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万見
- PDB-4g6r: Minimal Hairpin Ribozyme in the Transition State with G8I Variation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g6r
タイトルMinimal Hairpin Ribozyme in the Transition State with G8I Variation
要素
  • Loop A Ribozyme strand
  • Loop A Substrate strand
  • Loop B Ribozyme Strand
  • Loop B S-turn strand
キーワードRNA / Structure-activity relationship / Nucleic Acid Conformation
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.832 Å
データ登録者Liberman, J.A. / Jenkins, J.L. / Krucinska, J. / Wedekind, J.E.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: A Transition-State Interaction Shifts Nucleobase Ionization toward Neutrality To Facilitate Small Ribozyme Catalysis.
著者: Liberman, J.A. / Guo, M. / Jenkins, J.L. / Krucinska, J. / Chen, Y. / Carey, P.R. / Wedekind, J.E.
履歴
登録2012年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Loop A Substrate strand
B: Loop A Ribozyme strand
C: Loop B Ribozyme Strand
D: Loop B S-turn strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6396
ポリマ－19,5194
非ポリマー1202
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.127, 93.127, 128.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1-

U

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要素

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RNA鎖 , 4種, 4分子 ABCD

#1: RNA鎖 Loop A Substrate strand


分子量: 4036.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 Loop A Ribozyme strand


分子量: 3955.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: RNA鎖 Loop B Ribozyme Strand


分子量: 5535.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: RNA鎖 Loop B S-turn strand


分子量: 5991.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 3種, 8分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 22% (w/v) PEG 2000 MME, 0.1M HEPES pH=7.0, 0.25 M Lithium Sulfate, 1mM Cobalt Hexamine, 2mM spermadine, vapor diffusion, Hanging Drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97885 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月5日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97885 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→35 Å / Num. obs: 8172 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.209 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.83-2.936.70.6567710.85195.1
2.93-3.0570.3257900.986198
3.05-3.197.10.1477971.191198.6
3.19-3.357.10.0988031.282198.5
3.35-3.5670.098091.376198.5
3.56-3.846.90.0748181.511198.8
3.84-4.236.70.0618221.345198.3
4.23-4.846.60.0588211.175198.2
4.84-6.096.40.0498531.263198.5
6.09-356.10.0418881.073193.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.2_432精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.832→25.17 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2202 399 5.1 %Copied from PDB ID 2P7F
Rwork0.1765 ---
obs0.1788 7821 93.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.056 Å2 / ksol: 0.308 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 138.68 Å2 / Biso mean: 90.8369 Å2 / Biso min: 64.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.745 Å20 Å20 Å2
2---20.745 Å2-0 Å2
3---41.4901 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.832→25.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1292 6 6 1304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8812292
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.994747
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.832-3.24130.42181260.31872208233487
3.2413-4.08080.23041220.19532522264497
4.0808-25.170.17671510.14252692284398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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