.0292-0.24180.03150.07410.0036-0.00470.06730.00610.10458.14345.721-11.949
65.04140.0299-3.68011.8312-2.35.52630.03090.2234-0.0892-0.02170.01030.10340.003-0.164-0.04110.10670.0223-0.01780.07340.00740.12431.91345.237-8.233
710.0532-5.0162-3.55816.8178-0.91552.9387-0.01640.2888-0.2574-0.11290.12320.45670.0911-0.2654-0.10670.1109-0.00470.02150.1146-0.00790.1503-7.37646.483-2.737
86.11043.821.8614.9006-0.43261.6494-0.1611-0.32360.2037-0.05450.02590.1753-0.0555-0.19650.13520.08240.02710.0610.12670.01950.2044-6.45453.2950.947
98.46423.5127-0.68863.8611-0.33385.7528-0.11680.05520.46150.3890.07980.1611-0.2416-0.15150.0370.14080.04630.01870.0579-0.0030.10782.08658.970.686
102.12851.6305-1.44356.1655-0.8830.99040.1851-0.4581-0.05890.3066-0.2174-0.0794-0.10930.31380.03230.17440.019-0.03790.2053-0.02990.11559.69659.1-0.296
112.81940.9037-1.40461.3829-1.92873.11810.0089-0.15970.04630.2238-0.0470.0337-0.1459-0.0010.03810.1340.0070.01030.0873-0.00880.10456.88349.9731.888
123.90194.74283.967522.1573-8.500615.94380.0847-0.38740.11220.7106-0.05820.2098-0.2841-0.2401-0.02650.14520.11110.02740.2924-0.02510.1014-2.11447.1356.028
130.43480.41131.11254.19757.009312.2061-0.074-0.09260.04440.05980.1032-0.0386-0.0210.1219-0.02920.1166-0.01950.00210.1296-0.0010.1183-1.90136.046-1.662
143.62332.71090.82245.0209-0.75780.8168-0.2140.2699-0.1524-0.5610.226-0.1620.13520.0495-0.01190.1581-0.04270.04190.10180.00160.09631.43828.8-14.995
1519.52160.18820.068416.02657.293610.6579-0.3780.69780.1604-0.74890.3629-0.2643-0.01560.30410.0150.11780.0052-0.00620.11750.00180.05347.89535.287-17.506
163.67430.28611.28012.3634-2.13072.5753-0.10970.2218-0.1221-0.07720.0403-0.1070.02050.05890.06950.10190.0128-0.00090.1057-0.00640.103312.08236.703-11.729
170.88340.24190.12022.46820.55481.46650.0139-0.07760.04840.131-0.03050.02860.0435-0.03280.01650.08350.0011-0.01370.08190.01690.11035.60331.982.562
180.57080.3918-0.09852.2870.70770.3446-0.0754-0.00740.04460.07930.08330.06130.0127-0.006-0.00790.12850.04550.00270.10650.01610.11874.3936.304-2.196
195.4925.42384.358711.14678.549520.51650.07640.3186-0.5259-0.00280.1564-0.2420.59330.342-0.23290.0796-0.00060.01520.106200.11531.92723.482-11.567
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A198 - 203
2X-RAY DIFFRACTION2A204 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3A210 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4A217 - 223
5X-RAY DIFFRACTION5A224 - 228
6X-RAY DIFFRACTION6A229 - 234
7X-RAY DIFFRACTION7A235 - 241
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50X-RAY DIFFRACTION50C267 - 271
51X-RAY DIFFRACTION51C272 - 276
52X-RAY DIFFRACTION52C277 - 282
53X-RAY DIFFRACTION53C283 - 288
54X-RAY DIFFRACTION54C289 - 293
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85X-RAY DIFFRACTION85F1 - 4
86X-RAY DIFFRACTION86F5 - 8
87X-RAY DIFFRACTION87F9 - 12
88X-RAY DIFFRACTION88F13 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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