PDB-4g9a: Crystal structure of calcium2+-bound wild-type CD23 lectin domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g9a

タイトル

Crystal structure of calcium2+-bound wild-type CD23 lectin domain

要素

Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

low-affinity IgE receptor activity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / macrophage activation / IgE binding / positive regulation of killing of cells of another organism / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / Interleukin-10 signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Yuan, D. / Sutton, B.J. / Dhaliwal, B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Ca2+-dependent Structural Changes in the B-cell Receptor CD23 Increase Its Affinity for Human Immunoglobulin E.
著者: Yuan, D. / Keeble, A.H. / Hibbert, R.G. / Fabiane, S. / Gould, H.J. / McDonnell, J.M. / Beavil, A.J. / Sutton, B.J. / Dhaliwal, B.

履歴

登録	2012年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月14日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4g9a.cif.gz	235 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4g9a.ent.gz	190.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4g9a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4g9a_validation.pdf.gz	465.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4g9a_full_validation.pdf.gz	470.2 KB	表示
XML形式データ	4g9a_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	4g9a_validation.cif.gz	37.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/4g9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/4g9a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4g96C 4gi0C 4gj0C 4gjxC 4gk1C 4gkoC 2h2rS 1t8c 1t8d 2h2t S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1gxc-3 2it6-d 4gj0-3 2zib-d 4j6p-1 6ghv-1 4g96-3 4gk1-5 1o7i-2 1qsw-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
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インテグリン (Integrin)
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キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
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DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
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コレラ毒素 (Cholera Toxin)
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登録構造単位

A: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor

B: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor

C: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor

D: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor

ヘテロ分子

65.1 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor

ヘテロ分子

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2

B: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor

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3

C: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor

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4

D: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor

ヘテロ分子

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16.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	54.243, 53.705, 56.641
Angle α, β, γ (deg.)	112.920, 88.530, 114.960
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor / BLAST-2 / C-type lectin domain family 4 member J / Fc-epsilon-RII / Immunoglobulin E-binding factor ...BLAST-2 / C-type lectin domain family 4 member J / Fc-epsilon-RII / Immunoglobulin E-binding factor / Lymphocyte IgE receptor / Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor membrane-bound form / Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor soluble form 分子量: 16164.986 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 156-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD23A, CLEC4J, FCE2, FCER2, IGEBF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06734
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.46 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 18.5% PEG 6000, 2% 1,6-hexanediol, 0.05M ammonium sulphate, 0.1M sodium acetate pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月6日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 35333 / Num. obs: 34951 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 19.96 Å²
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2H2R

2h2r

解像度: 2.001→38.839 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / FOM work R set: 0.8687 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2054	1732	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1524	-	-	-
all	0.155	35333	-	-
obs	0.155	34538	97.32 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.879 Å² / k_sol: 0.346 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 136.83 Å² / B_iso mean: 26.6003 Å² / B_iso min: 6.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.0884 Å²	-2.6684 Å²	2.9653 Å²
2-	-	1.2913 Å²	-1.3292 Å²
3-	-	-	-1.3797 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→38.839 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4227	0	22	404	4653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4443
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.963	6007
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	587
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	780
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.594	1595

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0012-2.0601	0.2604	126	0.2059	2543	2669	91
2.0601-2.1266	0.2193	131	0.1876	2719	2850	97
2.1266-2.2026	0.2297	147	0.1609	2726	2873	97
2.2026-2.2907	0.2469	138	0.1564	2728	2866	97
2.2907-2.395	0.2264	150	0.1554	2732	2882	97
2.395-2.5212	0.21	150	0.1599	2764	2914	98
2.5212-2.6792	0.2539	149	0.1644	2760	2909	98
2.6792-2.886	0.2336	149	0.1599	2743	2892	98
2.886-3.1763	0.2034	161	0.1439	2775	2936	98
3.1763-3.6356	0.2136	130	0.141	2777	2907	99
3.6356-4.5793	0.1519	161	0.126	2749	2910	99
4.5793-38.8465	0.1878	140	0.1575	2790	2930	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.38	0.0538	0.0686	0.2326	0.2043	0.3959	0.0359	-0.0397	-0.0572	0.0252	-0.043	0.0503	0.0578	-0.0814	0.0182	0.0874	-0.0004	0.0059	0.1032	0.0003	0.0778	-16.5702	24.2365	-12.8586
2	0.8259	-0.0059	0.5424	0.2309	0.0441	0.5999	0.1527	-0.0142	-0.0719	-0.1304	-0.0151	-0.0982	0.0573	-0.0964	-0.0641	0.1073	0.0176	-0.0067	0.1001	-0.0227	0.1212	-15.5674	35.7524	-19.2192
3	0.4373	-0.3121	0.1251	0.9861	-0.736	1.1564	-0.2601	0.1284	0.0605	-0.1194	-0.2952	-0.382	-0.1268	0.4301	-0.7238	0.0535	0.0738	0.1232	-0.0926	-0.1868	-0.0361	-12.0821	23.6512	-27.7574
4	0.5202	-0.1549	0.1524	0.3218	0.1741	0.5507	0.0203	0.0377	0.0211	-0.0318	-0.0199	0.0179	-0.0162	-0.0724	0.0075	0.101	0.0056	0.0091	0.1001	-0.0043	0.0945	-9.3041	24.2175	-22.3776
5	0.6368	0.3831	-0.1917	0.47	-0.3132	0.2289	-0.1119	0.2154	-0.0148	-0.3391	0.1085	-0.0458	0.293	-0.1328	0.0096	0.2372	-0.0852	0.0228	0.2435	-0.0149	0.1524	-31.7089	42.3915	-50.0456
6	0.1623	-0.0573	0.1729	0.1414	-0.0089	0.9098	0.11	0.0311	-0.0331	-0.0138	0.0336	0.0134	0.0784	0.1962	-0.0305	0.1328	-0.0093	0.0171	0.1482	-0.0058	0.154	-26.4345	43.3564	-37.898
7	0.8511	0.3014	-0.033	0.6094	-0.9416	1.7171	-0.2345	0.0994	0.0523	0.0388	-0.0162	-0.1503	-0.2801	-0.0128	0.1177	0.1278	-0.0235	-0.0126	0.1241	-0.0158	0.1509	-25.3298	52.3023	-34.6534
8	0.1815	-0.2552	-0.1454	0.3554	0.2088	0.1979	-0.0109	0.0931	0.1745	-0.1234	0.1419	-0.0705	-0.1371	0.0616	0.0589	0.0691	-0.0709	-0.0399	0.1462	0.0151	0.0248	-35.2241	47.6963	-39.0881
9	1.2912	0.5274	0.1686	0.539	-0.2784	1.2269	0.1092	0.0509	-0.0156	-0.1237	0.0517	0.0355	0.3233	-0.1675	-0.0436	0.173	-0.0423	0.0218	0.1573	-0.0191	0.1634	-37.2552	35.6538	-39.5763
10	1.0383	0.5446	0.2399	0.6131	0.2893	1.395	0.0713	0.0023	-0.3302	-0.0284	0.0483	-0.0679	0.1145	-0.0491	-0.0618	0.1581	0.0185	-0.028	0.1021	-0.0153	0.1464	-29.2252	39.1828	-30.7072
11	0.1358	-0.0731	-0.0199	0.0394	0.0038	0.0456	-0.0989	-0.2174	0.1129	0.1696	-0.0364	0.171	-0.067	-0.2133	-0.0302	-0.023	0.2285	0.2405	0.0711	-0.2878	-0.2113	-38.9858	54.9063	-25.3079
12	0.1412	0.1731	-0.1561	0.7518	-0.1414	0.1718	-0.0393	0.0675	0.2245	-0.0621	-0.0602	0.1587	-0.0009	0.0044	-0.0785	0.0601	0.2708	-0.0445	-0.0136	0.107	0.1216	-40.6933	51.8598	-33.5065
13	0.457	0.1318	0.1782	0.7483	0.381	0.2364	0.0333	-0.0362	0.1392	0.2396	-0.0815	0.0442	0.1926	-0.3263	0.013	0.1473	-0.022	0.0187	0.2326	0.0009	0.12	-39.8229	44.5612	-23.8452
14	0.5774	0.4664	0.3529	1.3746	1.2546	1.1977	0.0039	0.0684	-0.2082	0.2204	0.0471	-0.0575	0.2122	-0.0369	-0.0282	0.1321	-0.0362	0.0117	0.1095	-0.0069	0.1569	-36.3055	38.4353	-26.479
15	0.2129	-0.0552	0.0585	0.0412	-0.044	0.1094	0.0388	-0.0233	0.0919	-0.051	0.0323	-0.0613	0.0415	-0.0241	-0.0057	0.1577	0.0113	-0.0499	0.1704	0.0338	0.1151	-26.352	46.1275	-22.554
16	0.0305	-0.0992	-0.0233	0.3748	-0.038	0.2455	-0.112	0.3052	-0.0301	-0.0426	0.1931	-0.2298	0.0475	-0.1027	-0.0232	0.0957	-0.0571	0.0362	0.2432	-0.0182	0.1268	-31.2011	46.7717	-46.5154
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31	0.676	0.0933	0.0683	0.1541	-0.0437	0.026	-0.0548	0.378	0.0542	-0.1389	0.1212	-0.0529	0.0479	0.089	-0.0275	0.1805	-0.0029	-0.0021	0.1984	-0.0161	0.1118	-16.9661	62.2094	-40.2022
32	0.4892	-0.1761	0.1066	0.07	0.0105	0.2482	-0.0029	-0.074	-0.4688	0.034	-0.0993	-0.1733	0.0494	-0.0131	-0.034	0.1242	-0.005	-0.0454	0.1789	0.0806	0.3143	-6.0954	52.208	-24.1937

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resseq 158:203)	B	158 - 203
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resseq 204:213)	B	204 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resseq 214:249)	B	214 - 249
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 250:291)	B	250 - 291
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 159:172)	A	159 - 172
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 173:183)	A	173 - 183
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 184:194)	A	184 - 194
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 195:203)	A	195 - 203
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 204:213)	A	204 - 213
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 214:222)	A	214 - 222
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resseq 223:231)	A	223 - 231
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resseq 232:239)	A	232 - 239
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resseq 240:262)	A	240 - 262
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resseq 263:271)	A	263 - 271
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resseq 272:278)	A	272 - 278
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resseq 279:290)	A	279 - 290
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resseq 160:172)	C	160 - 172
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resseq 173:222)	C	173 - 222
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 223:262)	C	223 - 262
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resseq 263:289)	C	263 - 289
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resseq 160:172)	D	160 - 172
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resseq 173:194)	D	173 - 194
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resseq 195:203)	D	195 - 203
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resseq 204:213)	D	204 - 213
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resseq 214:222)	D	214 - 222
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resseq 223:231)	D	223 - 231
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resseq 232:239)	D	232 - 239
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resseq 240:249)	D	240 - 249
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resseq 250:262)	D	250 - 262
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resseq 263:271)	D	263 - 271
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resseq 272:278)	D	272 - 278
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resseq 279:288)	D	279 - 288

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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