PDB-6okd: Crystal Structure of human transferrin receptor in complex with a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6okd

タイトル

Crystal Structure of human transferrin receptor in complex with a cystine-dense peptide

要素

Transferrin receptor protein 1
transferrin receptor binding cystine-dense peptide

キーワード

TRANSPORT PROTEIN/SIGNALING PROTEIN / protein-protein complex / cystine-dense peptide / TRANSPORT PROTEIN-SIGNALING PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

transferrin receptor activity / postsynaptic recycling endosome membrane / negative regulation of mitochondrial fusion / transferrin transport / Transferrin endocytosis and recycling / positive regulation of isotype switching / response to copper ion / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / response to iron ion / response to manganese ion ...transferrin receptor activity / postsynaptic recycling endosome membrane / negative regulation of mitochondrial fusion / transferrin transport / Transferrin endocytosis and recycling / positive regulation of isotype switching / response to copper ion / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / response to iron ion / response to manganese ion / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of bone resorption / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / transport across blood-brain barrier / response to retinoic acid / positive regulation of T cell proliferation / clathrin-coated pit / positive regulation of B cell proliferation / RAC1 GTPase cycle / response to nutrient / Hsp70 protein binding / osteoclast differentiation / cellular response to leukemia inhibitory factor / acute-phase response / positive regulation of protein-containing complex assembly / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / HFE-transferrin receptor complex / recycling endosome / receptor internalization / positive regulation of protein localization to nucleus / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / recycling endosome membrane / melanosome / cellular response to xenobiotic stimulus / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / extracellular vesicle / double-stranded RNA binding / Clathrin-mediated endocytosis / iron ion transport / virus receptor activity / cytoplasmic vesicle / basolateral plasma membrane / blood microparticle / intracellular iron ion homeostasis / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / early endosome / response to hypoxia / endosome / endosome membrane / intracellular signal transduction / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Monosiga brevicollis (立襟鞭毛虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Finton, K.A.K. / Rupert, P.B. / Strong, R.K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: A TfR-Binding Cystine-Dense Peptide Promotes Blood-Brain Barrier Penetration of Bioactive Molecules.
著者: Crook, Z.R. / Girard, E. / Sevilla, G.P. / Merrill, M. / Friend, D. / Rupert, P.B. / Pakiam, F. / Nguyen, E. / Yin, C. / Ruff, R.O. / Hopping, G. / Strand, A.D. / Finton, K.A.K. / Coxon, M. / ...

履歴

登録	2019年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年7月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6okd.cif.gz	536.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6okd.ent.gz	437.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6okd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6okd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6okd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6okeC 1de4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tnb-d 2d51-d 4gua-1 2pvw-d 6uut-d 1cml-1 4an4-2 1oq7-1 2d3m-d 2j2f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (25) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transferrin receptor protein 1

B: Transferrin receptor protein 1

C: transferrin receptor binding cystine-dense peptide

D: transferrin receptor binding cystine-dense peptide

ヘテロ分子

164 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transferrin receptor protein 1

D: transferrin receptor binding cystine-dense peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
82 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transferrin receptor protein 1

C: transferrin receptor binding cystine-dense peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.601, 145.500, 133.494
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Transferrin receptor protein 1 / Trfr / T9 / p90 分子量: 75052.688 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFRC / プラスミド: Daedalus system / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02786
#2: タンパク質	transferrin receptor binding cystine-dense peptide 分子量: 5959.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Monosiga brevicollis (立襟鞭毛虫) 株: randomly mutated / 遺伝子: cytochrome BC1 complex subunit 6 / プラスミド: Daedalus system / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 1種, 4分子

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 794分子

#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 782 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.35 % / Mosaicity: 0.346 ° / Mosaicity esd: 0.003 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 6000, Mes

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 166017 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.103 / Χ²: 1.156 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 551226

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.85-1.88	3.3	0.693	8198	0.664	0.441	0.824	0.478	99.9
1.88-1.92	3.3	0.598	8312	0.722	0.382	0.712	0.513	99.9
1.92-1.95	3.3	0.495	8295	0.787	0.317	0.589	0.527	100
1.95-1.99	3.3	0.414	8276	0.822	0.268	0.494	0.558	100
1.99-2.04	3.2	0.326	8289	0.857	0.217	0.393	0.583	99.9
2.04-2.08	3.2	0.278	8337	0.889	0.183	0.334	0.628	99.9
2.08-2.14	3.2	0.243	8308	0.921	0.159	0.291	0.643	100
2.14-2.19	3.5	0.21	8243	0.944	0.131	0.247	0.677	100
2.19-2.26	3.4	0.182	8309	0.954	0.114	0.215	0.783	99.9
2.26-2.33	3.4	0.156	8324	0.965	0.099	0.185	0.819	99.9
2.33-2.41	3.3	0.138	8272	0.969	0.089	0.165	0.88	100
2.41-2.51	3.2	0.122	8317	0.974	0.081	0.147	1.035	99.7
2.51-2.63	3.3	0.11	8316	0.979	0.071	0.131	1.141	99.9
2.63-2.76	3.5	0.097	8278	0.985	0.061	0.115	1.249	99.9
2.76-2.94	3.4	0.085	8299	0.988	0.054	0.1	1.513	99.9
2.94-3.16	3.3	0.071	8303	0.991	0.046	0.085	1.79	99.7
3.16-3.48	3.3	0.059	8328	0.992	0.039	0.071	2.24	99.7
3.48-3.99	3.5	0.052	8281	0.995	0.033	0.062	2.5	99.6
3.99-5.02	3.2	0.043	8327	0.996	0.028	0.051	2.382	99.1
5.02-50	3.4	0.038	8405	0.998	0.024	0.045	2.092	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.59 Å	41.58 Å
Translation	3.59 Å	41.58 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdbid 1de4

1de4

解像度: 1.85→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 4.431 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18714	8375	5 %	RANDOM
R_work	0.16278	-	-	-
obs	0.16405	157641	99.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.399 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	0 Å²	-0.17 Å²
2-	-	0.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.85→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10156	0	140	782	11078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	10575
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	9557
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.611	1.961	14376
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.85	3	22105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.84	5	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.63	24.33	455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.644	15	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.643	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.199	0.2	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.018	0.02	11781
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.187	1.789	5294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.187	1.789	5293
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.842	2.992	6602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.842	2.992	6603
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.929	2.334	5281
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.929	2.335	5282
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.473	3.696	7764
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.641	17.84	12022
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.642	17.842	12023
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.848→1.896 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	519	-
R_work	0.229	11163	-
obs	-	-	95.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8615	1.1281	-0.2667	0.8297	-0.0121	0.5584	0.0238	-0.2045	-0.0301	0.0562	-0.1004	-0.0349	0.0065	-0.0252	0.0766	0.0059	-0.0039	-0.0035	0.019	-0.0031	0.0143	127.5529	6.7334	52.7398
2	1.0392	-0.5359	0.0471	1.2733	0.2565	1.4789	0.1029	0.1399	0.0419	-0.1941	-0.1694	-0.0207	0.0202	-0.0165	0.0665	0.0335	0.028	0.0135	0.0284	0.0072	0.0439	112.8138	0.2046	35.1667
3	3.0692	-1.2398	0.1508	0.8775	0.0127	0.5347	0.026	0.2028	-0.006	-0.059	-0.0987	-0.0059	-0.0087	-0.0421	0.0727	0.0065	0.0039	0.001	0.0188	-0.0071	0.0111	123.5127	-42.6618	14.4691
4	1.0633	0.668	-0.1	1.4546	0.3564	1.4587	0.1195	-0.1776	-0.048	0.2412	-0.1871	-0.0484	-0.0109	0.0203	0.0676	0.0446	-0.0354	-0.0186	0.0385	0.0215	0.0508	114.4762	-37.0307	34.3538
5	13.0629	5.8433	2.784	2.6246	1.2637	4.6629	0.0226	-0.1694	0.4074	0.0041	-0.0746	0.2397	0.1461	-0.4119	0.0521	0.2734	-0.0501	0.0018	0.2161	-0.0334	0.3342	101.5728	-39.7072	51.3178
6	12.5252	3.263	4.4212	2.3608	1.0147	4.1679	0.1479	-0.6903	0.4802	0.4124	-0.2585	-0.0133	-0.0627	-0.0891	0.1106	0.3059	-0.1147	-0.0146	0.3191	0.0169	0.1352	112.8174	-36.6381	60.0806
7	8.3443	-1.7683	2.124	3.196	-1.7242	1.1241	-0.1958	-0.3203	0.1778	0.2358	0.0634	-0.1266	-0.1697	-0.0286	0.1323	0.5681	-0.1088	-0.033	0.4935	0.041	0.4117	122.8506	-34.5969	66.0487
8	9.1464	2.2155	6.0123	2.3518	2.7278	8.528	0.0185	-0.4091	0.0191	0.2592	-0.1595	-0.1161	-0.0581	0.0798	0.141	0.182	-0.0869	-0.0173	0.1812	0.0928	0.1324	112.4121	-44.2248	52.4092
9	8.957	-0.3425	-5.235	5.7717	-1.5403	9.7293	0.2014	0.4123	0.028	-0.3022	-0.232	0.2359	-0.0867	-0.2671	0.0306	0.2166	0.093	-0.0392	0.219	-0.0085	0.0997	105.9377	1.5644	12.0861
10	12.261	-3.6015	6.3151	10.8248	2.8477	11.8264	0.1958	0.1278	-0.2963	-0.4481	-0.2565	0.016	0.2232	-0.1275	0.0607	0.3038	0.1293	0.0463	0.3291	0.0129	0.1336	116.4848	-2.0421	5.2683
11	3.8173	-5.6726	0.0235	8.4467	-0.0416	0.025	0.1528	0.03	0.0646	-0.3321	-0.075	-0.1332	0.0781	-0.0521	-0.0778	0.521	-0.01	0.0237	0.5413	0.029	0.5045	123.3923	-1.9595	1.6327
12	9.3413	-2.4024	-6.5366	1.9706	2.4726	9.0224	0.0419	0.3955	0.0474	-0.2521	-0.1593	-0.0894	0.0132	0.0524	0.1174	0.1787	0.0839	0.03	0.1678	0.0769	0.1226	112.0242	7.429	14.6975

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 280
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	281 - 637
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	3 - 337
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	338 - 637
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	3 - 9
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	10 - 21
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	22 - 33
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	34 - 51
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	4 - 14
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	15 - 22
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	23 - 34
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	35 - 51

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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