[日本語] English
万見
- PDB-4g9b: Crystal structure of beta-phosphoglucomutase homolog from escheri... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g9b
タイトルCrystal structure of beta-phosphoglucomutase homolog from escherichia coli, target efi-501172, with bound mg, open lid
要素Beta-phosphoglucomutase
キーワードISOMERASE / HAD / putative phosphoglucomutase / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-mediated transformation / beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity / response to antibiotic / DNA damage response / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily ...Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Beta-phosphoglucomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of beta-phosphoglucomutase homolog from escherichia coli, target efi-501172, with bound mg, open lid
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / ...著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2012年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,16411
ポリマ－26,6401
非ポリマー52410
水3,243180
1
A: Beta-phosphoglucomutase
ヘテロ分子

A: Beta-phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,32922
ポリマ－53,2802
非ポリマー1,04820
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
Buried area4810 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area21300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.168, 129.168, 85.766
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

MG

21A-407-

HOH

31A-410-

HOH

41A-431-

HOH

51A-437-

HOH

61A-448-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-phosphoglucomutase / Beta-PGM


分子量: 26640.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: str. K-12 substr. MG1655 / 遺伝子: ycjU, b1317, JW1310 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77366, beta-phosphoglucomutase

-
非ポリマー , 6種, 190分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffuction / pH: 7
詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM MgCl); Reservoir (0.1 M Bis-Tris Propane:HCl, 1.8 M Magnesium Sulfate); Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol), ...詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM MgCl); Reservoir (0.1 M Bis-Tris Propane:HCl, 1.8 M Magnesium Sulfate); Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX 225 HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→68.063 Å / Num. all: 30181 / Num. obs: 30181 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.7-1.79110.8750.94809843680.875100
1.79-1.911.10.5561.44611741640.556100
1.9-2.0311.10.3252.44330038850.325100
2.03-2.1911.20.2023.74060436370.202100
2.19-2.411.20.1435.13742033460.143100
2.4-2.6911.20.1295.13414330490.129100
2.69-3.111.20.1234.93011226910.123100
3.1-3.811.20.08972556022910.089100
3.8-5.3810.90.05411.41947117810.05499.9
5.38-26.588100.04116.597159690.04196

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NAS

3nas


解像度: 1.7→26.588 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.06 / FOM work R set: 0.8836 / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 18.81 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED UTILIZING THE STRUCTURE AND GEOMETRIC RESTRAINTS OF BENOZIC ACID, HOWEVER THE EXPERIMENTERS CAN NOT BE CERTAIN OF THE LIGANDS IDENTITY AS BENZOIC ACID WAS NOT A ...詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED UTILIZING THE STRUCTURE AND GEOMETRIC RESTRAINTS OF BENOZIC ACID, HOWEVER THE EXPERIMENTERS CAN NOT BE CERTAIN OF THE LIGANDS IDENTITY AS BENZOIC ACID WAS NOT A COMPONENT OF THE CRYSTALLIZATION OR PURIFICATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2038 1527 5.06 %RANDOM
Rwork0.1655 ---
all0.1673 30180 --
obs0.1673 30180 99.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.53 Å2 / Biso mean: 27.8025 Å2 / Biso min: 10.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.588 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1728 0 35 180 1943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071845
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0192521
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004326
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.23661
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.75490.27291460.253925642710100
1.7549-1.81760.27631280.220726022730100
1.8176-1.89040.24531460.195225702716100
1.8904-1.97640.20851530.180125712724100
1.9764-2.08050.19671350.166726072742100
2.0805-2.21080.19391220.165526092731100
2.2108-2.38140.17081330.158826092742100
2.3814-2.62090.20141540.161725962750100
2.6209-2.99970.22511450.168826002745100
2.9997-3.77760.20031380.15826472785100
3.7776-26.59120.18721270.15042678280598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.56764.81452.59915.7891.48754.9763-0.19030.11860.4282-0.0740.05490.14490.1026-0.07230.10160.18120.0088-0.0140.08640.00150.1691-0.711123.108921.2926
25.7341-0.6086-2.92052.89211.42275.19860.29160.18750.6185-0.1424-0.08550.0267-0.6324-0.1571-0.17380.28160.05220.03120.21970.00880.2705-29.750314.22627.3392
39.0177-2.7707-4.79144.15052.22386.85-0.136-0.483-0.16280.14470.16590.0276-0.0630.1674-0.020.1403-0.0263-0.01330.1263-0.00450.1596-21.69935.806530.2421
41.6543-0.1101-0.0622.4590.99622.3896-0.0110.07720.060.0477-0.0034-0.06120.1398-0.04970.01420.1212-0.01010.00220.08110.01630.10940.147424.475822.1076
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 0:17)A0 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 18:67)A18 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 68:87)A68 - 87
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 88:226)A88 - 226

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る