[日本語] English
万見
- PDB-5tt1: Crystal Structure of a Putative short-chain alcohol dehydrogenase... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tt1
タイトルCrystal Structure of a Putative short-chain alcohol dehydrogenase from Burkholderia multivorans
要素Putative short-chain alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / short chain dehydrogenase/reductase family / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / penicillin binding / cell wall organization / nucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / short chain dehydrogenase / : ...: / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / short chain dehydrogenase / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / Beta-lactamase/transpeptidase-like / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Penicillin-binding protein 1 / Short-chain alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia multivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a Putative short-chain alcohol dehydrogenase from Burkholderia multivorans
著者: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative short-chain alcohol dehydrogenase
B: Putative short-chain alcohol dehydrogenase
C: Putative short-chain alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,04713
ポリマ－80,2903
非ポリマー75610
水9,944552
1
A: Putative short-chain alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Putative short-chain alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0358
ポリマ－53,5272
非ポリマー5086
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area4340 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area17020 Å2
手法PISA
2
B: Putative short-chain alcohol dehydrogenase
C: Putative short-chain alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0299
ポリマ－53,5272
非ポリマー5027
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area17550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.070, 53.190, 66.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.390, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Putative short-chain alcohol dehydrogenase


分子量: 26763.496 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (strain ATCC 17616 / 249) (バクテリア)
株: ATCC 17616 / 249 / 遺伝子: BMULJ_04988 / プラスミド: BumuA.00010.z.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3KNM5, UniProt: A0A0H2WVW5*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: BumuA.00010.z.B1.PS37887 at 25 mg/ml, mixed 1:1 with an equal volume Morpheus(c2): 10% (w/v) PEG-8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.1 M MES/imidazole, pH=6.5, 0.03 M each sodium nitrate, ...詳細: BumuA.00010.z.B1.PS37887 at 25 mg/ml, mixed 1:1 with an equal volume Morpheus(c2): 10% (w/v) PEG-8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.1 M MES/imidazole, pH=6.5, 0.03 M each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, and ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月22日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 61331 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 20.25 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.59
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2% possible all
1.8-1.850.4892.54172000.82899.3
1.85-1.90.4192.980.88499.4
1.9-1.950.2674.70.9795.3
1.95-2.010.2425.220.94799.3
2.01-2.080.1836.710.96999.6
2.08-2.150.1558.010.97799.8
2.15-2.230.139.230.98499.5
2.23-2.320.09312.180.9997.6
2.32-2.430.08613.180.99199.9
2.43-2.550.07615.080.99399.8
2.55-2.680.06616.950.99399.8
2.68-2.850.057190.99599.8
2.85-3.040.05121.430.99699.9
3.04-3.290.04524.40.99699.9
3.29-3.60.0427.010.99799.7
3.6-4.020.04128.130.99699.2
4.02-4.650.03830.110.99799.8
4.65-5.690.03729.960.99699.9
5.69-8.050.03829.530.99799.6
8.050.03730.550.99797.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(1.11_2563)精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MoRDa位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IDQ

5idq


解像度: 1.8→40.619 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2076 2067 3.39 %
Rwork0.1763 --
obs0.1774 60968 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.44 Å2 / Biso mean: 27.7366 Å2 / Biso min: 9.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→40.619 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4917 0 44 558 5519
Biso mean--55.39 35.7 -
残基数----658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8266954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005916
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1893108
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.84180.27461250.22163950407599
1.8418-1.88790.28441330.216439384071100
1.8879-1.9390.45081100.37883530364089
1.939-1.9960.26041350.21293887402299
1.996-2.06040.22431380.199339694107100
2.0604-2.13410.26141460.184239644110100
2.1341-2.21950.24111520.18139084060100
2.2195-2.32050.31521140.2563789390395
2.3205-2.44280.18611480.169839534101100
2.4428-2.59590.21721350.173539764111100
2.5959-2.79630.22971260.177639864112100
2.7963-3.07760.22971370.175839874124100
3.0776-3.52270.18541680.162939814149100
3.5227-4.43730.15531450.13924005415099
4.4373-40.62920.15811550.139740784233100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7250.3681-0.12284.2977-0.31471.4283-0.00750.12950.1079-0.0421-0.08640.3047-0.0764-0.19190.08170.20920.0499-0.00660.17660.00760.1379-18.9595-4.008412.1395
26.2473-0.82270.45782.5280.60181.30490.14070.074-0.1897-0.273-0.051-0.0209-0.0079-0.106-0.10810.23930.01620.01190.19870.00490.1194-10.2963-10.833110.5325
31.0183-0.38540.8120.8495-0.0521.4119-0.07080.08230.2783-0.0773-0.0614-0.0088-0.2724-0.06890.07630.21660.0143-0.01110.11640.01930.2065-6.21552.485723.9702
44.00641.22040.19143.01270.70043.0963-0.01590.328-0.3337-0.09660.088-0.06980.3996-0.0684-0.06060.2292-0.0099-0.00970.21530.01160.1267-34.080420.3837.4228
50.91160.12791.39880.25290.36982.50290.27010.1776-0.0816-0.1638-0.10970.03690.79360.1608-0.16790.30110.02280.0160.2020.01990.2033-29.824621.522221.8526
61.70420.4526-0.00190.5540.42351.89650.0107-0.0411-0.03280.0521-0.02390.16340.1754-0.2702-0.00430.1544-0.02040.02210.14290.00270.1615-37.848326.346424.891
73.03950.81860.40484.27082.47131.9311-0.0021-0.44110.16810.08670.0049-0.3105-0.16830.09840.04710.290.07710.00360.36520.03030.1924-17.096232.777958.909
82.56210.1569-0.1912.69510.41971.5666-0.0802-0.24720.07940.06370.1062-0.23520.0580.4365-0.02770.2120.0228-0.00920.29420.00740.1312-12.361834.730754.9413
91.4905-0.21580.43120.9102-0.50493.0364-0.0333-0.1318-0.05380.12550.01820.05360.0721-0.01660.02220.15390.00470.01740.1064-0.00180.11-24.638230.24141.4916
103.65430.00380.8561.67091.40972.8375-0.1107-0.51970.1190.1705-0.09960.12210.0434-0.4480.18220.21970.02540.04770.2879-0.0050.1329-33.150633.489252.575
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 54 )A8 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 55 through 78 )A55 - 78
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 79 through 237 )A79 - 237
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 7 through 78 )B7 - 78
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 79 through 106 )B79 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 107 through 237 )B107 - 237
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 6 through 18 )C6 - 18
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 19 through 78 )C19 - 78
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 79 through 177 )C79 - 177
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 178 through 237 )C178 - 237

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る