PDB-4gha: Crystal structure of Marburg virus VP35 RNA binding domain bound ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gha

タイトル

Crystal structure of Marburg virus VP35 RNA binding domain bound to 12-bp dsRNA

要素

Polymerase cofactor VP35
RNA (5'-R(*CP*UP*AP*GP*AP*CP*GP*UP*CP*UP*AP*G)-3')

キーワード

VIRAL PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN/RNA / Viral polymerase / Interferon inhibition / dsRNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

viral nucleocapsid / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Marburg virus - Musoke (ウイルス)
Kenya
1980

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Bale, S. / Jean-Philippe, J. / Bornholdt, Z.A. / Kimberlin, C.K. / Halfmann, P. / Zandonatti, M.A. / Kunert, J. / Kroon, G.J.A. / Kawaoka, Y. / MacRae, I.J. ...

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Marburg Virus VP35 Can Both Fully Coat the Backbone and Cap the Ends of dsRNA for Interferon Antagonism.
著者: Bale, S. / Julien, J.P. / Bornholdt, Z.A. / Kimberlin, C.R. / Halfmann, P. / Zandonatti, M.A. / Kunert, J. / Kroon, G.J. / Kawaoka, Y. / Macrae, I.J. / Wilson, I.A. / Saphire, E.O.

履歴

登録	2012年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月24日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gha.cif.gz	225.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gha.ent.gz	178.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gha_validation.pdf.gz	483.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gha_full_validation.pdf.gz	492.3 KB	表示
XML形式データ	4gha_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	4gha_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/4gha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/4gha	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gh9SC 3fke 3l25 3l26 3la2 3sk8 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
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リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
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#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Polymerase cofactor VP35

C: Polymerase cofactor VP35

E: Polymerase cofactor VP35

G: Polymerase cofactor VP35

I: RNA (5'-R(*CP*UP*AP*GP*AP*CP*GP*UP*CP*UP*AP*G)-3')

J: RNA (5'-R(*CP*UP*AP*GP*AP*CP*GP*UP*CP*UP*AP*G)-3')

72.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.593, 99.191, 81.801
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	C
2	1	E
3	1	G
4	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 210 - 325 / Label seq-ID: 27 - 142

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	C	B
2	E	C
3	G	D
4	A	A

#1: タンパク質	Polymerase cofactor VP35 分子量: 16302.603 Da / 分子数: 4 断片: Marburg virus VP35 RNA binding domain, UNP residues 204-329 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marburg virus - Musoke, Kenya, 1980 (ウイルス) 株: Musoke / 遺伝子: VP35 / プラスミド: pET46b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): R2 / 参照: UniProt: P35259
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(CPUPAPGPAPCPGPUPCPUPAPG)-3') 分子量: 3812.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA from IDT technologies
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 2% v/v Tacsimate, 18% PEG 3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月23日 / 詳細: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
放射	モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→81.8 Å / Num. obs: 20261 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 17 Å² / R_merge(I) obs: 0.131 / R_sym value: 0.131 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.501→2.566 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 988 / R_sym value: 0.362 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GH9

4gh9

解像度: 2.5→81.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 21.668 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R Free: 0.309 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24987	1017	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20867	-	-	-
all	0.21073	-	-	-
obs	0.21073	18981	98.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0 Å²	0.36 Å²
2-	-	-1.3 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→81.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3772	504	0	156	4432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.001	0.022	4422
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.448	2.121	6120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.748	5	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.227	23.421	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.955	15	644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.247	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.028	0.2	726
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.001	0.021	3138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.632	1.5	2448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.153	2	3964
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.845	3	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.541	4.5	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.561	3	4422
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	C	464	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.05
2	E	464	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
3	G	464	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.05
4	A	464	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.05
1	C	434	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
2	E	434	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
3	G	434	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
4	A	434	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
1	C	464	TIGHT THERMAL	1.69	0.5
2	E	464	TIGHT THERMAL	1.66	0.5
3	G	464	TIGHT THERMAL	1.62	0.5
4	A	464	TIGHT THERMAL	1.69	0.5
1	C	434	MEDIUM THERMAL	1.18	2
2	E	434	MEDIUM THERMAL	1.17	2
3	G	434	MEDIUM THERMAL	1.17	2
4	A	434	MEDIUM THERMAL	1.2	2

LS精密化シェル

解像度: 2.501→2.566 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	66	-
R_work	0.27	1396	-
obs	-	988	96.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3908	0.4762	0.0616	3.9926	0.113	0.6151	-0.0023	-0.0491	-0.0334	0.1048	-0.0218	-0.0285	-0.0374	0.0032	0.0241	0.084	0.0038	-0.0098	0.1047	0.0159	0.0541	-13.0719	-4.0648	41.3585
2	0.7291	-0.4798	-0.5024	0.8458	0.3053	2.9956	-0.0837	-0.0179	-0.1604	-0.0364	-0.0107	0.0197	0.078	0.0448	0.0944	0.0611	-0.0088	-0.0054	0.0339	-0.0019	0.1233	-3.8985	-21.3106	16.3632
3	0.1806	-0.065	-0.3456	4.1646	-0.3143	0.7201	0.0062	0.0245	-0.0208	-0.1462	-0.052	-0.0517	0.0041	-0.0063	0.0458	0.0666	0.0076	0.0088	0.1119	0.0052	0.0719	5.1362	3.9236	-0.3973
4	0.0268	0.0404	-0.0736	0.1127	0.0881	1.0018	-0.0851	0.0276	-0.007	-0.093	0.0331	0.0074	0.0302	-0.0225	0.052	0.1019	-0.032	0.0034	0.1402	0.0044	0.2115	0.3965	0.308	20.5688
5	0.0114	0.1343	0.0979	1.5867	1.1752	1.3062	-0.0247	-0.003	-0.0054	-0.0775	-0.0469	-0.0572	0.0702	-0.0583	0.0717	0.0558	-0.0089	-0.0034	0.1241	0.0488	0.2078	3.3199	-0.1865	20.3666
6	0.7838	0.2352	0.34	0.8689	0.2075	3.3189	-0.0565	-0.0036	0.1387	0.0151	-0.0325	0.018	-0.082	0.0587	0.089	0.0668	0.0032	0.0027	0.0206	-0.0034	0.1154	14.4138	21.3042	24.4732

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	C	208 - 329
2	X-RAY DIFFRACTION	2	E	208 - 329
3	X-RAY DIFFRACTION	3	G	208 - 329
4	X-RAY DIFFRACTION	4	I	1 - 12
5	X-RAY DIFFRACTION	5	J	1 - 12
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	208 - 329

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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