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Yorodumi- PDB-5tt1: Crystal Structure of a Putative short-chain alcohol dehydrogenase... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tt1 | ||||||
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Title | Crystal Structure of a Putative short-chain alcohol dehydrogenase from Burkholderia multivorans | ||||||
Components | Putative short-chain alcohol dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / short chain dehydrogenase/reductase family / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information penicillin binding / cell wall organization / nucleotide binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Burkholderia multivorans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of a Putative short-chain alcohol dehydrogenase from Burkholderia multivorans Authors: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tt1.cif.gz | 273.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tt1.ent.gz | 219.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tt1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5tt1_validation.pdf.gz | 471.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5tt1_full_validation.pdf.gz | 473.7 KB | Display | |
Data in XML | 5tt1_validation.xml.gz | 30.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5tt1_validation.cif.gz | 44.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/5tt1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/5tt1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5idqS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26763.496 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia multivorans (strain ATCC 17616 / 249) (bacteria) Strain: ATCC 17616 / 249 / Gene: BMULJ_04988 / Plasmid: BumuA.00010.z.B1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A0H3KNM5, UniProt: A0A0H2WVW5*PLUS #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-NO3 / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: BumuA.00010.z.B1.PS37887 at 25 mg/ml, mixed 1:1 with an equal volume Morpheus(c2): 10% (w/v) PEG-8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.1 M MES/imidazole, pH=6.5, 0.03 M each sodium nitrate, ...Details: BumuA.00010.z.B1.PS37887 at 25 mg/ml, mixed 1:1 with an equal volume Morpheus(c2): 10% (w/v) PEG-8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.1 M MES/imidazole, pH=6.5, 0.03 M each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, and ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 22, 2016 / Details: Beryllium Lenses | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 61331 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 20.25 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.59 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5IDQ Resolution: 1.8→40.619 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.61
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 90.44 Å2 / Biso mean: 27.7366 Å2 / Biso min: 9.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→40.619 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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