PDB-3l28: Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domai...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l28

タイトル

Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain K339A mutant

要素

Polymerase cofactor VP35

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING DOMAIN / INTERFERON ANTIVIRAL EVASION / RNA REPLICATION / RNA-BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION / Host cytoplasm / Interferon antiviral system evasion / RNA-binding / Virion

機能・相同性

機能・相同性情報

: / symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / : / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / positive regulation of protein sumoylation / molecular sequestering activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Zaire ebolavirus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Leung, D.W. / Prins, K.C. / Borek, D.M. / Farahbakhsh, M. / Tufariello, J.M. / Ramanan, P. / Nix, J.C. / Helgeson, L.A. / Otwinowski, Z. / Honzatko, R.B. ...

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for dsRNA recognition and interferon antagonism by Ebola VP35.
著者: Leung, D.W. / Prins, K.C. / Borek, D.M. / Farahbakhsh, M. / Tufariello, J.M. / Ramanan, P. / Nix, J.C. / Helgeson, L.A. / Otwinowski, Z. / Honzatko, R.B. / Basler, C.F. / Amarasinghe, G.K.

履歴

登録	2009年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3l28.ent.gz	132.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3l28_full_validation.pdf.gz	485.3 KB	表示
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CIF形式データ	3l28_validation.cif.gz	46.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/3l28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/3l28	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3l25C 3l26C 3l27C 3fkeS 3l29 3l2a S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6l62-d 6wgr-d 3c2g-1 5nfy-2 3c2g-2 6ekv-d 6q0i-d 6i3z-d 6q20-d 6q0h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Polymerase cofactor VP35

B: Polymerase cofactor VP35

C: Polymerase cofactor VP35

D: Polymerase cofactor VP35

E: Polymerase cofactor VP35

F: Polymerase cofactor VP35

ヘテロ分子

87 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.381, 91.880, 102.595
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.60, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Polymerase cofactor VP35 分子量: 14246.213 Da / 分子数: 6 / 断片: VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN / 変異: K339A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス) 株: Mayinga-76 / 遺伝子: VP35 / プラスミド: MODIFIED PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05127
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 2.8 詳細: 0.1M SODIUM CITRATE, 0.3M LITHIUM SULFATE, 13% PEG8000, pH 2.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月20日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 38190 / Num. obs: 38190 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 29
反射シェル	解像度: 2.4→2.42 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.3.0037	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FKE

3fke

解像度: 2.4→33.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.864 / SU B: 14.97 / SU ML: 0.205 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.483 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26908	1720	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19987	-	-	-
obs	0.20352	31958	87.91 %	-
all	-	31960	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.914 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→33.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5637	0	67	499	6203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	5870
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.873	1.98	7963
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.401	5	730
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.749	23.75	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.949	15	996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.144	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	888
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	4423
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.158	0.2	2946
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.291	0.2	4036
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.044	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.143	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.079	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.197	2	3681
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.903	3	5984
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.492	2	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.27	3	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	74	-
R_work	0.214	1338	-
obs	-	-	50.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	21.1869	-13.1396	6.678	25.7725	-10.8123	22.359	0.1273	-0.188	0.3556	0.3002	-0.3959	-0.5886	0.0315	1.4294	0.2686	0.0054	0.0644	0.0542	0.2172	0.0282	0.0619	13.008	-5.401	29.953
2	5.4681	1.0842	2.1515	10.8464	3.8518	1.95	0.3021	-0.2431	0.3262	-0.6081	-0.0338	0.0596	-0.0345	0.6806	-0.2683	0.1531	-0.0286	0.0747	0.2049	0.0037	0.0327	8.591	3.135	22.625
3	1.7837	-0.8539	0.1807	2.7629	-1.1794	2.6642	0.0177	-0.179	-0.2076	0.1722	-0.0355	0.0081	0.0822	0.4297	0.0179	0.0709	0.0244	0.0263	0.0836	0.0327	0.042	4.248	-5.258	28.73
4	3.4613	-3.4364	-1.5262	4.3102	-0.7833	6.5526	-0.0475	0.3206	-0.2504	0.2733	-0.074	-0.0938	0.3017	-0.0495	0.1216	0.0816	0.0094	0.0021	0.0584	-0.0557	0.0522	-0.774	-4.59	17.956
5	9.6306	-0.3983	-5.8278	10.7684	-8.7392	11.0272	0.1572	0.6117	-1.5213	-0.3191	0.1906	0.2794	0.6316	-0.5551	-0.3479	0.0657	0.0519	0.0293	0.0395	0.0004	0.1908	-3.961	-9.941	28.001
6	1.1255	-2.617	-1.0857	11.6579	-0.7173	2.9331	-0.1062	-0.2735	0.1055	0.2742	0.0954	-0.1025	-0.0969	0.1904	0.0108	0.0239	0.0094	-0.0219	0.0869	0.0011	0.04	-2.126	7.096	38.03
7	0.9871	-0.7599	0.1537	2.0555	1.611	2.0575	-0.1921	0.0313	-0.0186	-0.0019	0.1015	0.4565	0.1742	-0.344	0.0906	0.1102	0.0165	0.0245	0.0621	-0.0239	0.109	-9.708	6.084	33.254
8	2.6771	0.6697	0.6231	2.6546	-0.0584	0.716	0.0706	-0.1896	0.0717	0.3501	-0.1585	-0.0498	0.1348	-0.1427	0.0879	0.0938	0.0141	0.0178	0.0408	-0.0219	0.0291	-7.257	7.822	37.44
9	7.1943	1.68	7.2743	3.2228	3.158	12.3949	-0.0161	-0.1199	0.0256	0.0442	-0.355	0.6762	-0.0156	-0.773	0.3711	0.0044	0.089	-0.0469	0.166	-0.0951	0.248	-23.847	9.735	17.012
10	3.9068	-0.4152	0.5559	2.2378	1.6136	1.3545	-0.2913	0.2898	0.2772	-0.6012	0.0355	0.1241	-0.5528	0.0603	0.2558	0.1178	0.0301	-0.0056	0.0559	-0.0246	0.1165	-12.901	9.226	15.934
11	4.3731	-0.2028	5.6655	2.6421	2.0717	27.9263	0.0777	-0.1895	-0.3854	-0.1431	-0.3099	0.5417	0.2326	-1.1092	0.2322	-0.0301	0.0106	-0.0007	0.0996	-0.1012	0.1901	-23.339	0.103	17.844
12	1.0559	0.8171	3.4637	0.6408	2.7895	12.7604	-0.0111	-0.1196	-0.1784	0.2081	-0.0862	0.2239	0.558	0.0697	0.0973	0.0864	0.0207	0.0069	0.0918	-0.0487	0.1006	-14.298	-1.027	21.937
13	11.3749	8.8525	-4.0678	9.9465	-4.2407	8.0845	-0.4302	0.4523	-0.0207	-0.6525	0.0872	0.2674	0.0315	-0.4138	0.343	0.0867	0.0656	-0.0768	0.1477	-0.0973	-0.006	-10.726	1.41	5.809
14	10.6036	-4.8523	-3.0719	25.2736	3.8793	1.1554	0.16	0.0526	0.5084	2.2089	-0.7797	0.443	0.5151	0.7398	0.6197	0.3878	-0.1688	-0.1688	0.2658	-0.0685	0.3819	-0.411	15.12	11.224
15	1.0913	-0.1707	-1.2544	8.5583	0.4731	1.4509	-0.0625	0.1445	-0.4132	-0.3028	-0.2343	-0.7143	-0.0308	0.0604	0.2968	0.1282	0.0854	-0.0305	0.2501	-0.0303	0.0668	-0.084	-0.272	8.696
16	3.8852	0.2731	-1.4979	3.2776	1.5101	5.9236	0.0612	0.3371	0.1738	-0.4417	0.0934	-0.0325	-0.5375	0.0812	-0.1546	0.0513	-0.0092	0.0097	0.131	-0.006	0.0499	-2.618	4.245	6.984
17	4.0992	-0.1619	3.1264	5.7751	-3.1012	6.6284	-0.5001	0.4367	0.5856	-0.6752	0.2001	-0.2196	-1.0077	1.2066	0.3001	0.4371	-0.2071	-0.0205	0.2556	0.0793	0.1795	-9.4	45.651	29.141
18	5.6082	-4.9506	-1.4536	6.7677	-0.3682	1.5142	-0.132	0.4073	0.612	-0.1187	-0.1255	-0.394	-0.0334	0.1121	0.2575	0.1102	-0.047	-0.0061	0.0816	-0.026	0.0686	-10.897	36.494	30.816
19	8.1423	-6.7341	7.5513	10.6467	-6.6691	7.0386	0.4058	1.1471	0.5258	-0.7735	-0.6005	-0.4904	-0.0525	0.3877	0.1947	0.2985	-0.0512	0.0129	0.1364	0.0056	0.1047	-18.995	42.136	25.665
20	10.6372	1.5044	9.5105	0.3096	1.0827	9.2142	-0.3561	0.2191	0.3887	0.0059	0.3357	0.2607	-1.1341	0.1223	0.0204	0.4442	0.0419	-0.0654	-0.0327	-0.0517	0.2186	-18.583	49.34	35.382
21	15.7912	-3.8828	12.0149	1.3494	-3.3723	9.5845	0.0469	-0.6913	0.1721	-0.1122	-0.0039	0.0597	-0.1855	-0.5408	-0.043	0.1713	0.0158	-0.0381	0.057	-0.0934	0.1358	-19.683	41.551	38.334
22	2.2559	-1.2919	1.7955	3.684	0.5406	2.2652	-0.0342	0.1154	-0.0046	-0.0867	0	-0.1143	0.0469	0.1259	0.0342	0.0648	-0.0034	0.0067	0.0542	0.0091	0.0398	-16.953	26.974	26.908
23	1.8687	0.7372	3.85	1.0992	1.0285	8.2296	-0.0391	-0.1209	0.303	0.2809	0.0218	-0.2108	0.1795	-0.4317	0.0173	0.0747	0.0254	-0.0017	0.029	-0.0415	0.0898	-22.553	30.983	32.772
24	3.8193	2.5951	-0.3421	7.0128	4.3818	12.7388	-0.1316	0.2138	-0.1293	-0.2427	-0.1311	0.1958	-0.1	-0.1534	0.2627	0.0202	0.0515	0.0034	0.0343	-0.0018	0.0814	-17.02	23.363	23.793
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29	40.0077	-9.7359	-25.7496	6.6011	10.8153	21.4629	1.0794	-0.5565	-0.6983	-0.827	1.1816	-0.9505	-0.3985	2.0977	-2.261	0.1879	0.1491	-0.0996	0.5913	-0.391	0.4182	4.3	31.595	52.624
30	2.4728	3.4835	2.6617	15.652	3.0933	2.905	0.1052	0.5304	-0.1032	-1.6388	0.7122	-1.3652	-0.4704	0.7499	-0.8174	0.1983	-0.0852	0.2356	0.2254	-0.1785	0.3398	-0.713	34.645	43.544
31	0.7673	1.9191	-1.3506	5.8333	-2.4074	3.2889	0.0573	-0.2498	0.3985	0.0419	-0.0591	-0.1901	-0.2079	-0.0167	0.0018	0.0895	0.0113	0.0077	0.0816	-0.1329	0.1223	-10.302	40.126	51.139
32	10.3558	-5.4245	-1.7775	6.8636	-3.7162	5.6745	-0.13	-0.8135	0.4294	0.0195	0.2348	-1.2738	-0.6375	1.5525	-0.1049	0.07	-0.0834	-0.0129	0.4162	-0.1958	0.3163	2.087	37.084	50.702
33	15.3684	2.2597	7.201	0.4993	-1.0669	30.4209	1.5996	-1.6232	-2.0506	0.5702	-0.5247	-1.1808	2.3351	-1.2423	-1.0749	0.5239	-0.2936	-0.3696	0.2176	0.2527	0.3062	-16.117	-26.584	-4.365
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38	4.1017	3.5968	2.251	3.3804	2.9077	5.0865	0.0347	-0.1441	0.3859	0.1539	-0.155	-0.0662	0.553	-0.2933	0.1203	0.12	0.1033	-0.0418	0.2599	-0.1109	-0.0583	-6.496	-12.019	0.578
39	11.8471	-3.2065	1.426	8.0883	3.0864	11.9283	-0.3338	0.2474	0.846	-0.1196	0.1912	-0.9997	-0.0422	0.8661	0.1426	0.1054	0.0665	-0.0676	0.0652	-0.0525	0.1141	-1.094	-12.182	-5.815
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41	0.1111	-0.3976	-1.0612	6.9774	0.7743	11.776	-0.1537	0.265	0.6558	0.0485	-0.4522	-1.4479	0.0285	1.355	0.6058	-0.0686	-0.0772	0.0374	0.3392	0.194	0.6588	-2.207	-4.926	-24.434
42	3.8895	-1.7265	1.6885	13.0849	-9.2501	13.3106	-0.2493	0.9832	0.2975	-1.1186	-0.354	-0.7916	0.5516	0.2684	0.6033	0.059	-0.1166	0.0906	0.1475	0.1028	0.1822	-9.74	-9.186	-25.529
43	11.4243	-0.8712	11.2163	5.9135	8.6862	32.6647	-0.2561	0.6787	1.4001	0.2751	0.1482	-1.1918	-1.1856	0.6449	0.1079	0.1465	-0.1333	-0.2244	-0.108	0.2443	0.6418	-10.462	2.147	-21.83
44	3.4046	0.0626	2.9929	1.5077	-1.0557	3.4497	-0.3489	0.1529	0.6319	0.1025	-0.1346	-0.1793	-0.3382	-0.0034	0.4834	0.0983	-0.0433	-0.0442	0.047	0.0449	0.1103	-15.468	-9.035	-21.897
45	22.5602	-2.1055	2.0378	12.6593	11.9303	21.0523	-0.6948	-0.6386	-0.5941	-0.4662	1.3827	-0.5885	-1.5158	-0.1505	-0.6878	0.3105	0.1582	0.0296	0.1784	0.2154	0.2196	-6.812	-27.927	-28.669
46	7.1781	1.5846	3.1302	1.6423	4.0042	9.8579	0.2163	-0.2194	-0.6697	-0.5228	0.0732	0.1179	0.9236	0.9314	-0.2895	0.1816	-0.0777	0.0089	0.2339	0.0732	0.2103	-19.833	-23.463	-20.951
47	6.4256	-0.8606	3.0603	2.5546	-2.2952	9.2065	-0.0199	0.2217	0.1835	-0.0851	0.1478	-0.1409	0.1789	0.0825	-0.1279	0.0973	-0.0105	-0.0234	-0.0238	-0.0321	0.0581	-20.116	-14.405	-20.866
48	5.2239	-2.7199	-3.9121	1.7947	0.2949	10.9451	0.2952	0.7345	-0.3358	0.1273	-0.17	0.4664	0.2994	-0.4098	-0.1252	0.1095	0.0153	-0.0129	0.1608	-0.0173	0.1358	-15.641	-24.806	-27.716

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	218 - 225
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	226 - 235
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	236 - 267
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	268 - 278
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	279 - 286
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	287 - 305
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	306 - 321
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	322 - 340
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	218 - 231
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	232 - 248
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	249 - 270
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	271 - 283
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	284 - 298
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	299 - 309
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	310 - 319
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	320 - 340
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	218 - 236
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	237 - 243
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	244 - 251
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	252 - 270
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	271 - 287
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	288 - 318
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	319 - 327
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	328 - 340
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	218 - 229
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	230 - 254
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	255 - 274
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	275 - 292
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	293 - 302
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	303 - 315
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	316 - 327
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	328 - 340
33	X-RAY DIFFRACTION	33	E	222 - 234
34	X-RAY DIFFRACTION	34	E	235 - 244
35	X-RAY DIFFRACTION	35	E	245 - 256
36	X-RAY DIFFRACTION	36	E	257 - 268
37	X-RAY DIFFRACTION	37	E	269 - 280
38	X-RAY DIFFRACTION	38	E	281 - 301
39	X-RAY DIFFRACTION	39	E	302 - 321
40	X-RAY DIFFRACTION	40	E	322 - 340
41	X-RAY DIFFRACTION	41	F	217 - 238
42	X-RAY DIFFRACTION	42	F	239 - 250
43	X-RAY DIFFRACTION	43	F	251 - 269
44	X-RAY DIFFRACTION	44	F	270 - 297
45	X-RAY DIFFRACTION	45	F	298 - 305
46	X-RAY DIFFRACTION	46	F	310 - 317
47	X-RAY DIFFRACTION	47	F	318 - 325
48	X-RAY DIFFRACTION	48	F	326 - 340

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)